然而，藏王樹冰的體型逐年縮水，山形大學名譽教授柳澤文孝領導的研究團隊比對分析自1933年以來從相同角度拍攝的照片，結果顯示樹冰的厚度大幅下降。1930年代樹冰寬度可達5公尺至6公尺，數十年後縮小至2公尺到3公尺，2019年以來僅剩50公分，部分甚至呈現細針狀。
柳澤指出，氣候暖化與森林生態衰退導致樹冰萎縮，冰雪覆蓋的冷杉（Abies mariesii）自2013年起遭遇嚴重的樹蛾啃食，2015年又滋生小蠹蟲，導致大量樹木蛀蝕枯盡。山形縣政府數據顯示，約2.3萬棵冷杉死亡，占該縣林木總數的20%，樹木枯萎後，枝葉減少，冰雪難以附著，樹冰大幅萎縮。
此外，氣溫快速上升也讓樹冰的形成環境惡化，2019年一項研究指出，山形市12月至3月的平均氣溫在過去120年間上升約攝氏2度，積雪形成的最低海拔也隨之上升，且積雪持續的時間也愈來愈短。
東京大學環境學家伊藤昭彥表示，日本高山地區升溫速度高於全球平均，「獨特的景觀正因氣候變遷而消失，蟲害蔓延等因素可能降低森林的生長速度和密度。若升溫明顯加劇，未來在比往年更溫暖的冬季，樹冰可能完全無法形成」。
樹冰不僅是自然景觀，也是地方觀光產業的支柱。面對這場危機，山形縣2023年成立「樹冰復活委員會」，結合各方力量共同推動森林復育，林務單位已移植逾190棵樹木到山頂區域。不過，冷杉需要50年至70年才能發育成熟，復育儼然成為一場需要長時間投入的跨世代工程。
山形縣立村山產業高中學生曾目睹樹木伏倒或枯死，學生自2022年起與林業局工作人員一起前往藏王山採集幼苗，帶回學校插枝培育，幫助藏王山重獲新生。學生谷合佳音說：「樹冰被稱為雪怪，因為世界上沒有任何東西長得像它們一樣，我希望全世界都能有目共睹，見證日本獨特的自然風光。」
