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古时候有个叫乌莲耶的人，自立为王，立国号为黑。此人追求人定胜天、逆天改命，因而特招了一批术士为他炼长生不老丹和返老还童丹，这批炼丹人中有一对宫姓夫妻。
宫姓夫妻后来因谋反被杀，留下长女宫明美和尚在襁褓的次女宫志保。乌莲耶特命手下爱将黑泽阵监护宫志保成长。宫志保天赋异禀，顺利接手父母工作，继续为乌莲耶炼丹。
哪曾想，宫志保之母有一位同胞姊姊，名唤世玛丽，其夫赤务武死于乌莲耶麾下的朗穆之手，其子赤秀一为报杀父之仇，潜入黑国，结识宫姓姐妹，与宫明美假恋、获得信任，并逐步打入黑国深处。最后赤秀一设局抓捕黑泽阵，却反被手下人坏了计划。赤秀一潜逃。
宫氏姐妹被严格监视。宫明美不堪其扰，提出脱离黑国。最后黑国出尔反尔，杀害了宫明美，宫志保听闻，罢工抗议，随后心灰意冷，服丹自尽。
宕开一笔说这丹。这丹名唤【阿（e）菩提心邕哈罗库】（感谢
@尼伯喵根丶
赐名），在宫姓夫妇手里即开始研制，后被宫志保还原。是药三分毒，这丹更是有三百分毒，杀人不留痕，死亡率其高，被黑国拿来作暗杀之药。那宫明美被杀之前，黑泽阵曾拿这丹毒杀一位少年名探，名唤工藤新。谁知那工藤新运气极好，没死在丹下，反被缩回了七岁小儿之身。工藤新有一青梅竹马恋人，唤做毛利兰，工藤新缩小后便借住在她家，伺机向黑国报仇。
接着来说那宫志保。她欲服丹自尽，不料居然也缩回了黄口小儿之躯，得以侥幸逃脱。她之前曾暗访工藤宅，发觉工藤新缩小未死，便在那生死簿上将他改成“死亡”，以保全他性命；此番她已无路可去，只好投奔工藤新，不曾想倒在工藤邻居笠家门口。笠家只有一位年逾五旬的鳏夫，人称笠博士，为人善良、酷爱发明，便收留了宫志保。
笠博士亦知工藤新变小一事，便安排宫志保化名灰原哀，入学工藤新所在私塾，此时工藤新亦已化名江柯南。两人从敌到友，并肩作战，多次命悬一线，却总能化险为夷。不提。
机缘巧合得知，黑国中已有许多潜伏的间谍，江柯南随后结识了上文提到过的赤秀一及水莲奈、安室透等人。江柯南设下惊天大局，瞒天过海，以水莲奈假杀赤秀一骗过黑泽阵，换取水莲奈在黑国的稳固地位。赤秀一随即变装化名冲矢昴，暗中保护宫志保……
那工藤新绝非不愧为少年名探，绝非等闲之辈。身子虽缩小至七岁小儿，头脑依旧超出常人。毛利兰之父毛利五郎乃一介平庸侦探，工藤新便利用笠博士所发明之催眠针使其入睡，随后上演双簧破案之法。因解决无数奇案难案，人送雅号“沉睡之五郎”。
工藤新亦有一好友，名叫服部平，江湖素有“东之工藤，西之服部”的美称。服部平与工藤新志趣相投、惺惺相惜，知晓工藤新暗中对抗黑国一事，给予他许多帮助。
工藤新与毛利兰两年前曾远游米国，意外救下一银发杀人魔。那银发杀人魔竟是黑国大将贝摩德假扮，本想暗杀赤秀一，却反被打伤，即将坠楼之际获毛利兰所救。贝摩德与乌莲耶关系匪浅，却一心想要黑国覆灭。此番被工藤毛利二人所救，内心感激异常，便暗中保护两人，甚至放纵工藤新攻击黑国。然而贝摩德却与宫家是世仇，宫姓夫妇死后，对宫志保依旧穷追不舍。江柯南两次破坏贝摩德暗杀宫志保的计划，贝摩德才就此收手。
再说那安室透。此人原名降谷零，与宫家是旧交，却与赤秀一是死敌。此人亦非等闲之辈，一人搅得局势动荡不安；更手握贝摩德最深之秘密。一番波折后，终于答应与工藤、赤家合作。
上文提到，赤秀一有一母，名曰世玛丽。此人可谓女中豪杰，曾与黑国交手，但亦惨遭下丹，缩小为儿童，行动多有不便。其女世真纯，即赤秀一之妹为其眼线，代之收集情报。因旧时曾与工藤新相遇，又目击江柯南现状，一路追随他至此，欲夺宫志保所制之复原丹，向黑国报仇雪恨。
黑国看似腹背受敌，实则不然；红方看似所向披靡，实则非也。红方暗藏的黑国间谍尚未浮出水面，只怕揭露真身之时，会令局势瞬间逆转，令所有人大为震惊……
欲知后事如何，且听下回分解。
