日本内阁官房长官林芳正在20日的新闻发布会上，对赖清德就任台湾总统表示祝贺，并表示，“将努力深化日台之间的合作和交流。期待在赖清德总统的领导下，日台的友谊能进一步加深。”

赖清德于20日接替蔡英文就任台湾总统。林芳正表示：在坚持与台湾非政府间的实务关系的基本立场的基础上，日本与台湾在新冠疫情中合作并在地震时相互支援，“台湾是日本的重要伙伴，是我们共享基本价值观的重要朋友。”他表示，将进一步推动日台之间的合作和交流。
上川阳子外相在17日的记者会见中表示：“台湾是极其重要的伙伴，是我们的重要朋友。我们将努力深化与台湾的合作和交流。”
上川阳子外相将于22日在东京都内与中美洲危地马拉的马丁内斯外长会谈。马丁内斯将在出席赖清德的总统就职典礼等一系列访台外交日程后，于22日抵达日本。
危地马拉是与台湾有外交关系的12个国家中人口和经济规模最大的国家，与日本共享民主主义和法治等基本价值观。上川在会谈中，将在考虑维持台湾在国际社会中的存在感的背景下，确认加强与危地马拉的关系。日本认为：台湾在国际社会中的存在感的下降和在外交上的不断孤立化可能会影响日本的安全保障环境，因此，日本也从这个角度重视与危地马拉的关系。

首相岸田文雄于5月3日访问巴拉圭，并与培尼亚总统就东亚形势进行了讨论，确认了不允许任何试图通过武力单方面改变现状的行为。巴拉圭是南方共同市场中的重要国家，也是与台湾拥有外交关系的12个国家之一，是南美大陆唯一一个未与台湾断交的国家，并与中国大陆没有外交关系。上川阳子外相与马丁内斯外长的会谈也会在岸田访问巴拉圭的延长线上展开。
日本没有派出政府代表团赴台湾参加赖清德的就职典礼，而由“日华议员恳谈会”会长、日本原国家公安委员长古屋圭司带领的日本超党派国会议员组成的“日华议员恳谈会”31名成员赴台参加赖清德的就职典礼，这是史上最大规模的访台议员代表团。
中国驻日本大使吴江浩20日与日本政界人士及学者等就赖清德的就任举行了座谈会，吴江浩表示：约30名日本国会议员出席赖清德的就任典礼，是“公然站在台独势力一边”。
吴江浩将赖清德领导的民进党称为“彻底的台独组织”，表示赖清德的就任使“和平统一的可能性正在缩小”。 并表示“外部势力试图在台湾问题上控制中国”，“如果日本这个国家被绑在图谋分裂中国的战车上，日本人民将“被推入火坑”。

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