日語里包含了若干音系衍化規律，這些均極大幅度地改變了原本輔音和元音的呈現型態。

輔音[編輯]/s/,/z/日語的/s/, /z/音位，後接硬顎近音/j/和前高元音/i/時，分別顎音化成[ɕ], [ʑ(或dʑ)]這兩個音位變體。

さしすせそ
[sa]  [ɕi]  [sɯ]  [se]  [so]  

ざじずぜぞ
[za]  [ʑi]/[dʑi]  [zɯ]  [ze]  [zo]  
在/z/的所有同位音之中，以塞擦音[dʑ]最常見，特別是在開口第一字時，/ɴ/(或/n/之後)，依分析的不同而定。而塞擦音[ʑ]可能出現在元音之間。然而，兩者都是可以自由變換的。[n̠ʲ]是齦顎音，不是真正的硬顎音。
此外，連接/j/音的範例如下：

/sj/ → [ɕ]
(羅馬字為sh):  /sjaboɴ/ → /ɕaboɴ/ → [ɕabõɴ]
shabon シャボン '肥皂'  
/zj/ → [dʑ]或[ʑ]
(羅馬字為j):  /zjaɡaimo/ → /dʑaɡaimo/ → [dʑaŋaimo]
じゃがいも '馬鈴薯'  

/t/,/d/

日語的/t/, /d/音位，後接硬顎近音/j/和前高元音/i/時，分別顎音化並塞擦音化成[t̠͡ɕ], [d̠͡ʑ]這兩個音位變體。
日語的/t/, /d/音位，後接後高元音/ɯ/時，分別塞擦音化成[t͡s], [d͡z]這兩個音位變體。

たちつてと
[ta]  [t̠͡ɕi]  [t͡sɯ]  [te]  [to]  

だぢづでど
[da]  [d̠͡ʑi]  [d͡zɯ]  [de]  [do]  

上古日語→現代日語
/tu/  →  /tsu/  
/du/  →  /dzu/  
而在/j/之前，範例如下：

/tj/ → [tɕ] (羅馬字為ch):  /tja/ → /tɕa/ → [tɕa] cha 茶 '茶'

  

/z/,/d/中立化在現代日語中，音位/z/和/d/後接元音/i/或元音/ɯ/時，它們之間的對比呈現中立化。
雖然在「現代假名遣」的拼寫改革中，曾主張將「ぢ」「づ」分別改寫成「じ」「ず」，以反映當時的語音狀況，
如：


せかいじゅう(世界中) ← せかい(世界) ＋ ちゅう(中)
ゆうずう(融通) ← ゆう(融) ＋ つう(通)但在某些字詞上仍有保留下這種構詞上的書寫差異。
如：


はなぢ(鼻血) ← はな(鼻) ＋ ち(血)
みかづき(三日月) ← みか(三日) ＋ つき(月)近來，由於外語借字的關係，/zu/和/du/的對比（[zɯ] vs [dzɯ]）又再次地引入到日語，重新介紹給年輕族群。
如：


英語的goods /ɡudːzu/有拼寫成「グッズ」和「グッヅ」兩種分歧。

/h/

日語的/h/音位，後接硬顎近音/j/和元音/i/時，發成硬顎擦音[ç]，受顎化作用影響。
日語的/h/音位，後接元音/u/時，則發音成雙唇擦音[ɸ]。
はひふへほ
[ha]  [çi]  [ɸɯ]  [he]  [ho]  
西元17世紀，葡萄牙傳教士來到日本時，將假名記載為「fa, fi, fu, fe, fo」，由此推測現在的[h]是由[ɸ]去口音化來的。學界普遍認為，在9到17世紀這段時期的日語，/h/音位在任何元音環境下，均是發成清雙唇擦音[ɸ]。甚至從方言上和分佈區域上的證據顯示，可推測在這段時期的某個時點或在這之前，[ɸ]可能是從清雙唇塞音[p]擦音化來的。

塞音塞擦音化
affrication塞擦音擦音化
spirantization擦音去口音化
debuccalization喉擦音
[p]  →  [pɸ]  →  [ɸ]  →  [h]

  

顎化作用當輔音後接前高元音或硬顎近音時（如日語里的/i/和/j/），受到這些元音或半元音的發音特徵影響，使得其發音部位預期性地靠近後接元音或半元音所在之硬顎，此種同化作用，語言學上稱之為顎化作用。
日語里，除了前述的/s/, /z/, /t/, /d/, /h/等音位，/n/,/m/,/g/後接/i/和/j/時也會有顎化情形出現，分別顎化成[n̠ʲ], [mʲ], [ɡʲ]等音位變體。
範例：

/m/ → 顎化的[mʲ]:  /umi/ → [u͍mʲi] umi 海 '海'  
/ɡ/ → 顎化的[ɡʲ]:  /ɡjoːza/ → [ɡʲoːza] gyōza ぎょうざ '餃子'  
etc.  

弱化作用弱化作用是由強勢音轉為弱勢音。在日語里常見的輔音弱化情形，為由塞音轉弱為鼻塞音、擦音或塞擦音，如前述的[t]→[ts]、[d]→[dz]、[p]→[ɸ]→[h]等等均是。
在現代日語里，也有新弱化情形的出現，如濁雙唇塞音[b]弱化為濁雙唇擦音[β]、濁軟顎塞音[ɡ]弱化為濁軟顎擦音[ɣ]或濁軟顎鼻塞音[ŋ]。


/b/ → [β]: /abaɾeɾu/ → [aβaɾeɾu͍ ] abareru 暴れる '狂暴'
/ɡ/ → [ɣ]: /haɡe/ → [haɣe] hage はげ '禿頭'

/ɡ/音位的變異情形比較複雜，因此分析上日語使用者被歸類為以下三種群體：


A.此群體交替地使用濁軟顎鼻塞音[ŋ]和濁軟顎塞音[ɡ] 於非字首的/ɡ/，對此群體而言，[ŋ]和[ɡ]為自由變體。
B.此群體一致性地使用濁軟顎鼻塞音[ŋ]於非字首的/ɡ/。
C.此群體一致性地使用濁軟顎塞音[ɡ] 於非字首的/ɡ/。日語人士中，大多數為群體A、少部份為群體B、極小部份為群體C。群體A和群體C者，在隨意和快速的言談中，可能會出現[ɣ]此音位變體；但對群體B而言，在他們的音韻系統里並沒有[ɣ]此音，並且把/ŋ/和/ɡ/視為不同音位。
/ɡ/可能被弱化成/ŋ/，可能在兩個元音之間，或元音和子音之間。然而，在日語使用者之間，還是存在許多差異。有些人，例如Vance(1997)，認為這些差異是緣自社會階級；還有些人，如Akamatsu (1997)，然為和年齡、地理位置有關。 一般化的情形如下。

在詞語的開頭


所有現代日語使用者在詞的開頭大多使用塞音[ɡ]:  /ɡaijuu/ → [ɡaiju͍u͍] gaiyū 外游 '海外旅行'   (但不是 *[ŋaiju͍u͍])

在簡單詞語的中間（即非合成詞）


A. 大多使用者自由地交替使用[ŋ]或[ɡ]:  /kaɡu/ → [kaŋu͍] 或 [kaɡu͍] kagu 傢具 '傢具'
B. 大多使用者一致地使用 [ŋ]:  /kaɡu/ → [kaŋu͍]   (但不是 *[kaɡu͍])
C. 較少數人一貫地使用 [g]:[1]  /kaɡu/ → [kaɡu͍]   (但不是 *[kaŋu͍])