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（一）00年代後新建線路對人流量的估計普遍嚴重失真。4、5、8、10四條重要的黃金線位只給了6B（1和2就不說了，上世紀80年的之前的產物，不必苛責前人），運力嚴重不足。16號線這種新建線路又直接上8A，實際上16號線給6B就足夠了，最多6A。
（二）不重視東西向線路的建設，直到2025年深度貫穿全城的東西向線路也只有兩條。早期全靠1號線支撐，而且一度還因為對郊區線路的錯誤觀點把1號線本體和八通線分段建設，後面大費周折去研究如何貫通。現在東西向客流全部湧入1號線和6號線，直接擠爆。7號線市區斷頭通達度不夠而且因為設站疏密失當和東段線位走向問題並沒有有效分流1和6，通州段形同虛設。未來能夠貫穿全城的東西向線路依然嚴重不足：R1已經基本被砍掉；R5東大橋以東也夠嗆能修；3號線東四十條以西大機率永久棄建（最多先修阜外，然後分段運營）；11號線太磨嘰而且麗澤以東大也屬於畫餅；12號線西端市區斷頭，主要是作為10北的分流線存在；15號線市區段換乘職能極差，不接入西苑可以視為殘疾線路；北部聯絡線和南部聯絡線（31號線）更是有生之年系列。
（三）隨意修改線路，不重視線網的協調性和後期建設方便性。比如4號線放棄原規劃在新街口拐彎，不但搶佔了3號線的站台，還把9號線白頤路段奪舍，導致9號線的潛力無法挖掘，斷頭在國圖。而原本應該作為普線路由建設的4北給了19號線，礙於其快線屬性，造成了巨大的地鐵盲區。又比如6號線，為了方便接駁S1，搶走了3號線南鑼鼓巷以西段，把皇城難題留給後人智慧解決。
