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以下为漫画原作与动画版剧情的不同之处，以下包括了无印系列，R系列剧场版动画和电影动画的不同之处。 以下列表可能并不完整，R系列严重缺失详细资料，用户可添加缺失的资料。

学园七不思议杀人事件

动画版第一个案件。
虽然是动画版第一个案件，金田一与剑持却早已熟识。
案件开头提到的七不思议从“魔鬼的十三阶梯”改为“打不开的生物教室”。
樱树琉璃子相关剧情，删除涉及色情内容，改为樱树答应帮金田一写作业、但以破解七不思议为条件。
鹰岛友代与尾之上贵裕在漫画里为二年级生，动画里为三年级。
一开始怀疑樱树恶作剧的人，从金田一改为美雪。
删除真壁诚和鹰岛发生肉体关系、被佐木龙太拍到的情节。
的场谈到有关分尸猎奇的情节时提到的人，原作中是神保博士，动画改为“M老师”。
加上金田一识破樱树留下关于下次集训时间通知的谜题情节。
尾之上贵裕的尸体位置从吊在树上改为印刷室。
事件发生十年前的会报，立花是亲自拿给金田一和美雪。
删除金田一与剑持重回生物室做现场模拟的情节。
金田一看窗外阳光发现镜面折光手法的地点，改为在美雪的病房。
第四个到第六个不可思议并没有详细说明(但在琉璃子打电脑的屏幕上有提起)。
解答篇中没有地震让白骨掉出来的情节。
立花刺杀凶手时，漫画用的是刀，动画改为剪刀。
金田一用口香糖堵住生物教室锁眼一事，原作里金田一之外只有剑持知道，动画里美雪也通过金田一与剑持对话得知。

悲恋湖传说杀人事件

事件发生时间由深秋变更为春季的黄金周假期。
剑持警部在开头登场。
金田一、美雪、远野、河西之间的情感互动描绘与原作相比有较大变更。
并没有说明悲恋湖湖水变红的原因。
原作里是发生两件命案后才说出旅游目的是为了会员证，动画版是金田一在吊桥上被拆穿是代替橘川茂时由仓田口中说出。
删去远野英治和小泉萤子在远东号邮轮出航前道别的情节。

蜡人形城杀人事件

明智警视初登场。
朝基未登场。
删去朝基把考试作弊答案交给金田一的情节。
动画中是剑持警部带金田一和美雪前往巴尔多城，待两人进去后，剑持神秘地大笑，此时明智出现。
大家看到自己的蜡人形时，烈德拉姆没有逐一介绍各位参赛者的姓名与身份。
原作中没有明确美雪何时发现当麻惠蜡人形被刺杀，动画则是在被金田一带出房间探寻蜡人形城时发现。
追加大家在参赛前上缴手机，以及发现当麻被杀后手机被毁的情节。
删去理查安德森从南山骏三不记得自己收到的包裹的文字方向、邮戳等解释，判断其没说谎的情节。
删去明智故意用较艰深的日语字汇忠告理查安德森注意安全，以及众人发现理查安德森日语其实流利的情节。
当麻被杀害后，美雪因为害怕而让金田一睡在她的房间。
爬烟囱推测明智为凶手的人，在原作是爱德华可伦坡，动画版则是金田一。
理察安德森在原作是被拷问器具铁处女所杀，动画版杀害方式并没有详细说明。
没有玛丽亚菲苏德美疑似吸血鬼的设定，删去被真木目、多歧川私自拘禁的情节。
删去找寻密道的情节。
真木目仁在原作初登场是假装成蜡人形吓人，动画版则是普通的出场。
追加一个关于“NOOW”（“MOON”倒过来）字条的谜题。
并未详细提到明智健悟父亲的事情，删去结尾明智警视在其父亲照片前斟酒致敬的情节。
因为一度被金田一猜测为凶手，明智以此为由自此与金田一成为推理方面的竞争对手。

怪盗绅士的杀人

岸一成未登场。
删去放火烧树的情节。
2名不良少女勒索小樱的情节，从要拿她的内裤变成索要金钱。
与金田一演戏逼出怪盗绅士的人选，原作是羽泽星次，动画是和久田春彦。
删去小樱向金田一索吻的情节。
怪盗绅士逃亡的手段，原作是乘黑色大气球，动画版是搭直升机。
询问小樱为何杀蒲生的是美雪，原作是小宫山。
删去提及小宫山可能是小樱生父的情节。
删去吉良勘治郎说无论原作者多么恶劣、好东西就是好东西的情节。

悲报岛杀人事件

原作名为秘宝岛杀人事件。
金田一的父亲未登场。
删去出行前测验的情节。
火村康平的死因改为在户外被枪杀。
原作中金田一想偷看美雪洗澡，动画改为美雪突然尖叫时金田一担心有事而去查看（但仍然被砸一身水）。
凶手的年龄从13岁变更为15岁，并且未提及自己伯父曾性虐待自己、9岁时自己杀害伯父的情节。
案件结尾剑持未登场。

恶魔组曲杀人事件

御堂优歌变更为山根优歌，角色定位从御堂周一郎的孙女变更成经纪人。
原作以及真人版中剑持警部的戏份由明智警视取代。
删除麦克亨利和红亚里沙与车掌争执的桥段
麦克尸体的第一发现者从风仓百合惠变更为山根优歌。
原作中御堂周一郎与红亚理沙为情侣关系，动画版改为父女。

飞驒机关宅邸杀人事件

侍女桐山环和剑持和枝未登场。
“猎头武者”、“生首神社”、“生首祭典”分别改为“诅咒武者”、“武者神社”、“武者祭典”。
为符合电视尺度，没有详细画出无首尸体的情状。
破案后金田一并未跟冬木医生提到紫乃调换婴儿被医生看到。
冬木梅的登场次数减少。
没有事件后金田一等人与巽隼人对话的情节。
删去事件后剑持吐槽自己太太，结果被自己太太听到的情节。

歌剧院杀人事件

原作中金田一一行人是先乘坐火车后才乘船到目的地，动画版删去乘坐火车的情节
追加金田一因为晕船而呕吐的情节
桐生春美由二年级变为三年级
凶手变更为神矢修一郎，原作的凶手有森裕二的形象被改为月岛冬子兄长月岛亮二
原话剧社顾问老师由绪方夏代改为月岛亮二，而绪方夏代改为歌剧院旅馆主厨
漫画版月岛冬子的恋人为有森裕二，动画版改为神矢修一郎
追加日高织绘被杀前，在浴帘上看到威胁血字的情节，以及出现疑似泼洒到月岛冬子的该瓶硫酸。
日高织绘被杀的凶器从舞台灯改为大吊灯
结城英作与剑持勇未登场
月岛冬子的日记成为事件关键
追加绪方千代翻阅月岛冬子的日记
使金田一一行人受困于小岛上的台风号数，由九号台风改为二十号台风
没有提到黑泽和马女儿自杀一事
绪方夏代在浴室被发现尸体时有穿着衣物
使月岛冬子毁容的硫酸漫画版放在置物柜架上，动画版则是放在桌上
在走廊追赶凶手时，漫画是扔出点燃打火机，动画是朝金田一挥剑砍去而让凶手脱身
漫画里凶手最后是死于十字弓，动画是站在高处跳下并且自己在腹部刺一刀
十字弓在漫画为话剧社所有，动画则是歌剧院所有
动画版中把月岛冬子的遗书交给金田一和美雪的是月岛亮二，而并非剑持
追加月岛亮二默允金田一和美雪翘课到神矢修一郎的墓的情节