鏡迷宮殺人事件

漫畫裡本案是二三與劍持大叔首次見面，動畫則已經見過多次。
二三自己有買相機。
漫畫裡是金田一翻垃圾箱找到兇手變裝用的衣物，動畫是二三在廁所垃圾箱裡發現。

明智警視的華麗推理2

漫畫原名為殺人撲克。
綠川總介在敘說過去遇上不幸事件時，沒提到妻子流產。
追加明智察覺大家玩牌時的小習慣這一情節，例如三矢鐵男習慣搔鼻子而貓田光成習慣舔嘴唇

銀幕之殺人鬼

黑河美穗背上蠍型傷痕的由來在動畫版交代。
追加黑河與本多影行的交流以及遊佐知惠美對黑河的崇拜。
最初美雪拍戲時洗手的肥皂被放入美工刀片一事，黑河察覺是遊佐所為並痛斥一頓。
奇怪算式不同，原作中是原本十二減九等於三卻變成十二減九等於五，動畫版是十二減七等於五變成十二減七等於六。
佐木沒登場，關於他的兩個戲份被速水鈴香和美雪吸收。一開始認出藏澤光的人是玲香，而拍攝眾人跳躍薰衣草芳香劑的人是美雪。
解說剪接膠帶的人由原作中的正野刑警變為黑河美穗。

明智少年的華麗挑戰

原作原名為明智少年之最初事件。
被害者追加姓名為內田寬。
追加兩名新嫌疑犯，分別是堀口啟子與海老原道子。她們兩人在漫畫版就有出場，但是當時沒有名字也沒有參與明智的推理。
動畫版中和島尊在海外行醫時為救溺水孩童身亡，藥師寺薰與赤澤次朗結婚並轉交和島遺物給明智。為了思念和島尊，赤澤夫婦把孩子的名字取為尊。
明智等人聚會的場所由圖書室改為一棵大樹下，那裡被稱為會議室。
沒有提到明智的父親是警察一事。當眾人起鬨說明智可以到警視廳上班時，明智的回答是：不必現在就決定未來，因為未來還像那片天空一樣遙遠。原作裡原本是說因為父親是刑警，明智知道這種工作很辛苦，所以沒興趣。
除了被金田一為了作弊而擦掉和島留下訊息的桌子之外，另外又多出一張桌子是赤澤與小薰寫下提示明智到會議室見面的留言。

上海魚人傳說殺人事件

小說中楊王於金田一到上海之前自殺，動畫版則是在金田一抵達上海後自殺。
追加美雪嘗試和楊王自我介紹但被楊王打斷的劇情。
楊小龍並沒有提起他不喜歡日本人。
攝影記者幸田裕司未登場。
刪除金田一護照被羊吃掉一部分的情節。

鵜飼村殺人事件

漫畫原名為金田一二三的冒險。
鳥首村改名為鵜飼村。
豬熊老師由小學教師改為繪畫補習班老師，追加名字為豬熊英夫。
原作無登場的劍持警部出場。

天草財寶傳說殺人事件

村上草太未登場
阻擾金田一的頑固刑警石井警部追加名字為石井雅之。
死者胸口的十字記號改為以口紅畫上。
五木意圖痛毆兇手時，原作手上拿著被敲碎的酒瓶，動畫則是空手。

真夏之惡夢殺人事件

原作原名為金田一少年的惡夢。
所有登場人物皆追加完整姓名：富山櫻、香川小梅、長崎百合、須藤亞我志。
金田一二三登場

雷祭殺人事件

長島警部負責偵辦案件。
朝木葉月殺害朝木冬生的動機不同：小說裡是葉月目睹冬生強暴了時雨，動畫則是見到時雨燒製的陶器後嫉妒其才華的冬生企圖殺死時雨。
刪去朝木秋繪在朝木時雨死後製作並贈送碗的情節
追加朝木葉月在公園和金田一與美雪說話的情節
追加金田一與美雪在公園悼念朝木時雨的情節

殺意的餐廳

原作原名為殺人餐廳
女店長被救回一命。
美雪於破案後登場。
金田一沒有明說兇器是冷凍牛肉，由劍持自行想像。

魔犬森林殺人事件

千家貴司登場，由於《絞首之學園殺人事件》並沒有製作成動畫版，加上短篇案件《誰殺死了女神?》中千家的戲份被刪除，所以這也代表此案件為千家最後一次登場。
金田一二三登場，並追加了要求金田一領養大隻狗狗的情節。
新角色十和田清登場，為廢棄研究所的舊研究員。
八尾家的別墅是別的原因而毀損不能住人。
刪去利緒所寫未來的日記劇情，追加金田一解謎當日是千家生日，他強忍不掉淚以笑容迎接的情節。
追加百田在發現利緒情況有異時想找醫師來幫忙。
追加八尾願意收養大隻狗狗的情節。
刪去金田一賭命逼千家認罪的情節，在原作劇情裡，對於不肯認罪的千家，金田一採取極端作法：跳進野狗群裡讓狗咬，逼得千家為了不讓金田一喪命而吹犬笛，秀出物證。
加入眾人尋找狂犬病疫苗的情節，五十嵐性格與原作有出入，為了想得到疫苗而有些許瘋狂。
原作裡金田一是臨時加入千家等人的旅行，動畫則是一開始就決定參加。
刪去金田一奪取車票及將女同學囚禁的情節。
刪去金田一讓千家、八尾、美雪食用毒菇類的情節。
刪去金田一二三搬來金田一家住的情節

明智少年的華麗協奏曲

漫畫原名為殺意四重奏。
兩位教授追加完整姓名，分別是木戶直純和椎名克久。
漫畫裡的演奏會木戶教授沒出場，也沒放桐島蕾歐娜的遺照做憑弔。
北垣航也刑警雖然有出場，名字卻只在片尾曲聲優名單中被打出。

雪影村殺人事件

原作中美雪沒登場，但於動畫版中登場。
追加美雪與金田一吵架冷戰，但一直在家等著金田一的電話的情節
雪影村的辦案刑警早先已由劍持口中聽說過金田一的事情。
春菜的遺書被以另外的意義解讀，沒有提到懷孕一事。
漫畫裡金田一與魚住響四郎的重逢是在公車上因零錢不足而認出對方，動畫版則是上車前在公車站相遇。
原作裡小都等人是在金田一解開真相，島津企圖自殺時出現。動畫版則是在金田一推理到一半時出現。
原作裡事件中期就提到島津肩膀受傷一事，動畫版則是最後才揭露。
立石對島津的坦承不同，在原作裡是早就知道他與春菜交往的事，動畫版則是肩膀受傷一事。
原作沒有登場的綾花母親，動畫版有短暫露面。
原作裡金田一與島津父親今井龍矢是在海邊第一次見面，動畫版則是在春菜母親打工的餐館就見過一次。
原作裡沒出現島津與立石在目前高中時期練習棒球的場景，動畫版追加。
追加美雪到雪影村尋找金田一的情節。

消失在雪地裡的贖金

漫畫裡關係惡劣的二三與黑塚巧，動畫版裡黑塚巧有與二三交談心事，二三也認為巧很帥。

迷路的惡魔

短篇小說裡是金田一實際遇上的事件，動畫版變為明智警視為聖誕派對準備的推理謎題。
劍持、五木、二三、佐木、美浦繪美里登場，明智也有在加勒比海度假的特寫鏡頭。
未提起兇手的下場
未提起兇手之前殺的9個人
未提到鳳辰馬的本名，短篇小說裡則提到名字是毒蝮三太夫。

明智少年的華麗劍技

原作原名為幽靈劍士殺人事件。
原作是為美雪的堂弟七瀨修一加油，動畫版是為劍持的外甥。
刪去金田一對明智以宇佐美的話語酸溜溜諷刺的情節。
在警察到來前明智就解開謎題，妹貝武史刑警無登場。

亡靈學校殺人事件

原作中本案接續《染血之泳池殺人事件》，動畫版兩案件之間無關聯。
與魔神遺跡事件相同的後日談型式，美雪對二三說明阿一未解開的謎題。
村上草太未登場，取而代之的是佐木陪同金田一與美雪前往民宿。
原作中出現多位民宿工作人員，動畫則只有一人（民宿老闆），並追加民宿老闆的名字松岡修吉。
追加佐木拍攝廢棄學校周圍與辦案手法的情節。
鳴澤研太談及伊能耕平作品傳聞、國枝真紀因而動怒的情節，原作是在發現伊能死亡前、獅子島隆因而對鳴澤不悅，動畫則在之後、鳴澤讓金田一不要和獅子島說。
追加一位接續佐木談及花子傳說、還桌球給美雪的神秘少女的角色，在案件結束後美雪提到該名少女可能是已經在車禍中去世的民宿前任老闆女兒，花子的幽靈；原作中花子的傳說僅在對話中提及。
鳴澤研太的妹妹在原作裡提到名字為洋子，動畫版則沒出現名字。
事後金田一在圖書館研究靈異現象時，原作是美雪和草太站在一旁表示無語，動畫則是佐木和二三在得知神秘少女可能是已經去世的花子的幽靈，嚇得逃跑，美雪緊追在後，而圖書館外傳出神秘少女「大哥哥來找我玩」的聲音。

瞬間消失之謎

村上草太初登場，追加新角色相田桃子。
到章魚攤揪金田一耳朵的人變更為京谷雅彥。
真壁誠與鷹島友代被當成第一次出場的新人物而打出姓名。
佐木與美浦繪美里的肖像被歸入事件涉及人物肖像中

殺戮的深藍

三名未婚夫的姓名被更換但角色定位相同

藤島匠變更成廣瀨匠
周防武變更成松田武
三井文也變更成遠藤由明
小說中真兇為投資那國守彥的資產家之子，動畫版為那國守彥教授之子那國直人
刪除星野薰子的角色，其戲份由變裝埋伏在藍澤家的恐怖分子之一的新堂雄一替代
小說中五位恐怖分子的代號於動畫版全面變更但本名依舊（皆從顏色關聯變更為中東神話關聯）

雷德（Red）→巴力（バアル）
葛林（Green）→伊勒（イルウ）
耶羅（Yellow）→雅姆（ヤム）
歐瑞吉（Orange）→莫特（モト）
朴波（Purple）→阿納特（アナト）
小說中五位恐怖分子中雷德與葛林在西薩王引起的內鬨中死亡，但在動畫版中五位恐怖份子全遭警方逮捕。
小說裡藍澤由里繪死後被挖出心臟的獵奇情節一語帶過。
那國巫琴於動畫版變更為水城巫琴，角色由那國守彥之孫變更為水城龍之臣之孫

底片裡的不在場證明

刪去原作裡兩個女生在談論笨小孩金田一的情節，直接進入美雪神秘在街上閒晃的劇情。
金田一還來不及求情美隅就被帶走，因此讓美隅到偕樂園拍照在動畫是劍持大叔一個人的主意。

明智警視的華麗推理in LasVegas

原作原名為死者的將軍棋。
美雪於動畫版登場，原作則無登場。
嫌疑犯金田昌平漫畫裡沒有與明智交談，動畫版中有一句的對話。
漫畫裡戈德曼對日本人諷刺的言詞全部刪去，原作中原本戈德曼殺死舟木後說他是小眼利嘴的日本人，又說明智是島國猴子。
詳細描繪派翠西亞逮捕電腦技師安妮塔的過程，原作中此情節發生於幽靈飯店殺人事件並持有槍械，動畫版則是在這裡出現。

逆轉不可能！七瀨美雪的殺人嫌疑

原作原名為染血之泳池殺人事件。
動畫版裡美雪沒有在水上樂園打工。
千吉良澪諷刺美雪賠不起自己的名貴包包時，原作中提及援交也賺不夠錢，動畫改為酸美雪是窮酸高中生。
吐槽千吉良炫富、頤指氣使的部分台詞，從金田一和村上草太轉移給美雪。
原作裡村上草太並沒實際聆聽金田一的推理，動畫版則有參與。

露西亞人偶殺人事件

為符合電視尺度，被害人沒有被切斷首級。
原作裡山之內恆聖在錄影帶裡公佈所有繼承人的隱私（如幽月來夢弟弟是植物人、犬飼高志心愛的獵犬被典當），動畫裡則是由繼承人們口中互相刺探得知。
刪去高遠與幽月來夢在公園的會面以及犬飼高志對桐江想子有好感的情節。
幽月來夢沒有將臉上的傷疤給金田一及美雪看。
刪去事件解決後劍持警部和明智警視的戲份、犬飼和金田一的對話、五木迎接金田一等人歸來的情節，直接跳轉入金田一閱讀《新露西亞人偶殺人事件》稿件的情節，並配以五木的聲音。

怪盜紳士的挑戰書

漫畫原作為怪盜紳士竊畫事件，動畫版則發生殺人未遂案。
追加秘書森京香為畫家西山海里女兒的情節。
安岡章子與吉行淳在原作裡兼為美術雜誌編輯，動畫版職業各自不同，臉孔也與漫畫相差甚多。
是經由佐木架設的金田一偵探網頁得來的委託案件。
追加怪盜紳士竊取畫家西山海里的日記並暗中交給警察好讓警察證明森京香是西山海里的女兒的情節。
追加劍持提起在森京香服刑完後會把她父親，西山海里的畫交還給她。
追加美雪稱讚怪盜紳士善良後被金田一和劍持斜眼看而害羞的情節。

怪奇馬戲團殺人

無印系列最終事件。
劍持和枝未登場，刪去劍持夫婦認識與交往的過程。
刪去開頭金田一因為下載AV讓推理研究社電腦中毒、被迫換新電腦而損失社員大量資料的情節。
明智警視出場，追加一名負責恢復石川隆記憶的醫學博士的角色。
蛇男海老澤的名字，在原作為「弓人」，動畫變更為「弓夫」。
刪去金田一偷窺艾妮特根來乳溝而被美雪丟石塊砸倒、偷窺乃繪留換衣服而被美雪火燒屁股、過於親近乃繪留而被美雪用盆栽棕櫚樹砸、講出美雪內褲顏色而被美雪腳踩頭部的情節。
金田一在原作中扮怪叔叔親近乃繪留而被美雪打，動畫改為在扮仙子的乃繪留面前手舞足蹈而被美雪和二三鄙視、次日早餐時對乃繪留態度過於興高采烈而被美雪捏屁股。
比原作更詳細交代馬戲團過去發生的事件，追加小椋姐弟的母親名字為莉莉。
馬戲團前團長小椋伸吾與現任團長艾妮特根來為親姐弟關係。
小椋伸吾在原作是被燒死，動畫則是莉莉死亡後酗酒、恍神時過馬路卻沒看路，被車撞死。
加上黑木田紅子以塔羅牌算出將有不幸事件發生的情節，出現的牌是塔羅山莊殺人事件也出現過的被吊死之人。
警視廳打給劍持的電話內容，從另外的案件改為三名小丑涉及的搶案。
三名小丑涉及的銀行搶劫案件，在原作中是6年前、叫做「日帝銀行5億日圓搶劫案」，動畫中則是10年前、被稱作「津雲銀行襲擊事件」、搶劫金額為2億日圓，且是強盜殺人事件。
黑桃薩姆和梅花愛德的全名在動畫版追加（榎本武史、小平大樹）。
紅桃約翰（大久保勇夫）被劍持制服、真身暴露之時，原作是在解謎之初，動畫改在解謎之前。
解答篇中，原作是先講到遺留的紙片、揭穿兇手，爾後談到視覺差手法，動畫則是反過來。
原作中金田一有直接指出共犯，動畫則改為金田一談到存在共犯後，共犯跪下掩面哭泣。
小椋顯人登上鞦韆高台時，原作中是欲直接跳下而被團長接住，乃繪留扇了顯人一耳光，金田一勸顯人不要自殺、繼續自己人生，動畫改為金田一也爬上鞦韆高台並拉住顯人、顯人成功被及時趕來的石川隆接住，金田一則掉在救生氣墊上。
原作中石川隆是在案件結束一週後，觀看顯人、乃繪留等人表演後才逐漸恢復記憶，動畫中則是已經恢復記憶。
結尾從原作的金田一一行人回到茜島觀看馬戲團表演，改為回到不動山市，金田一收到根來團長的信；金田一不想再解謎，然而被委託案件的佐木追著跑，金田一急著上警車躲避佐木；坐在警車上的劍持則感慨跟著金田一生活永遠會遇上案件，一旁的美雪表示自己已經習慣。

香港九龍財寶殺人事件

動畫版中新力把飲料濺在美雪的衣服上，帶她去買新衣服時，將美雪綁走。原作中則是美雪被一個路過的小孩沾到冰淇淋。
金田一撞上的水果是橘子，原作是榴槤。
加入智慧型手機等新科技。

速水玲香與不速之客

原作中御手洗幸男被朽沼末吉殺死，動畫版則是在事件後恢復意識並接受治療。
刪去朽沼末吉對兩千元鈔票的疑惑。
速水玲香的造型有很大改變。

煉金術殺人事件

劍持未登場。
速水玲香的造型被打造得更符合現代偶像有的元素。
刪去劍持提起其妻子劍持和枝在他不看好的投資中賺一筆的情節。
動畫版中並沒有提起深森螢的監護人是黑道集團。
動畫版中神丘風馬只提起他的養父母在有了自己的小孩後就不再供養他，並沒有提到他的養父母經濟上出狀況。
神丘風馬更也沒有嘲諷煉金術只是比喻的說法。
刪去美影紗月與鬼澤討論興奮劑醜聞一事，然後鬼澤大言不慚的情節。

獄門塾殺人事件

村上被當做第一次登場而被打入名字，並且出現在涉案人員肖像中。
村上的造型大改變，從無印版中的短髮變成長髮，並從咖啡色頭髮變成黑髮，膚色亦從淺褐色變成白色。
繪波由梨香的名字改為繪波友梨佳。
刪除明智搜出9V電池的情節。
原作中高遠向氏家老師射出玫瑰毒飛鏢後再把另一個飛鏢射向秋子卻被氏家老師給擋下，因此只好跳入河中逃離案發現場並沒有用炸彈摧毀太陽堂。動畫版改為向秋子射出毒箭但毒箭被氏家老師給擋下時，只好用炸彈摧毀太陽堂後就逃離案發現場。
刪除村上與式部清子曖昧互動的情節。
原作中金田一在茂呂井命案發生後才抵達極問塾，動畫版則從一開始就被美雪和草太帶到極問塾。
在集訓時才初次登場的海堂與繪波提前在茂呂井命案時出場。
搜查茂呂井命案時劍持警部未登場，擔任搜查的溝岸也沒有強硬阻擋金田一向眾人說出他的推理。
追加高遠使用人偶炸彈發布的犯罪預告。

高度一萬公尺的殺人

原作是加賀谷唯用原子筆插死小金井守，動畫版則是企圖掐死小金井守。
追加加賀谷唯在即將掐死小金井守之際，及時被石田麻利亞給制服的情節。
追加小金井守被加賀谷唯撞到牆上暈過去的情節。
追加大越豐勸導加賀谷唯的情節。
追加大越豐和石田麻利亞對對方的表現感到驚訝的情節。
追加志田機長生前教導明智飛機降落的技巧的情節。