台灣電力公司萬大發電廠第二辦公室是當時霧社事件發生的地點

大正十四年式手槍（8 x 22mm）

明治卅八年式步槍

由馬赫坡高地之塹壕向馬赫坡大岩窟砲擊

斬殺賽德克

聲援：






台灣漢人方面以蔣渭水為首的民眾黨，霧社事件發生第四天即使用《台灣新民報》報道事件直至第二次霧社事件止，並特設霧社事件民意專欄，交流台灣各方意見，亦報道台灣自治聯盟及民眾黨對此事的抗議活動。刊出時常遭日方當局將特定字刪除，然背後編輯謝春木常以巧妙文筆少字刊載過關。
時總督府封鎖毒氣屠殺原住民的消息，當時的台灣自治聯盟上拓務省抗議： 一、指責毒瓦斯使用。二、對無知蕃人出兵、過去理蕃政策錯誤，嚴重抗議。三、要求台灣總督辭職。
霧社事件同年12月8日，民眾黨向拓務大臣等拍發電報：
一、警察對蕃人剝削、殘忍處罰造成霧社事件發生。
二、請速免去總督、警務局長、台中州州知事等人之職，
三、保證蕃人生活自由，不阻礙民族發展的政策為宜。
四、徹底改革警察制度弊害。
除發電日本內閣，同日亦向日本大眾黨及勞農黨發送電報，請其派人來台調查霧社事件，促使大眾黨河野密等抵台調查。
1931年1月，民眾黨納入「反對一切妨害蕃人民族自由發展」條文。亦向總部位在日內瓦之國際聯盟發電，抗議「日本使用毒瓦斯屠殺台灣霧社人民」，狀告國際。日本內閣終於正視此問題，轉成日本中央政治事件。然也造成總督府強制解散民眾黨。
另，當時謝雪紅等台灣共產黨，霧社事件後也於「對少數民族的工作」條文中，列「國內民族一律平等」等黨綱。
除直接抗議外，亦有許多文學作品批判殖民當局對原住民的迫害，與提示漢人也該反抗暴政。例如一得知霧社事件後，吳新榮即題詩《題霧社暴動畫報》；《台灣新民報》上發表的：陳虛谷雜文《隨筆》、新詩《敵人》；賴和以筆名安都生寫的《南國哀歌》一詩，特列如下：
所有的戰士已都死去，只殘存些婦女小兒，這天大的奇變，誰敢說是起於一時？
人們最珍重莫如生命，未嘗有人敢自看輕，這一舉會使種族滅亡，在他們當然早就看明，
但終於覺悟地走向滅亡，這原因就不容妄測。
雖說他們野蠻無知？看見鮮紅的血，便忘卻一切歡躍狂喜，
但是這一番啊！明明和往日出草有異。

在和他們同一境遇，一樣呻吟於不幸的人們，那些怕死偷生的一群，
在這次血祭壇上，意外地竟得生存，便說這卑怯的生命，神所厭棄本無價值。
但誰敢信這事實裏面，就尋不出別的原因？

「一樣是歹命人！趕快走下山去！」
這是什麼言語？這有什麼含義？這是如何地悲悽！這是如何的決意！
是怨是讎？雖則不知，是妄是愚？何須非議。
舉一族自願同赴滅亡，到最後亦無一人降志，敢因為蠻性的遺留？ 是怎樣生竟不如其死？
恍惚有這呼聲，這呼聲，在無限空間發生響應，
一絲絲涼爽秋風，忽又急疾地為它傳播，好久已無聲響的雷， 也自隆隆地替它號令。

兄弟們！來--來！來和他們一拚！憑我們有這一身，我們有這雙腕，
休怕他毒氣、機關鎗！休怕他飛機、爆裂彈！
來！和他們一拚！兄弟們！憑這一身！憑這雙腕！
兄弟們到這樣時候，還有我們生的樂趣？
生的糧食儘管豐富，容得我們自由獵取？
已闢農場已築家室，容得我們耕種居住？
刀鎗是生活上必需的器具，現在我們有取得的自由無？
勞動總說是神聖之事，就是牛也只能這樣驅使，
任打任踢也只自忍痛，看我們現在，比狗還輸！
我們婦女竟是消遣品，隨他們任意侮弄蹂躪！
那一個兒童不天真可愛，凶惡的他們忍相虐待，
數一數我們所受痛苦，誰都會感到無限悲哀！
兄弟們來！來！捨此一身和他一拚！
我們處在這樣環境，只是偷生有甚麼路用，眼前的幸福雖享不到，也須為著子孫鬥爭。

不當情事及報告：


此事件基本上原住民與日本人均有不當情事，1931年1月，總督石塚英藏、總務長官人見次郎遭日本內閣撤換，警務局長石井保、臺中州知事水越幸一亦去職以示負責。之後，繼任的總督太田政弘，於短期間內雖提出善待原住民的政策試圖平息風波；但新任總務長官的高橋守雄仍因處理不當，發生二次霧社事件而去職。
原住民部份：
原住民不當情事列舉如下：
血腥野蠻無差別殺害所遇到的日人與部分漢人


殖民政府部份：
日本殖民政府不當情事舉例如下：
提升治安事件為戰爭。出動軍隊、大砲、戰機等處理治安事件，且事後無任何應有之法律審判程序。
違反自己所訂立之出草禁令、並鼓勵出草：日本政府利用賽德克族群間因為爭奪獵場等產生的敵對，以夷制夷，鼓勵味方藩出草，定出獎金以獎勵親日部落去殺害起事的部落：殺掉頭目可得二百元；殺壯丁得一百元；殺婦女得三十元；幼兒二十元（當時一位山地巡察月薪約三十五元上下）；莫那·魯道之首級更被懸賞為特別獎。
就在霧社事件之前，莫那魯道也曾經因為日方的威脅利誘而攻打（出草）過周遭的社。日軍並利用馬赫坡社和他社爭奪獵地的嫌隙，脅迫利誘霧道澤、德魯固、萬大、馬力巴、白狗諸等社的原住民，以提供賞金和槍枝彈藥為條件，強制或利誘諸社組成「味方蕃」襲擊隊以協助日人軍警部隊參與戰鬥，對當時大肆出草的泰雅族原住民進行報復。對原住民極盡分化，使其自相殘殺。但也有「味方蕃」聲稱並非受到威脅利誘，而是主動向日軍要求參與戰鬥，目的是為了報仇。
殘殺戰俘：武裝鎮壓後，日人更以注射毒針的方式讓受傷的族人中毒身亡。
斷裂原住民傳統成長文明：以集中管理方式，將霧社事件倖存的298名生還者，「集體遷村」，移居到北港溪與眉原溪交會處之川中島（今南投縣仁愛鄉清流部落），最終導致霧社部落傳統成長文明的斷裂。
屠殺平民，攻擊不設防村落：日軍採取對未參戰平民與起事族人間無差別的屠殺、攻擊不設防村落（undefended towns, villages, habitations and buildings）
涉嫌使用化武毒氣（毒ガス）：使用化武毒氣等手段進行鎮壓，已經嚴重違反1899年海牙公約、1907年第二次海牙公約（The Hague Convention respecting the laws and customs of war on land/ Hague Convention）等規範作戰手段、維護人道的國際法、國際戰爭法（The Laws of War）相關條文規定，因而引發國際，甚至日本國會的強烈譴責。日軍違反人道使用毒氣彈，證據之一霧社小學校出草事件後6天（1930年11月3日），臺灣軍司令即發電給陸軍大臣的「有關兵器送附之文件」中有「有鑒於叛徒的躲藏區域為有斷崖的森林地帯，希望能使用腐蝕性投下弾及山砲弾並請儘快交付」的記錄。
「掩蓋」使用毒氣、瓦斯等化學物質之實：霧社事件發生後，臺灣總督和臺灣軍司令商量是否派軍隊鎮壓，經過行政程序，最後決定派兵鎮壓，並於來往文書中明定，毒氣、瓦斯等化學物質以代號表示（1930年11月5日台灣軍參謀長宛　副官發「糜爛性彈藥的使用對外會遭非議，將來瓦斯彈有關事項要用暗號表示之。」。，三日後，參謀部《陣中日誌》即開始顯示毒瓦斯加註代號的使用記錄。致日後部分研究學者試圖以日本官方文件否定使用毒氣之事實。不過也有學者表示：究竟有沒有使用毒氣，真相如何，學者間莫衷一是。
未將莫那魯道遺體人道安葬，數度公開展示，當成標本：依據學者戴寶村〈莫那魯道與台灣原住民的反抗運動〉一文的調查，莫那魯道他們退到馬赫坡後面的洞穴之後，日本人炸不到那個洞穴，但是他們實在沒有辦法反抗，最後全部自殺。賽德克族人都以上吊的方式自殺，從當時日本人所拍下來的照片可以看到，一棵樹吊了很多人，以至於樹枝都彎曲下垂。有的婦女為了讓男子沒有後顧之憂而勇敢作戰，自己便先自殺。莫那魯道後來看到大勢已去，就在山上洞穴自殺。由於他的屍體沒有完全腐化，有一半變成木乃伊，1934年才被尋獲。1934年6月13日能高郡役所新落成紀念展，公開展示，日當局亦要求霧社部落代表下山觀賞。同年7月「警察展覽會」上，莫那的遺骸，第二度被公開展示，地點轉至臺北。之後送到臺北帝國大學當作人類學標本，1973年才被送回霧社安葬。


調查報告：
依據旅居日本的作家盧千惠於2004年10月27日投書《中國時報》的〈永誌台灣英雄莫那魯道〉一文中，提及事件發生後，日本帝國議會的議員河野密，來台灣調查真相，並在1931年三月號的《中央公論》，發表一篇〈調查霧社事件的真相〉。文章說：
（一）原住民因為缺乏手段和方法，所以無法表達真相。
（二）事件的多數當事人，不論原住民或是日方警察，因為在事件中消失，無法判斷事件的是非。
（三）事件後，最早進入霧社的記者受到限制，無法報道真相。致霧社事件到現在還是「謎」。
在強大的國家主義體制下，國會議員河野密不信任總督府單方面的証言，還親自來臺找尋真相，為公義發聲。
身高180公分，高魁、智武雙全的頭目莫那魯道，受總督府招待觀光日本後，曾說過：「日本人比濁水溪的石頭還多，他們有專門教殺人的學校（指軍校），每日製造機關鎗、大砲、炸彈（指兵工廠）……」。莫那魯道知道抗日沒有取勝的機會，分析給他的族人聽。他們不願意永被奴役，選擇拚死的決心，表達活就要活得有尊嚴。因此，莫那魯道率領三百名願為尊嚴玉碎的原住民，共赴慘烈的義舉。

此事件發生後，日本國會大眾黨議員河野密、川上丈太郎來台調查，1931年6月在國會嚴詞抨擊拓務大臣、陸軍大臣、總理大臣施用毒氣的情事。日本內閣撤換相關人員。

爭議之日軍之毒氣彈使用：
目前學術界對於究竟有沒有使用毒氣（芥子氣），真相如何，並無共識。起因於霧社事件發生後，11月3日台灣軍司令官發給陸軍大臣的電報「有關兵器送附之文件」中有「有鑒於叛徒的躲藏區域為有斷崖的森林地帯，希望能使用腐蝕性投下弾及山砲弾並請儘快交付」的記錄。但是，陸軍省在回覆台灣軍上述要求的電報中指示，「糜爛性彈藥的使用不予討論，將來關於瓦斯彈的事項，以暗號表示之。」（「糜爛性弾薬ノ使用ハ対外的其他ノ関係上詮議セラレス，將來瓦斯弾ニ関スル事項ハ暗號ヲ以テセラレ度」，昭和５年１１月５日台灣軍參謀長宛　副官発）。陸軍省駁回糜爛性彈藥的使用，指示台灣軍關於將來瓦斯彈的事項，以代號進行連絡，因此部分研究學者根據日本官方往來之文件否定使用瓦斯彈之事。
日軍官方記錄僅宣稱使用了催淚彈性質的彈頭，而在經歷日軍特殊炮彈攻擊的原住民之記憶中，雖然稱炮彈產生之煙霧令人「皮膚發爛、頭疼、非常痛苦、僅想一死了之」，但仍難以斷定砲彈內裝有何種物質。

爭議之遭擄獲日軍機關槍：
本次事件中日軍曾損失兩挺輕機關槍且為起義原住民擄獲，然而遺失之時間與細節卻存有爭議。
依總督府警察署所編《霧社事件誌》之說法，損失之機槍係臺南安達大隊於十一月五日一文字高地(馬赫坡高地)之戰中因傷亡過大而拋棄為敵所奪，損失槍款為槍身編號1418及4801的大正十一式輕機槍，近年整理所得之塞德克族口述歷史亦大致支持該說。然而日軍霧社指揮部於10月31日發佈的軍令中，卻已提及原住民擁有兩挺機關槍、要求第一線部隊提高警戒之內容。由於《霧社事件誌》同樣曾提及起事原住民於霧社分室奪取軍火中包括若干山炮用藥包這類非警察編制物品，因此亦無法否定兩把輕機槍乃原住民從霧社警察單位方面繳獲之可能性。另外，漫畫家邱若龍在漫畫《霧社事件（漫畫巴萊）》及魏德聖電影《賽德克·巴萊》中，則以原住民以奇襲方式攻擊日軍哨站的情節解釋機槍之來源。
不過相對於日方對原住民持有機槍的緊張態度，兩挺機槍卻因槍枝故障與塞德克族人不熟悉操作法等因素未能發揮戰力，後來分別於11月下旬及12月初被尋獲。

大正十一年式輕機槍