日本內閣官房長官林芳正在20日的新聞發佈會上，對賴清德就任台灣總統表示祝賀，並表示，「將努力深化日台之間的合作和交流。期待在賴清德總統的領導下，日台的友誼能進一步加深。」

賴清德於20日接替蔡英文就任台灣總統。林芳正表示：在堅持與台灣非政府間的實務關係的基本立場的基礎上，日本與台灣在新冠疫情中合作並在地震時相互支援，「台灣是日本的重要夥伴，是我們共享基本價值觀的重要朋友。」他表示，將進一步推動日台之間的合作和交流。
上川陽子外相在17日的記者會見中表示：「台灣是極其重要的夥伴，是我們的重要朋友。我們將努力深化與台灣的合作和交流。」
上川陽子外相將於22日在東京都內與中美洲危地馬拉的馬丁內斯外長會談。馬丁內斯將在出席賴清德的總統就職典禮等一系列訪台外交日程後，於22日抵達日本。
危地馬拉是與台灣有外交關係的12個國家中人口和經濟規模最大的國家，與日本共享民主主義和法治等基本價值觀。上川在會談中，將在考慮維持台灣在國際社會中的存在感的背景下，確認加強與危地馬拉的關係。日本認為：台灣在國際社會中的存在感的下降和在外交上的不斷孤立化可能會影響日本的安全保障環境，因此，日本也從這個角度重視與危地馬拉的關係。

首相岸田文雄於5月3日訪問巴拉圭，並與培尼亞總統就東亞形勢進行了討論，確認了不允許任何試圖通過武力單方面改變現狀的行為。巴拉圭是南方共同市場中的重要國家，也是與台灣擁有外交關係的12個國家之一，是南美大陸唯一一個未與台灣斷交的國家，並與中國大陸沒有外交關係。上川陽子外相與馬丁內斯外長的會談也會在岸田訪問巴拉圭的延長線上展開。
日本沒有派出政府代表團赴台灣參加賴清德的就職典禮，而由「日華議員懇談會」會長、日本原國家公安委員長古屋圭司帶領的日本超黨派國會議員組成的「日華議員懇談會」31名成員赴台參加賴清德的就職典禮，這是史上最大規模的訪台議員代表團。
中國駐日本大使吳江浩20日與日本政界人士及學者等就賴清德的就任舉行了座談會，吳江浩表示：約30名日本國會議員出席賴清德的就任典禮，是「公然站在台獨勢力一邊」。
吳江浩將賴清德領導的民進黨稱為「徹底的台獨組織」，表示賴清德的就任使「和平統一的可能性正在縮小」。 並表示「外部勢力試圖在台灣問題上控制中國」，「如果日本這個國家被綁在圖謀分裂中國的戰車上，日本人民將「被推入火坑」。

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