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以下為漫畫原作與動畫版劇情的不同之處，以下包括了無印系列，R系列劇場版動畫和電影動畫的不同之處。 以下列表可能並不完整，R系列嚴重缺失詳細資料，用戶可添加缺失的資料。

學園七不思議殺人事件

動畫版第一個案件。
雖然是動畫版第一個案件，金田一與劍持卻早已熟識。
案件開頭提到的七不思議從「魔鬼的十三階梯」改為「打不開的生物教室」。
櫻樹琉璃子相關劇情，刪除涉及色情內容，改為櫻樹答應幫金田一寫作業、但以破解七不思議為條件。
鷹島友代與尾之上貴裕在漫畫裡為二年級生，動畫裡為三年級。
一開始懷疑櫻樹惡作劇的人，從金田一改為美雪。
刪除真壁誠和鷹島發生肉體關係、被佐木龍太拍到的情節。
的場談到有關分屍獵奇的情節時提到的人，原作中是神保博士，動畫改為「M老師」。
加上金田一識破櫻樹留下關於下次集訓時間通知的謎題情節。
尾之上貴裕的屍體位置從吊在樹上改為印刷室。
事件發生十年前的會報，立花是親自拿給金田一和美雪。
刪除金田一與劍持重回生物室做現場模擬的情節。
金田一看窗外陽光發現鏡面折光手法的地點，改為在美雪的病房。
第四個到第六個不可思議並沒有詳細說明(但在琉璃子打電腦的螢幕上有提起)。
解答篇中沒有地震讓白骨掉出來的情節。
立花刺殺兇手時，漫畫用的是刀，動畫改為剪刀。
金田一用口香糖堵住生物教室鎖眼一事，原作裡金田一之外只有劍持知道，動畫裡美雪也通過金田一與劍持對話得知。

悲戀湖傳說殺人事件

事件發生時間由深秋變更為春季的黃金週假期。
劍持警部在開頭登場。
金田一、美雪、遠野、河西之間的情感互動描繪與原作相比有較大變更。
並沒有說明悲戀湖湖水變紅的原因。
原作裡是發生兩件命案後才說出旅遊目的是為了會員證，動畫版是金田一在吊橋上被拆穿是代替橘川茂時由倉田口中說出。
刪去遠野英治和小泉螢子在遠東號郵輪出航前道別的情節。

蠟人形城殺人事件

明智警視初登場。
朝基未登場。
刪去朝基把考試作弊答案交給金田一的情節。
動畫中是劍持警部帶金田一和美雪前往巴爾多城，待兩人進去後，劍持神秘地大笑，此時明智出現。
大家看到自己的蠟人形時，烈德拉姆沒有逐一介紹各位參賽者的姓名與身份。
原作中沒有明確美雪何時發現當麻惠蠟人形被刺殺，動畫則是在被金田一帶出房間探尋蠟人形城時發現。
追加大家在參賽前上繳手機，以及發現當麻被殺後手機被毀的情節。
刪去理查安德森從南山駿三不記得自己收到的包裹的文字方向、郵戳等解釋，判斷其沒說謊的情節。
刪去明智故意用較艱深的日語字彙忠告理查安德森注意安全，以及眾人發現理查安德森日語其實流利的情節。
當麻被殺害後，美雪因為害怕而讓金田一睡在她的房間。
爬煙囪推測明智為兇手的人，在原作是愛德華可倫坡，動畫版則是金田一。
理察安德森在原作是被拷問器具鐵處女所殺，動畫版殺害方式並沒有詳細說明。
沒有瑪麗亞菲蘇德美疑似吸血鬼的設定，刪去被真木目、多歧川私自拘禁的情節。
刪去找尋密道的情節。
真木目仁在原作初登場是假裝成蠟人形嚇人，動畫版則是普通的出場。
追加一個關於「NOOW」（「MOON」倒過來）字條的謎題。
並未詳細提到明智健悟父親的事情，刪去結尾明智警視在其父親照片前斟酒致敬的情節。
因為一度被金田一猜測為兇手，明智以此為由自此與金田一成為推理方面的競爭對手。

怪盜紳士的殺人

岸一成未登場。
刪去放火燒樹的情節。
2名不良少女勒索小櫻的情節，從要拿她的內褲變成索要金錢。
與金田一演戲逼出怪盜紳士的人選，原作是羽澤星次，動畫是和久田春彥。
刪去小櫻向金田一索吻的情節。
怪盜紳士逃亡的手段，原作是乘黑色大氣球，動畫版是搭直升機。
詢問小櫻為何殺蒲生的是美雪，原作是小宮山。
刪去提及小宮山可能是小櫻生父的情節。
刪去吉良勘治郎說無論原作者多麼惡劣、好東西就是好東西的情節。

悲報島殺人事件

原作名為秘寶島殺人事件。
金田一的父親未登場。
刪去出行前測驗的情節。
火村康平的死因改為在戶外被槍殺。
原作中金田一想偷看美雪洗澡，動畫改為美雪突然尖叫時金田一擔心有事而去查看（但仍然被砸一身水）。
兇手的年齡從13歲變更為15歲，並且未提及自己伯父曾性虐待自己、9歲時自己殺害伯父的情節。
案件結尾劍持未登場。

惡魔組曲殺人事件

御堂優歌變更為山根優歌，角色定位從御堂周一郎的孫女變更成經紀人。
原作以及真人版中劍持警部的戲份由明智警視取代。
刪除麥克亨利和紅亞里沙與車掌爭執的橋段
麥克屍體的第一發現者從風倉百合惠變更為山根優歌。
原作中御堂周一郎與紅亞理沙為情侶關係，動畫版改為父女。

飛驒機關宅邸殺人事件

侍女桐山環和劍持和枝未登場。
「獵頭武者」、「生首神社」、「生首祭典」分別改為「詛咒武者」、「武者神社」、「武者祭典」。
為符合電視尺度，沒有詳細畫出無首屍體的情狀。
破案後金田一並未跟冬木醫生提到紫乃調換嬰兒被醫生看到。
冬木梅的登場次數減少。
沒有事件後金田一等人與巽隼人對話的情節。
刪去事件後劍持吐槽自己太太，結果被自己太太聽到的情節。

歌劇院殺人事件

原作中金田一一行人是先乘坐火車後才乘船到目的地，動畫版刪去乘坐火車的情節
追加金田一因為暈船而嘔吐的情節
桐生春美由二年級變為三年級
兇手變更為神矢修一郎，原作的兇手有森裕二的形象被改為月島冬子兄長月島亮二
原話劇社顧問老師由緒方夏代改為月島亮二，而緒方夏代改為歌劇院旅館主廚
漫畫版月島冬子的戀人為有森裕二，動畫版改為神矢修一郎
追加日高織繪被殺前，在浴簾上看到威脅血字的情節，以及出現疑似潑灑到月島冬子的該瓶硫酸。
日高織繪被殺的兇器從舞台燈改為大吊燈
結城英作與劍持勇未登場
月島冬子的日記成為事件關鍵
追加緒方千代翻閱月島冬子的日記
使金田一一行人受困於小島上的颱風號數，由九號颱風改為二十號颱風
沒有提到黑澤和馬女兒自殺一事
緒方夏代在浴室被發現屍體時有穿著衣物
使月島冬子毀容的硫酸漫畫版放在置物櫃架上，動畫版則是放在桌上
在走廊追趕兇手時，漫畫是扔出點燃打火機，動畫是朝金田一揮劍砍去而讓兇手脫身
漫畫裡兇手最後是死於十字弓，動畫是站在高處跳下並且自己在腹部刺一刀
十字弓在漫畫為話劇社所有，動畫則是歌劇院所有
動畫版中把月島冬子的遺書交給金田一和美雪的是月島亮二，而並非劍持
追加月島亮二默允金田一和美雪翹課到神矢修一郎的墓的情節

死神病院殺人事件

與明智警視之華麗燦爛休假結合，並在同一特別篇播出。
金田一入院的時機，原作是在發現扇谷三郎被殺、警方到達現場之前，動畫則是在之後。
兇手從聖正景太郎變更為聖正映子。
聖正映子並非美雪的學姐。
沒有美雪曾是籃球社社員的設定。
護士長高澤和子死因從被毒殺改為高空墜落。
刪除齊藤一夫（偶像明星愛河翔子偽裝）的角色。
追加水島一夫及其母親水島多紀的角色，水島一夫曾因聖正綜合醫院醫療事故而死，水島多紀因而對聖正綜合醫院怨恨。
追加聖正映子和其他醫生搶救突發疾病的水島多紀的情節。
聖正智明沒有被殺，而是被揭發走私人體器官一事後被捕。
雪室憂一並未因為妨礙公務被捕。
原作結尾是金田一追著愛河翔子要簽名，動畫改為金田一再次挑戰吃100盤餃子，雖然成功但是再次因此住院。

金田一少年的殺人

金田一課上做夢的情節，從自己被判死刑改為自己被警方逮捕。
金田一原本就知道橘五柳是誰。
佐木連太郎未登場。
因為動畫版佐木龍太未死亡，佐木龍二戲份改為龍太，也沒有涉及龍太魂魄的情節。
野中友美詢問橘暗號謎底時，向橘施展女色的行為尺度相比漫畫收斂。
橘性騷擾美雪時沒有丟錢，並且金田一是直接上前阻止，和橘發生推搡、無意間讓橘的假髮掉下，不同於原作通過釣竿惡作劇讓橘的假髮脫落。
長島滋在電車上追捕金田一而打破窗戶的時候，原作有開槍，動畫改為一躍而下、雙腳擊破玻璃。
金田一留給明智的關於射擊空包彈的訊息，多了一段「這樣做必然可以抓出兇手」的內容。
解答篇中金田一解說完「看不見的路」之後才批評長島警部的辦案、談到兇手因為五木的關係而掌握金田一行蹤，以及揭露兇手真實身份。
事件後金田一和美雪並沒有到醫院探望都築瑞穗。
動畫版沒有說明橘的遺作由哪間出版社出版。
原作中金田一直接半開玩笑懷疑五木是否是戀童癖，動畫則是五木談到要收養都築瑞穗時，金田一和美雪對五木壞笑。

幽靈客船殺人事件

原作是金田一、美雪和劍持夫婦分別來到客船、後來相遇，動畫改為劍持為答謝金田一、美雪長期協助破案而邀請出遊。
劍持和枝、飯島優、美里朱美與中村一郎未登場。
新角色時原優登場，她的丈夫命喪於東方號船難。另一個新角色吉田明則是與大澤貴志成為搭訕二人組。
對於警察問話，加納達也並不若原作那樣抗拒。
小說版裡航程是前往小笠原群島，動畫目的地改為沖繩。
追加客船於無人島暫做停留，記者赤井義和被殺的情節。
原作為逼出真兇而假扮挾持水崎的人是中村，動畫改為機關長大槻。
沒有提起海上日誌，追加香取洋子從船員那兒套出得知龍丸號與遠東號相撞的真相。

冰點下15度的殺意

俵田孝太郎未登場。
沒有美雪喝醉後的醜態，全員的聚會也改為喝普通飲料。

魔術列車殺人事件

刪除開頭金田一收到警視廳表彰，但卻在明智惡作劇下當眾播放AV而被撤回獎勵的情節。
刪除開頭金田一和劍持外出找女警尋歡作樂，被美雪、和枝發現，因而金田一、劍持被兩人打的情節。
動畫版在發生兩件命案後先行解開屍體移動與屍體消失之謎，夕海在這之後被殺。
解答篇時高遠拿下自己眼鏡後，將眼鏡變做薔薇。
左近寺個人魔術秀從夏季改為冬季，並且金田一一行人在魔術秀前並無與左近寺對話、櫻庭也未登場。
刪除結尾金田一和美雪看高遠遙一假扮的魔術師在街邊表演魔術、金田一用魔術偷走美雪胸罩的情節。

雪夜叉傳說殺人事件

原作中是明智初登場，動畫中明智已經登場、見到金田一多次。
為演出「大驚嚇」而偽裝被毒殺，原作中金田一演出成功、被導演比留田雅志等人稱讚，動畫則被加納理惠識破、因此被比留田和棟方健責怪。
美雪於動畫版有來到背冰村，與玲香的爭風吃醋戰提前開打，但兩人也有短暫交談心事。
明智與劍持來到冰室宅邸是因為迷路。
刪去玲香為在加納理惠面前不示弱而抽菸的情節。
刪去明石道夫等人偷窺玲香稱體重、加納理惠換衣服（後被加納察覺而攝像頭被破壞）的情節。
響史郎在原作中不屑於明石等人對加納的惡整、對民俗傳說也有了解，動畫則改為樂於和明石等人一起惡整加納、更多是在調錄像上協助。
加納理惠被殺時間是凌晨兩點前後，原作是五點前後。
明智的形象比原作提升不少。明智發現明石道夫屍體後沒跟劍持打賭、也沒把玲香視為兇手。
原作中玲香對於金田一產生好感是因為金田一幫自己洗脫冤屈，動畫則無此因素、基本只是欽佩金田一的推理能力。
刪去測試小型空中纜車的情節，更也沒有背冰村無法全天供電的說詞。
刪去玲香提及大門自誇是跳遠選手的說詞。
追加大門發現棟方睡覺時穿女式睡衣時大吃一驚的情節。
金田一發現水沼也是左撇子的剪刀，其包裝上面的標識，原作中是「含消費稅」，動畫版改為「消費稅5%」。
金田一指出真正兇手的時機，原作在談到10年前飛機失事倖存者名單之前，動畫則在之後。
金田一要跨過河道展示作案手法時，明智在原作對金田一很焦急地喊話、要他別做傻事，動畫則相信金田一不會做自己沒把握的事、攔住要上前阻止金田一過河的玲香。
原作劍持充分信任金田一、相信自己開車能夠安全過冰橋，動畫則在實作成功前害怕冰橋垮掉、自己掉進河裡。
動畫版中兇手被設定為背冰村出身，並且是美雪詢問殺人動機。
追加兇手朝當年墜機地點長起來的樹砸雪球，以及美雪與兇手共情而做雪球給兇手來砸的情節。
事件結束後金田一沒有到拘留所與兇手會面，而改為在兇手上直升機前勸喻兇手。
原作結尾時金田一收到美雪和玲香贈送的巧克力，動畫則只收到玲香的，美雪心想不能小看玲香。

塔羅山莊殺人事件

美雪和玲香已經在雪夜叉事件見過面，因此在動畫中美雪也受邀前往塔羅山莊。
刪去速水雄一郎扯掉伊丹五郎和北條安妮相機膠卷（因拍到玲香擁抱金田一）作為兩人入住條件的情節。
諏訪正子更名為井上正子。
動畫版中玲香有故意叫錯美雪名字為「泉」和「美鈴」。
美雪和玲香、金田一（乃至和小城拓也、辻健二）的情感相關互動相比原作有較大改動。
結城英作未登場，會塔羅牌占卜的人改為北條安妮，幫忙看火的人改為辻健二。
刪去北條談到塔羅牌中有一張表示下毒、因而不想吃飯的情節。
刪去金田一檢視所有人後，卻發現只有自己沒有不在場證明的情節。
刪去諏訪正子進入玲香房間，安慰被赤間光彥脅迫的玲香的情節。
大幅壓抑赤間光彥對於玲香的商品化、性幻想相關情節。
刪去小城拓也質問金田一如何將自己破案經歷寫入未來找工作履歷，以及談及自己不能打領帶而求職碰壁的情節。
刪去事件結束後玲香談到自己重振繼續當明星的想法，記者爭相在遊樂場尋找玲香，以及金田一遇見北條的情節。

黑死蝶殺人事件

刪除開頭金田一和美雪、玲香在沙灘遊玩，以及後來金田一腳踏兩條船自食苦果的情節。
五木閱讀雜誌發現深山日影，原作是在家中（都築瑞穗有登場），動畫是在一間餐廳（瑞穗未登場）。
金田一的舅舅，金田一丙助與表妹，金田一二三初登場。
刪除斑目館羽想割腕被綠女士阻止的情節。
斑目紫紋沒有被切斷手臂。
小野寺將之拿刀自殺是先跑進倉庫找刀子，原作是拿起客廳中壁掛的展示用刀。
事後金田一等人沒有參加深山與揚羽的婚禮，是從寄來的相片得知。
金田一二三搬來金田一家住的情節，從原作的《魔犬森林殺人事件》移到本案。

速水玲香誘拐殺人事件

原作案發時間為9月份，動畫則是5月份。
事件開始時小淵澤有給玲香送上薔薇花束。
金田一二三登場，也是第一次、迄今唯一一次實際與高遠遙一見面。
二三在動畫裡幫了不少忙︰替金田一傳話給劍持（漫畫是一個不知名的小男孩）、發現玲香的鞋子上沒有刮痕。
沒有提到鏑木葉子癌症末期一事。

佛蘭西銀幣殺人事件

金田一二三登場。
追加金田一，美雪與二三一起玩"三人行"的情節。
追加美雪向二三介紹高森益美的情節。
追加二三因為金田一和美雪瞞著她自己去法蘭西館參加益美的時裝秀而生氣並詛咒金田一的情節。
原作裡金田一和美雪有喝到葡萄酒，動畫裡則被酒保弓削透察覺是未成年人因而只喝到橙汁。
長島警部、葛萊梅伯爵未登場。
弓削透發現羅曼尼康帝瓶子裡裝的是廉價葡萄酒的契機，從為金田一和美雪斟酒，改為接到其他客人投訴。
刪去蘇姬星河企圖殺死奈緒子而被金田一阻止勸導的情節。
刪去金田一推測君澤由理惠30年前有過類似如今高森益美和鳥丸奈緒子9年前經歷的事的情節。
刪去弓削透到監獄探望鳥丸奈緒子且記錯她的生日的情節。
劍持告訴益美說廣志其實是被奈緒子殺害，原作是告知金田一。
事件結尾描寫不同，在原作是經明智警視同意而讓益美參加小學同學會、動畫版則是劍持私下讓益美在小學同學面前再一次以模特兒身份站上舞台。

是誰殺了女神

芝里丈治和千家貴司未登場，原作裡有不少前事件的人物出來串場搞笑的部份也被刪去。
原作動機為師生戀，動畫版則是變為汐見初音單方面的仰慕，中津川賢人另有未婚妻。

魔神遺跡殺人事件

刪去漫畫開頭中，速水玲香在不動高中拍戲以及金田一損壞明智警視的賓士的情節。
金田一二三登場，而且畏懼宗像五月。
佐木並沒有登場。
動畫版是後日談形式，最後還出現重建過的磨陣村。
大和猛屍體被發現時，兇鳥之座裡沒有死烏鴉。
港屋寬一原作中被意外掉下的銅鈴斬斷頭部和雙手，動畫則是被壓死。
鳥邊野章個性變為無口陰沉。
管家九十九伊予未登場，並且一開始就沒有銅鐸館的存在。
到金田一房裡打算實現第三條戒律時，宗像五月並未裸身。
刪去宗像五月和鳥邊野章重逢的契機。
刪去金田一、美雪在醫院和村西彌生的對話，結尾直接跳轉入村西彌生過世。

墓場島殺人事件

佐木無登場，刪去共犯知道檜山喝咖啡喜歡加三顆方糖的設定。
除米村之外的米村隊三人在漫畫是被小型手製炸彈炸死，動畫改為由高射砲射死。
爆破屍體的描寫大幅度的壓抑。
刪去森下麗美在汽油筒裡泡澡被金田一偷窺的一幕。
檜山達之在案件結尾改為服毒自殺。
與兇手會面時是明智警視出場。

明智警視之華麗推理1

漫畫名稱為證詞猜謎。
刪去江熊忠夫在列車上和八木清的對話。
追加美雪與二三不知金田一被逮捕而在煙花大會上等待他的情節。
金田一自己也從雨傘上沒有指紋而判斷兇手是車長。

鬼火島殺人事件

富永純也未登場，金田一二三短暫登場。
事件中醫院名稱從原作的『不動綜合醫院』變更為『大手門綜合醫院』。
事件中補習班名稱從原作的『不動比保科拉特斯學校（FHS）』變更為『大手門講座預備學校』。
沒有提到大野公平和花村麻美的過去。
新谷百合原本也想殺害森村等三人，殺害加藤賢太郎未遂後就此罷手。
原作自始至終仍未發現森村的遺體，動畫版則在試膽大會隔日發現其棄屍野外。

劍持警部的秘密

將短篇事件「1/2的殺人者」及短篇小說「共犯X」合為一篇故事。
茅杏子未登場。
以劍持警部怪異的行動為劇情主軸。
短篇小說裡的教師被賦與名字–濱岡健一，並被設定為劍持烹飪社的友人。
追加劍持因小時後從樹上掉下來而有懼高症的設定。
短篇小說裡，金田一並沒有與嫌疑犯學生們實際見面，動畫版則有親眼見到。
短篇小說的發生地點原作為某名門私立高中，動畫版則是在電腦補習班
短篇小說裡犯人遭死者威脅的內容不同，原作為發生肉體關係，動畫版改為盜用公款。
劍持和枝的背影出現，但並沒有正式露出臉孔。

異人館旅館殺人事件

金田一二三登場並幫助金田一破案
佐木龍太遭襲擊後被救回一命，因此佐木龍二沒有在動畫版出場。
佐木不是不請自來，而是一開始就受到劍持的邀請來到異人館旅館。
沒有貓頭包裹的出現。
俵田孝太郎未登場。
邊見魔子改名市川魔子，與市川玉三郎為姐弟關係。
明智警視於解答篇登場，金田一委託其調查十年前的事件。
北見蓮子當初殺害毒販，兇器用菸灰缸重擊。原作是用菜刀刺殺。
原作中紅鬍子聖誕老人是死於車禍，動畫版則是不明原因死於紅色房間內。
劍持是收到兇手的預告信而來到旅館外，才目睹紅色房間的人影。因此刪除原作中咖啡館老闆的證詞情節。
沒有提到紅鬍子聖誕老人的神秘毒品管道，刪除金田一本來搭回程飛機時忽然想急忙返回旅館找尋密室的毒品。
原作中結尾劇團團員因涉嫌吸毒被扣押，劇團實質上等於解散。動畫版則無此情節。
市川魔子的臉上沒有傷疤，追加市川玉三郎除了演戲台詞外就只能靠木偶腹語說話的設定。
魔子在原作中對花蓮抱持異樣情感的情節刪去，對她的稱呼也從「花蓮姐姐」變為「大姐」。
到拘留所探視兇手時，依然是以不破鳴美的臉孔出現，沒有整回原本北見蓮子的容顏。

電腦山莊殺人事件

小說最後有提到所有關係人的真實姓名，動畫版自始至終只出現網路化名。

西洋情人節殺人事件

以漫畫原作「聖誕夜殺人事件」為底的全新事件。
金田一丙助與金田一二三未登場
新角色青山司出現，他是劍持的學弟。
人物以漫畫的臉孔搭配上新的名字，除京極優介與漫畫相同外。

司馬啟一改名為京極浩二郎
浦邊卓男改名為京極拓彌
秋吉稍改名為二宮水穗
岩代美江改名為笹本美華
時坂有希子改名為島崎薰
京極拓彌並非以浦邊卓男的臉孔出現而是另一副長相
動機改為兇手替姐姐如月靜歌復仇，兇手代號由神聖復仇者改為死亡天使。
京極優介與長島警部的個性都與原作相差甚多。
死者由一人增為兩人，京極拓彌被凍死於冷凍庫中，京極優介死法與原作相同但順序變為第二人。
追加美雪被兇手迷昏倒在雪地的情節。
原作裡兇手寄來的威脅物品是玩具手掌，動畫是長的與如月靜歌很像的陶瓷娃娃。
威脅信的內容變更，原作裡是「在聖誕夜絕命 神聖的復仇者」，動畫是「今晚情人節之夜，會帶你到黃泉國度 死亡天使」。
原作裡原本由金田一丙助經營的渡假山莊叫作兔子山莊，動畫由青山司經營的渡假小屋則改名為Snow Candle。
得知金田一偷摸放亮片到兇手的鞋裡的人，原作裡是二三，動畫版改為美雪。
原作裡金田一用偷來的電燈泡排出的文字是「Merry Chrimas」，動畫版則是「Thank you」。
原作裡偷看金田一與美雪相擁的人是二三，動畫版改為長島警部。

金田一二三誘拐殺事件

二三以猜謎遊戲留下的提示訊息，原作裡只是金田一單純口述，動畫版則是寫在白板上，並且加上將白板移開後夕陽光輝透入室內的情節。