與漫畫和動畫原版的差異
原版動畫因時間關係省略了部分漫畫台詞，本作中基本補齊。
本作中出現的智慧型手機在原版發表時尚不存在，當時手機也沒有在學生群體中普及。
漫畫和動畫原版中蘭對新一說道，「繼續踢足球的話，現在說不定都打入國立了」。本作中，「打入國立」改成了現今兒童更熟悉的「進入藍武士（Samurai Blue）」。另外，該場景發生的時間在漫畫是放學時，動畫原版則是上學時，本作中改成在周日購物途中。
新一在上一場景中將足球踢回，漫畫中是還給孩子，動畫原版是還給足球部部員，本作中則是還給少年偵探團。
漫畫和動畫原版中的空手道比賽沒有使用護具，本作中進行的是帶護具空手道比賽。
原版動畫中阿笠博士的個人火箭試驗失敗是在工作日早上，本作為星期日傍晚。處理阿笠博士傷口的由新一改成了蘭，處理地點也從工藤家變成了博士家。
本作公開了第1集中犯人的姓名和山崎哲的名字「哲」，後者所屬單位從八菱銀行改成了米花銀行。
本作中剪掉了犯人為方便殺死山崎後經由陽台回去而繫上繩結的場景，山崎在密室內的原因，以及犯人與山崎因金錢產生糾紛一事。殺人手法從槍殺改為刺死。
漫畫第1回中上述事件的受害人是犯人的夫人，本作和動畫原版一樣為山崎行長。漫畫和動畫原版中是從主治醫生的證言得知犯人腳部痊癒，本作改為幾天前，工藤新一與犯人在鈴木家見面時注意到。
本作中帝丹高中的校服搭配改為了漫畫後期的設定，即西裝搭配黑襪和棕色皮鞋，而並非漫畫和動畫原版中的西裝搭配白襪和運動鞋。
從新一看到新聞中的自己沾沾自喜到蘭與新一確認熱帶樂園約會這一段在原版動畫是上學時發生，本作改為和漫畫一樣的放學途中。此外在原版動畫中新一因為不小心看到小蘭的裙底而被打飛，而本作則改為和漫畫一樣的在新一偷看小蘭裙底後並未被打飛。
本作在上一場景中新增了工藤夫婦各自化裝成暗夜男爵與江戶川文代，從車內觀察蘭與新一的描寫。
在劇場版《瞳孔中的暗殺者》中，新一在到達熱帶樂園噴泉廣場才開始進行倒數，本作中則為一邊跑向噴泉一邊倒數。與劇場版中事件聯繫緊密的台詞「噴泉2小時噴1次」在本作中未出現。另外，劇場版中以可口可樂為原型的易拉罐上寫的是「Can-Cola」，由於可口可樂是本作贊助商之一，所以本作改成與現實中相同的「Coca-Cola」。
漫畫和動畫原版中，新一在風吹起仁美裙子時不僅看見了高低槓練習的獨特瘀斑，還看到了內褲。本作刪除了後面的部分。
琴酒和伏特加在漫畫和動畫原版中是插隊乘坐雲霄飛車，本作則是排隊乘坐。
原版動畫中，少年偵探團為逃票乘坐雲霄飛車而進入隧道，結果正好遇見案發現場，新一發現他們後詢問了一些事件發生時的情況。而本作中沒有這個場景。動畫中的少年偵探團3人在此時已能認出新一，但本作為配合原作，以及消除原版動畫第192集中少年偵探團根本不認識新一而造成的劇情關係矛盾，在之前公園的場景中也未安排此設定。
原版動畫中為避免場景過於血腥，受害人被切下頭部後噴出的血以白色高光替代，本作則改為實際的血液顏色。然而與漫畫和動畫原版不同，本作並沒有直接描寫切口。
原版動畫中兇器由新一在隧道內尋獲後展示給犯人看，本作則改為與原作相同，兇器是逮捕嫌疑人後由警察在隧道內找到的。
原版動畫中犯人雖表明有自殺慾望，但沒有準備安眠藥。本作則改為與原作相同，犯人有準備犯案後自殺用的安眠藥。
高木涉和千葉和伸兩位刑警在漫畫和動畫原版的第1話中沒有出場，本作則參與了開頭事件（千葉未參加）與雲霄飛車殺人事件的處理。
琴酒在漫畫和動畫原版中是用球棒攻擊新一，本作改為特殊警棍。
漫畫中新一拍攝黑暗組織交易現場時用的是一次性相機，本作中則是數碼相機（原版動畫中沒有其拍攝交易的場景）。
原版動畫中沒有描寫服用APTX4869後身體冒煙的場景，本作按漫畫加上。
漫畫和動畫原版中，服用APTX4869後的新一趴倒在地上失去意識，本作增加了其滾來滾去、痛苦地失去意識的描寫。
原版動畫中沒有描寫變小成柯南的新一被帶去熱帶樂園醫務室，並從醫務室逃出的場景，而本作按漫畫內容而重新加入（原版動畫中，柯南在被帶往醫務室之前便已逃走）。另外被警察抱住時，柯南一動不動，呈現出震驚的表情。漫畫和動畫原版中是從路旁的玻璃確認自己變小，本作改為醫務室內的鏡子。
漫畫和動畫原版中，柯南是在自家書房告知阿笠博士有關黑暗組織的事，本作則改成在新一房間換衣時開始，兩人一邊談話一邊走向書房。
原版動畫中，毛利小五郎稱董事長千金綁架事件是「半年以來頭一份工作」，但本作中提到了其在這半年內也有接到找貓等少量委託，因此該台詞改為「半年以來頭一份正經工作」。
漫畫和本作中化名為廣田雅美的宮野明美都是在港口的貨櫃碼頭處被琴酒殺害的，當時蘭也在場；而動畫原版對此情節進行了改動，對應漫畫原劇情的第13集中，明美在碼頭遇到的殺手從琴酒改動成了其他龍套角色，且明美並未被殺害，然而動畫原創的第128集中，明美最終還是被琴酒殺害於倉庫之內。
本作中加入雪莉乘坐組織專車經過公園旁時隔着車窗初遇新一的內容（片頭曲41《謎》中同樣出現相似片段），得以讓雪莉第二次伴隨組織調查隊伍潛入新一家調查以確認其是否死亡過程中，從新一和小蘭的熱帶樂園合照中認出其長相。而原作與原版動畫中，雪莉察覺到新一身體疑似變小是源於新一小時候的衣服從房間的衣櫃中消失，而本作中改為紙箱。
本作部分角色配音與動畫第1集不同，例如小五郎在第1集時由神谷明配音，本作配音則是小山力也。
