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以下為漫畫原作與動畫版劇情的不同之處，以下包括了無印系列，R系列劇場版動畫和電影動畫的不同之處。 以下列表可能並不完整，R系列嚴重缺失詳細資料，用戶可添加缺失的資料。

學園七不思議殺人事件

動畫版第一個案件。
雖然是動畫版第一個案件，金田一與劍持卻早已熟識。
案件開頭提到的七不思議從「魔鬼的十三階梯」改為「打不開的生物教室」。
櫻樹琉璃子相關劇情，刪除涉及色情內容，改為櫻樹答應幫金田一寫作業、但以破解七不思議為條件。
鷹島友代與尾之上貴裕在漫畫裡為二年級生，動畫裡為三年級。
一開始懷疑櫻樹惡作劇的人，從金田一改為美雪。
刪除真壁誠和鷹島發生肉體關係、被佐木龍太拍到的情節。
的場談到有關分屍獵奇的情節時提到的人，原作中是神保博士，動畫改為「M老師」。
加上金田一識破櫻樹留下關於下次集訓時間通知的謎題情節。
尾之上貴裕的屍體位置從吊在樹上改為印刷室。
事件發生十年前的會報，立花是親自拿給金田一和美雪。
刪除金田一與劍持重回生物室做現場模擬的情節。
金田一看窗外陽光發現鏡面折光手法的地點，改為在美雪的病房。
第四個到第六個不可思議並沒有詳細說明(但在琉璃子打電腦的螢幕上有提起)。
解答篇中沒有地震讓白骨掉出來的情節。
立花刺殺兇手時，漫畫用的是刀，動畫改為剪刀。
金田一用口香糖堵住生物教室鎖眼一事，原作裡金田一之外只有劍持知道，動畫裡美雪也通過金田一與劍持對話得知。

悲戀湖傳說殺人事件

事件發生時間由深秋變更為春季的黃金週假期。
劍持警部在開頭登場。
金田一、美雪、遠野、河西之間的情感互動描繪與原作相比有較大變更。
並沒有說明悲戀湖湖水變紅的原因。
原作裡是發生兩件命案後才說出旅遊目的是為了會員證，動畫版是金田一在吊橋上被拆穿是代替橘川茂時由倉田口中說出。
刪去遠野英治和小泉螢子在遠東號郵輪出航前道別的情節。

蠟人形城殺人事件

明智警視初登場。
朝基未登場。
刪去朝基把考試作弊答案交給金田一的情節。
動畫中是劍持警部帶金田一和美雪前往巴爾多城，待兩人進去後，劍持神秘地大笑，此時明智出現。
大家看到自己的蠟人形時，烈德拉姆沒有逐一介紹各位參賽者的姓名與身份。
原作中沒有明確美雪何時發現當麻惠蠟人形被刺殺，動畫則是在被金田一帶出房間探尋蠟人形城時發現。
追加大家在參賽前上繳手機，以及發現當麻被殺後手機被毀的情節。
刪去理查安德森從南山駿三不記得自己收到的包裹的文字方向、郵戳等解釋，判斷其沒說謊的情節。
刪去明智故意用較艱深的日語字彙忠告理查安德森注意安全，以及眾人發現理查安德森日語其實流利的情節。
當麻被殺害後，美雪因為害怕而讓金田一睡在她的房間。
爬煙囪推測明智為兇手的人，在原作是愛德華可倫坡，動畫版則是金田一。
理察安德森在原作是被拷問器具鐵處女所殺，動畫版殺害方式並沒有詳細說明。
沒有瑪麗亞菲蘇德美疑似吸血鬼的設定，刪去被真木目、多歧川私自拘禁的情節。
刪去找尋密道的情節。
真木目仁在原作初登場是假裝成蠟人形嚇人，動畫版則是普通的出場。
追加一個關於「NOOW」（「MOON」倒過來）字條的謎題。
並未詳細提到明智健悟父親的事情，刪去結尾明智警視在其父親照片前斟酒致敬的情節。
因為一度被金田一猜測為兇手，明智以此為由自此與金田一成為推理方面的競爭對手。

怪盜紳士的殺人

岸一成未登場。
刪去放火燒樹的情節。
2名不良少女勒索小櫻的情節，從要拿她的內褲變成索要金錢。
與金田一演戲逼出怪盜紳士的人選，原作是羽澤星次，動畫是和久田春彥。
刪去小櫻向金田一索吻的情節。
怪盜紳士逃亡的手段，原作是乘黑色大氣球，動畫版是搭直升機。
詢問小櫻為何殺蒲生的是美雪，原作是小宮山。
刪去提及小宮山可能是小櫻生父的情節。
刪去吉良勘治郎說無論原作者多麼惡劣、好東西就是好東西的情節。

悲報島殺人事件

原作名為秘寶島殺人事件。
金田一的父親未登場。
刪去出行前測驗的情節。
火村康平的死因改為在戶外被槍殺。
原作中金田一想偷看美雪洗澡，動畫改為美雪突然尖叫時金田一擔心有事而去查看（但仍然被砸一身水）。
兇手的年齡從13歲變更為15歲，並且未提及自己伯父曾性虐待自己、9歲時自己殺害伯父的情節。
案件結尾劍持未登場。

惡魔組曲殺人事件

御堂優歌變更為山根優歌，角色定位從御堂周一郎的孫女變更成經紀人。
原作以及真人版中劍持警部的戲份由明智警視取代。
刪除麥克亨利和紅亞里沙與車掌爭執的橋段
麥克屍體的第一發現者從風倉百合惠變更為山根優歌。
原作中御堂周一郎與紅亞理沙為情侶關係，動畫版改為父女。

飛驒機關宅邸殺人事件

侍女桐山環和劍持和枝未登場。
「獵頭武者」、「生首神社」、「生首祭典」分別改為「詛咒武者」、「武者神社」、「武者祭典」。
為符合電視尺度，沒有詳細畫出無首屍體的情狀。
破案後金田一並未跟冬木醫生提到紫乃調換嬰兒被醫生看到。
冬木梅的登場次數減少。
沒有事件後金田一等人與巽隼人對話的情節。
刪去事件後劍持吐槽自己太太，結果被自己太太聽到的情節。

歌劇院殺人事件

原作中金田一一行人是先乘坐火車後才乘船到目的地，動畫版刪去乘坐火車的情節
追加金田一因為暈船而嘔吐的情節
桐生春美由二年級變為三年級
兇手變更為神矢修一郎，原作的兇手有森裕二的形象被改為月島冬子兄長月島亮二
原話劇社顧問老師由緒方夏代改為月島亮二，而緒方夏代改為歌劇院旅館主廚
漫畫版月島冬子的戀人為有森裕二，動畫版改為神矢修一郎
追加日高織繪被殺前，在浴簾上看到威脅血字的情節，以及出現疑似潑灑到月島冬子的該瓶硫酸。
日高織繪被殺的兇器從舞台燈改為大吊燈
結城英作與劍持勇未登場
月島冬子的日記成為事件關鍵
追加緒方千代翻閱月島冬子的日記
使金田一一行人受困於小島上的颱風號數，由九號颱風改為二十號颱風
沒有提到黑澤和馬女兒自殺一事
緒方夏代在浴室被發現屍體時有穿著衣物
使月島冬子毀容的硫酸漫畫版放在置物櫃架上，動畫版則是放在桌上
在走廊追趕兇手時，漫畫是扔出點燃打火機，動畫是朝金田一揮劍砍去而讓兇手脫身
漫畫裡兇手最後是死於十字弓，動畫是站在高處跳下並且自己在腹部刺一刀
十字弓在漫畫為話劇社所有，動畫則是歌劇院所有
動畫版中把月島冬子的遺書交給金田一和美雪的是月島亮二，而並非劍持
追加月島亮二默允金田一和美雪翹課到神矢修一郎的墓的情節