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古時候有個叫烏蓮耶的人，自立為王，立國號為黑。此人追求人定勝天、逆天改命，因而特招了一批術士為他煉長生不老丹和返老還童丹，這批煉丹人中有一對宮姓夫妻。
宮姓夫妻後來因謀反被殺，留下長女宮明美和尚在襁褓的次女宮志保。烏蓮耶特命手下愛將黑澤陣監護宮志保成長。宮志保天賦異稟，順利接手父母工作，繼續為烏蓮耶煉丹。
哪曾想，宮志保之母有一位同胞姊姊，名喚世瑪麗，其夫赤務武死於烏蓮耶麾下的朗穆之手，其子赤秀一為報殺父之仇，潛入黑國，結識宮姓姐妹，與宮明美假戀、獲得信任，並逐步打入黑國深處。最後赤秀一設局抓捕黑澤陣，卻反被手下人壞了計劃。赤秀一潛逃。
宮氏姐妹被嚴格監視。宮明美不堪其擾，提出脫離黑國。最後黑國出爾反爾，殺害了宮明美，宮志保聽聞，罷工抗議，隨後心灰意冷，服丹自盡。
宕開一筆說這丹。這丹名喚【阿（e）菩提心邕哈羅庫】（感謝
@尼伯喵根丶
賜名），在宮姓夫婦手裡即開始研製，後被宮志保還原。是藥三分毒，這丹更是有三百分毒，殺人不留痕，死亡率其高，被黑國拿來作暗殺之藥。那宮明美被殺之前，黑澤陣曾拿這丹毒殺一位少年名探，名喚工藤新。誰知那工藤新運氣極好，沒死在丹下，反被縮回了七歲小兒之身。工藤新有一青梅竹馬戀人，喚做毛利蘭，工藤新縮小後便借住在她家，伺機向黑國報仇。
接著來說那宮志保。她欲服丹自盡，不料居然也縮回了黃口小兒之軀，得以僥倖逃脫。她之前曾暗訪工藤宅，發覺工藤新縮小未死，便在那生死簿上將他改成「死亡」，以保全他性命；此番她已無路可去，只好投奔工藤新，不曾想倒在工藤鄰居笠家門口。笠家只有一位年逾五旬的鰥夫，人稱笠博士，為人善良、酷愛發明，便收留了宮志保。
笠博士亦知工藤新變小一事，便安排宮志保化名灰原哀，入學工藤新所在私塾，此時工藤新亦已化名江柯南。兩人從敵到友，並肩作戰，多次命懸一線，卻總能化險為夷。不提。
機緣巧合得知，黑國中已有許多潛伏的間諜，江柯南隨後結識了上文提到過的赤秀一及水蓮奈、安室透等人。江柯南設下驚天大局，瞞天過海，以水蓮奈假殺赤秀一騙過黑澤陣，換取水蓮奈在黑國的穩固地位。赤秀一隨即變裝化名沖矢昴，暗中保護宮志保……
那工藤新絕非不愧為少年名探，絕非等閒之輩。身子雖縮小至七歲小兒，頭腦依舊超出常人。毛利蘭之父毛利五郎乃一介平庸偵探，工藤新便利用笠博士所發明之催眠針使其入睡，隨後上演雙簧破案之法。因解決無數奇案難案，人送雅號「沉睡之五郎」。
工藤新亦有一好友，名叫服部平，江湖素有「東之工藤，西之服部」的美稱。服部平與工藤新志趣相投、惺惺相惜，知曉工藤新暗中對抗黑國一事，給予他許多幫助。
工藤新與毛利蘭兩年前曾遠遊米國，意外救下一銀髮殺人魔。那銀髮殺人魔竟是黑國大將貝摩德假扮，本想暗殺赤秀一，卻反被打傷，即將墜樓之際獲毛利蘭所救。貝摩德與烏蓮耶關係匪淺，卻一心想要黑國覆滅。此番被工藤毛利二人所救，內心感激異常，便暗中保護兩人，甚至放縱工藤新攻擊黑國。然而貝摩德卻與宮家是世仇，宮姓夫婦死後，對宮志保依舊窮追不捨。江柯南兩次破壞貝摩德暗殺宮志保的計劃，貝摩德才就此收手。
再說那安室透。此人原名降谷零，與宮家是舊交，卻與赤秀一是死敵。此人亦非等閒之輩，一人攪得局勢動蕩不安；更手握貝摩德最深之秘密。一番波折後，終於答應與工藤、赤家合作。
上文提到，赤秀一有一母，名曰世瑪麗。此人可謂女中豪傑，曾與黑國交手，但亦慘遭下丹，縮小為兒童，行動多有不便。其女世真純，即赤秀一之妹為其眼線，代之收集情報。因舊時曾與工藤新相遇，又目擊江柯南現狀，一路追隨他至此，欲奪宮志保所制之復原丹，向黑國報仇雪恨。
黑國看似腹背受敵，實則不然；紅方看似所向披靡，實則非也。紅方暗藏的黑國間諜尚未浮出水面，只怕揭露真身之時，會令局勢瞬間逆轉，令所有人大為震驚……
欲知後事如何，且聽下回分解。
