跳水池的惡靈

虹枝光世在被潮美波留設計跳水後並沒有死去，在案件結束後恢復意識。
追加虹枝光世想像和潮美波留在奧運贏得雙人跳水金牌的情節。

劍持警部的殺人

劍持和枝正式登場。
原作中多間木和魚崎有在家庭餐廳和毒島與瑪莉奈談話，動畫裡則沒有。
原作中湖森涼介的女兒在接受多間木家醫院的醫療後卻因醫療失敗然後回天乏術，動畫裡則並未交待。

遊戲館殺人事件

村上草太，岡崎浩司郎，小茜，樹里未登場
原作中金田一和美雪是和朋友們去遊樂園玩而迷路所以搭上最後一班車，動畫版則是咖啡廳店長把兩張遊樂園入場券交給金田一讓他把握機會向美雪告白，後因下雨而且兩人都沒錢，所以在走到半路時攔下最後一班車。
原作中遊戲第一關第一題的題目是問鎌倉幕府建立的年代，動畫版則改為關原之戰是哪一年。
遊戲第一關第三題的問法原作和動畫版不一樣，但答案一樣。
原作中霜村志保向金田一求救的方式是在手掌上寫字，動畫版則是偷偷說。
真津本潤的名字改為杉本潤。
刪去美雪從櫥櫃拿出筷子的情節。
原作是每個人輪流去廁所，動畫版則是只有生馬。
原作中是金田一用白板向眾人說明財產繼承的程序，動畫版則改為明智。
刪去菊川早苗把幫她整型的醫生殺害的情節。
追加霜村志保告訴菊川早苗她懷著的孩子叫生馬的情節。
追加杉本潤和菊川早苗在酒吧的對話以及早就得知菊川早苗的病況的情節。
原作中菊川早苗在進入警察醫院後病逝，動畫版則沒有交代早苗於何時何處病逝。
刪去真津本潤到醫院探望早苗並要求她把菊川梢嫁給他的情節。

金田一的敢死之行

無印系列最後一個案件，R系列第二季第一個案件。
事件發生於許多新版案件之後。
原作中是五木陽介提起催眠魔術表演的資訊，動畫版則是劍持提起的。
李白龍刑警登場。
速水玲香，楊小龍，五木陽介，豬川將佐，俵田孝太郎，長島滋，李波兒公安未登場。
李波兒公安的角色被李白龍刑警取代。
江健一是飯店大堂經理，原作是報社記者。
刪去金田一進行籌款活動並受到很多前案子中登場的警察支持的情節。
刪去金田一吃下十個漢堡的情節。
刪去速水玲香為金田一準備中華料理的情節。
原作第一名被害人神山是被高遠假扮的神父用有毒的酒給毒殺，動畫版則是沒有提起被害人如何被殺害，只知道高遠遙一把被害人的手砍下來寄給其他被害人。
刪去兇手幫金田一擦掉嘴巴上番茄醬的手帕變成破案關鍵的情節。
由於此案件是在連載後14年才被做成動漫，因此動畫版中出現現代化的科技例如智慧型手機。
刪去金田一推理向龍道射毒箭的犯人是誰的情節。
刪去高遠遙一喬裝成劍持在機場被捕的情節。
刪去金田一與美雪接吻的情節。

血溜之間殺人事件

為符合電視尺度，星桂馬的屍體呈現方式從只有頭部改成整個身體。
刪除海峰學和星桂馬都把黑白棋稱做為翻轉棋的設定。

薔薇十字館殺人事件

村上草太形象改變。
原作中收到十字館邀請函的人在金田一抵達後陸續抵達，動畫版則是在金田一抵達之前就已經抵達。
刪去月讀吉賽兒有出版詩集的設定。
皇翔屍體出現的方法被改成翻桌子。
刪去禪田美瑠久與皇翔為情侶的設定，美瑠久在看見皇翔的屍體後只是冷冷的說了一句"認識的人"。
動畫版在月讀吉賽兒企圖刺殺冬野八重姬時即馬上被金田一揭發陰謀。
刪去高遠遙一和月讀吉賽兒在公園的一系列對話
高遠遙一防止月讀吉賽兒引爆炸彈的方法更改為用刀刺向引爆按鈕。

凌晨4點40分的槍聲

森嘉夫的名字改為奧嘉夫。
追加丸谷瑠奈向村山智彥抱怨雪峯美砂的情節。
追加雪峯美砂告訴劍持自己對當上刑警後的期許的情節。
追加金田一和劍持在山上哀悼雪峯美砂的情節。

雪鬼傳說殺人事件

原作為R系列第一個案件。
原作中吉長老師和數學老師的對話改到動畫版的香港九龍財寶殺人事件。
相馬真紀和金田一、美雪的對話地點從學校走廊改成咖啡廳。
原作中雪鬼的真面目是在破解完鯖木遺體消失的手法後揭穿，動畫版則改為企圖殺害椿原紅湖時就被金田一揭穿。

女醫師的詭異企圖

美雪於結尾登場
決定丈夫本尊與替身證據不同，原作為「裝心律調節器（替身）」與「使用手機（本尊）」的矛盾，動畫版則是「打高爾夫球（替身）」和「腰痛（本尊）」的矛盾。

狐火漂流殺人事件

原作中美雪僅在故事開頭登場，未參與事件本身；動畫版美雪則參與事件全過程。
原作中美雪和幼童軍並無關係，動畫改為美雪原本也是幼童軍的一份子，但因為出行當日發燒而未成行。
六年前遇難時金田一趕走蛇的方法從噴火槍改為樹枝。
追加桃瀨心平和霧谷凜因為注意到美雪而忽視金田一、金田一對此不滿的情節。
追加陸因為不想交出鞋帶而被茉莉香責備的情節。
當金田一提出讓大家協助自己查案時，原作裡大家都很爽快答應，動畫則在美雪提出金田一有能力之前猶豫。
告訴眾人金田一是名偵探的孫子的從燈里改為美雪。
追加美雪和美咲、燈里在睡覺前對話的情節。
追加梨村亮抱怨金田一探案只是在享受而已、美雪對此反駁的情節。
動畫版中金田一的手機中出現了《銀幕殺人鬼》中登場的黑河美穗的名字。
川原警官未登場。
刪去川原警官暗中提供金田一資訊的情節。
駐站警官登場，但無添加姓名。
告訴陸說茉莉香對惡作劇很後悔的情節從凜的父親改為茉莉香的母親。
追加眾人向疑似是茉莉香、光太郎、和凜的狐火道別的情節。
刪去眾人搭警車去車站的情節。
川原警官逮捕陸的情節，改為陸一人去自首。
刪去金田一告訴眾人陸忘記東西的情節。
原作結尾是桃瀨心平發現金田一流淚而表達關切，動畫改為金田一和美雪在列車上對話以及享用便當。

歌劇院新殺人事件

唯一一部阿一聲優是由山口勝平擔任，動畫版改為松野太紀。
結城英作未登場，改為能條光三郎私人醫師佐伯京子。並加入新角色房地產社長武村英三。
飯店工讀生江口六郎在小說裡是美歌同學並暗戀她，劇場版只是普通的工讀生。
能條聖子在劇場版只是光三郎未婚妻，保留舊姓真上寺。
小說裡美歌是遭侵犯後自殺，劇場版改為喝下藥物而在上台前出醜並被拍下。
小說裡並沒有燒燬劇場，此段為劇場版加上。
追加加奈井裡央為共犯的情節。

歌劇院最後的殺人事件

原作原名為歌劇院第三次殺人事件。
響美土裡、白神海人、三鬼谷巧未登場。
刪去劍持警部被兇手綁架的劇情。
未提起黑澤和馬的任何事情，沒有魅影留下的日記。
湖月玲於奈沒有恐火症。
主張城龍也為兇手的人為影島十三。
城龍也自己要求在歌劇院過夜，原作是白神提議。
冰森冬彥是到歌劇院才認識，依然為現役演員。
魅影的面具在海上被發現，原作則是在地下迷宮裡發現，不過讓大家以為魅影投海身亡，就與第一次歌劇館事件相同。
指控兇手的證據是鞋底附著煙囪的鐵銹。
刪去湖月疑似被綁架的情節。
刪去大批冷凍雞肉散落一地的情節。
原作中霧生銳治是死於樹海裡，動畫版是被推落懸崖。
原作中城龍也與響美土裡曾交往過，動畫版則是繪門泉。
沒有出現霧生遺物的圍巾以及手帳。
追加霧生在地下迷宮牆壁上留給玲於奈的信息。
前兩次歌劇院事件的兇手形象沒有出現。
冰森冬彥與影島十三的性格變得較惹人厭。
沖泡花草茶的人變為湖月玲於奈。
事件開頭沒有金田一騎腳踏車前往碼頭一幕，結尾時沒有明智警視來電通知高遠逃獄。

吸血鬼傳說殺人事件

原作為敢死之行後收到高遠的信而展開旅行，動畫版是溫泉之旅途中在Ruins做停留。
流山森太郎及貴船葉平未登場。
二神及海谷的姓名及性別皆變更，二神育夫改名為二神郁子，而海谷朝香改名為海谷政夫。
海谷為緋色景介所救未遭兇手殺害。
追加美雪與辻由利亞相似的設定。
金田一詢問人體抽出多少血量在安全範圍內的人選改為海谷。
湊青子與金田一並沒有推理對決。
原作是金田一誤闖浴場看到打算入浴的美雪而察覺兇手的不自然，動畫版是不小心看到美雪在換衣服的場景。
做為證物的美雪頭髮是劍持從湊青子口袋中取出。
事件結束後金田一並沒有騎腳踏車離開。

殺戮的深藍（劇場版）

藍澤茜是阿一和美雪的學姐會使用武術反抗過恐怖分子。
楊小龍沒出現，劇場版中二三有跟阿一和美雪隨行。
茜的其中一個義兄浩一被汽車炸彈炸死，並非於沖繩飯店遇害。
阿一被襲擊打昏後被扔進水槽。
藍澤秀一郎把深藍的島嶼蓋飯店的原因，只是因茜年幼時童話般的玩笑。
五木陽介通知劍持說，阿一在飯店被挾持。
恐怖分子的女性成員巫琴沒出現在挾持飯店中，直到恐怖分子等人被捕時與明智照過面。
兇手改為周防武，與原作不一樣

黑魔術殺人事件

海崎深夜未登場。
黑瓜鬼門登場與火祀兄妹爭吵的順序調換。
高遠退場的方式，原作為使用替身，動畫版則是消失在庭園迷宮中。