与漫画和动画原版的差异
原版动画因时间关系省略了部分漫画台词，本作中基本补齐。
本作中出现的智慧型手机在原版发表时尚不存在，当时手机也没有在学生群体中普及。
漫画和动画原版中兰对新一说道，“继续踢足球的话，现在说不定都打入国立了”。本作中，“打入国立”改成了现今儿童更熟悉的“进入蓝武士（Samurai Blue）”。另外，该场景发生的时间在漫画是放学时，动画原版则是上学时，本作中改成在周日购物途中。
新一在上一场景中将足球踢回，漫画中是还给孩子，动画原版是还给足球部部员，本作中则是还给少年侦探团。
漫画和动画原版中的空手道比赛没有使用护具，本作中进行的是带护具空手道比赛。
原版动画中阿笠博士的个人火箭试验失败是在工作日早上，本作为星期日傍晚。处理阿笠博士伤口的由新一改成了兰，处理地点也从工藤家变成了博士家。
本作公开了第1集中犯人的姓名和山崎哲的名字“哲”，后者所属单位从八菱银行改成了米花银行。
本作中剪掉了犯人为方便杀死山崎后经由阳台回去而系上绳结的场景，山崎在密室内的原因，以及犯人与山崎因金钱产生纠纷一事。杀人手法从枪杀改为刺死。
漫画第1回中上述事件的受害人是犯人的夫人，本作和动画原版一样为山崎行长。漫画和动画原版中是从主治医生的证言得知犯人脚部痊愈，本作改为几天前，工藤新一与犯人在铃木家见面时注意到。
本作中帝丹高中的校服搭配改为了漫画后期的设定，即西装搭配黑袜和棕色皮鞋，而并非漫画和动画原版中的西装搭配白袜和运动鞋。
从新一看到新闻中的自己沾沾自喜到兰与新一确认热带乐园约会这一段在原版动画是上学时发生，本作改为和漫画一样的放学途中。此外在原版动画中新一因为不小心看到小兰的裙底而被打飞，而本作则改为和漫画一样的在新一偷看小兰裙底后并未被打飞。
本作在上一场景中新增了工藤夫妇各自化装成暗夜男爵与江户川文代，从车内观察兰与新一的描写。
在剧场版《瞳孔中的暗杀者》中，新一在到达热带乐园喷泉广场才开始进行倒数，本作中则为一边跑向喷泉一边倒数。与剧场版中事件联系紧密的台词“喷泉2小时喷1次”在本作中未出现。另外，剧场版中以可口可乐为原型的易拉罐上写的是“Can-Cola”，由于可口可乐是本作赞助商之一，所以本作改成与现实中相同的“Coca-Cola”。
漫画和动画原版中，新一在风吹起仁美裙子时不仅看见了高低杠练习的独特瘀斑，还看到了内裤。本作删除了后面的部分。
琴酒和伏特加在漫画和动画原版中是插队乘坐云霄飞车，本作则是排队乘坐。
原版动画中，少年侦探团为逃票乘坐云霄飞车而进入隧道，结果正好遇见案发现场，新一发现他们后询问了一些事件发生时的情况。而本作中没有这个场景。动画中的少年侦探团3人在此时已能认出新一，但本作为配合原作，以及消除原版动画第192集中少年侦探团根本不认识新一而造成的剧情关系矛盾，在之前公园的场景中也未安排此设定。
原版动画中为避免场景过于血腥，受害人被切下头部后喷出的血以白色高光替代，本作则改为实际的血液颜色。然而与漫画和动画原版不同，本作并没有直接描写切口。
原版动画中凶器由新一在隧道内寻获后展示给犯人看，本作则改为与原作相同，凶器是逮捕嫌疑人后由警察在隧道内找到的。
原版动画中犯人虽表明有自杀欲望，但没有准备安眠药。本作则改为与原作相同，犯人有准备犯案后自杀用的安眠药。
高木涉和千叶和伸两位刑警在漫画和动画原版的第1话中没有出场，本作则参与了开头事件（千叶未参加）与云霄飞车杀人事件的处理。
琴酒在漫画和动画原版中是用球棒攻击新一，本作改为特殊警棍。
漫画中新一拍摄黑暗组织交易现场时用的是一次性相机，本作中则是数码相机（原版动画中没有其拍摄交易的场景）。
原版动画中没有描写服用APTX4869后身体冒烟的场景，本作按漫画加上。
漫画和动画原版中，服用APTX4869后的新一趴倒在地上失去意识，本作增加了其滚来滚去、痛苦地失去意识的描写。
原版动画中没有描写变小成柯南的新一被带去热带乐园医务室，并从医务室逃出的场景，而本作按漫画内容而重新加入（原版动画中，柯南在被带往医务室之前便已逃走）。另外被警察抱住时，柯南一动不动，呈现出震惊的表情。漫画和动画原版中是从路旁的玻璃确认自己变小，本作改为医务室内的镜子。
漫画和动画原版中，柯南是在自家书房告知阿笠博士有关黑暗组织的事，本作则改成在新一房间换衣时开始，两人一边谈话一边走向书房。
原版动画中，毛利小五郎称董事长千金绑架事件是“半年以来头一份工作”，但本作中提到了其在这半年内也有接到找猫等少量委托，因此该台词改为“半年以来头一份正经工作”。
漫画和本作中化名为广田雅美的宫野明美都是在港口的货柜码头处被琴酒杀害的，当时兰也在场；而动画原版对此情节进行了改动，对应漫画原剧情的第13集中，明美在码头遇到的杀手从琴酒改动成了其他龙套角色，且明美并未被杀害，然而动画原创的第128集中，明美最终还是被琴酒杀害于仓库之内。
本作中加入雪莉乘坐组织专车经过公园旁时隔着车窗初遇新一的内容（片头曲41《谜》中同样出现相似片段），得以让雪莉第二次伴随组织调查队伍潜入新一家调查以确认其是否死亡过程中，从新一和小兰的热带乐园合照中认出其长相。而原作与原版动画中，雪莉察觉到新一身体疑似变小是源于新一小时候的衣服从房间的衣柜中消失，而本作中改为纸箱。
本作部分角色配音与动画第1集不同，例如小五郎在第1集时由神谷明配音，本作配音则是小山力也。
