起訴書指出，2022年7月8日中午，被告山上在奈良市近鐵大和西大寺站前，使用自製槍支射殺正在為參議院選舉進行助選演說的安倍晉三，致其死亡。
被告在首次開庭時承認了殺人罪。他表示，母親向世界和平統一家庭聯合會（原統一教會）累計捐獻了約1億日元，導致家庭破裂，因此對該教團心懷怨恨，並將他認為與教團關係密切的安倍晉三作為襲擊目標。
被告在庭審中解釋稱，他認為安倍前首相與世界和平統一家庭聯合會（原統一教會）存在關聯，因此將其選為目標。他表示，母親信奉原統一教會是自己犯案的原因，並講述了因巨額捐款導致家庭崩潰的經過，而東京地方法院於2025年3月認定，非法勸誘及高額捐款構成民法上的侵權行為，屬於符合解散命令條件的違法行為，因此命令世界和平統一家庭聯合會解散。
據報道，2006年5月，原統一教會系組織“天宙和平聯合會”（UPF）在日本全國各地舉辦兼具集體婚禮性質的大會時，安倍以官房長官身份發送了“賀電”，並在福岡、廣島等會場被介紹為“致賀電的國會議員”。據稱，山上嫌疑人是在得知安倍向UPF集會發送過視頻致辭後，產生了殺意。
本案最大的爭議點在於量刑，即應在多大程度上將被告因巨額捐款導致家庭破裂的不幸成長經歷納入考量。
檢方在結案陳詞中指出，被告之所以將目標對準安倍，是因為在經濟陷入困境後，感到無法直接襲擊教團而產生焦躁情緒，認為“其動機具有強烈的自我中心性”。檢方還表示，儘管出身不幸但並未走上犯罪道路的人為數眾多，“其成長經歷對犯罪意思形成的影響極為有限，不足以大幅減輕刑罰”。同時強調，這是“戰後歷史上前所未有的犯罪行為，造成了極其嚴重的後果和巨大的社會影響”。
辯護方在最終辯論中主張，“被告是宗教相關虐待的受害者”，並將其不幸的成長經歷定位為“事件的核心部分”，認為其悲慘經歷與犯罪行為存在強烈關聯，反駁稱這是“在量刑判斷中應當最為重視、與動機深度相關的重要情狀事實”。關於量刑，辯護方請求“將刑期限制在有期徒刑20年以內”。
