日语里包含了若干音系衍化规律，这些均极大幅度地改变了原本辅音和元音的呈现型态。

辅音[编辑]/s/,/z/日语的/s/, /z/音位，后接硬颚近音/j/和前高元音/i/时，分别颚音化成[ɕ], [ʑ(或dʑ)]这两个音位变体。

さしすせそ
[sa]  [ɕi]  [sɯ]  [se]  [so]  

ざじずぜぞ
[za]  [ʑi]/[dʑi]  [zɯ]  [ze]  [zo]  
在/z/的所有同位音之中，以塞擦音[dʑ]最常见，特别是在开口第一字时，/ɴ/(或/n/之后)，依分析的不同而定。而塞擦音[ʑ]可能出现在元音之间。然而，两者都是可以自由变换的。[n̠ʲ]是龈颚音，不是真正的硬颚音。
此外，连接/j/音的范例如下：

/sj/ → [ɕ]
(罗马字为sh):  /sjaboɴ/ → /ɕaboɴ/ → [ɕabõɴ]
shabon シャボン '肥皂'  
/zj/ → [dʑ]或[ʑ]
(罗马字为j):  /zjaɡaimo/ → /dʑaɡaimo/ → [dʑaŋaimo]
じゃがいも '马铃薯'  

/t/,/d/

日语的/t/, /d/音位，后接硬颚近音/j/和前高元音/i/时，分别颚音化并塞擦音化成[t̠͡ɕ], [d̠͡ʑ]这两个音位变体。
日语的/t/, /d/音位，后接后高元音/ɯ/时，分别塞擦音化成[t͡s], [d͡z]这两个音位变体。

たちつてと
[ta]  [t̠͡ɕi]  [t͡sɯ]  [te]  [to]  

だぢづでど
[da]  [d̠͡ʑi]  [d͡zɯ]  [de]  [do]  

上古日语→现代日语
/tu/  →  /tsu/  
/du/  →  /dzu/  
而在/j/之前，范例如下：

/tj/ → [tɕ] (罗马字为ch):  /tja/ → /tɕa/ → [tɕa] cha 茶 '茶'

  

/z/,/d/中立化在现代日语中，音位/z/和/d/后接元音/i/或元音/ɯ/时，它们之间的对比呈现中立化。
虽然在“现代假名遣”的拼写改革中，曾主张将“ぢ”“づ”分别改写成“じ”“ず”，以反映当时的语音状况，
如：


せかいじゅう(世界中) ← せかい(世界) ＋ ちゅう(中)
ゆうずう(融通) ← ゆう(融) ＋ つう(通)但在某些字词上仍有保留下这种构词上的书写差异。
如：


はなぢ(鼻血) ← はな(鼻) ＋ ち(血)
みかづき(三日月) ← みか(三日) ＋ つき(月)近来，由于外语借字的关系，/zu/和/du/的对比（[zɯ] vs [dzɯ]）又再次地引入到日语，重新介绍给年轻族群。
如：


英语的goods /ɡudːzu/有拼写成“グッズ”和“グッヅ”两种分歧。

/h/

日语的/h/音位，后接硬颚近音/j/和元音/i/时，发成硬颚擦音[ç]，受颚化作用影响。
日语的/h/音位，后接元音/u/时，则发音成双唇擦音[ɸ]。
はひふへほ
[ha]  [çi]  [ɸɯ]  [he]  [ho]  
西元17世纪，葡萄牙传教士来到日本时，将假名记载为“fa, fi, fu, fe, fo”，由此推测现在的[h]是由[ɸ]去口音化来的。学界普遍认为，在9到17世纪这段时期的日语，/h/音位在任何元音环境下，均是发成清双唇擦音[ɸ]。甚至从方言上和分布区域上的证据显示，可推测在这段时期的某个时点或在这之前，[ɸ]可能是从清双唇塞音[p]擦音化来的。

塞音塞擦音化
affrication塞擦音擦音化
spirantization擦音去口音化
debuccalization喉擦音
[p]  →  [pɸ]  →  [ɸ]  →  [h]

  

颚化作用当辅音后接前高元音或硬颚近音时（如日语里的/i/和/j/），受到这些元音或半元音的发音特征影响，使得其发音部位预期性地靠近后接元音或半元音所在之硬颚，此种同化作用，语言学上称之为颚化作用。
日语里，除了前述的/s/, /z/, /t/, /d/, /h/等音位，/n/,/m/,/g/后接/i/和/j/时也会有颚化情形出现，分别颚化成[n̠ʲ], [mʲ], [ɡʲ]等音位变体。
范例：

/m/ → 颚化的[mʲ]:  /umi/ → [u͍mʲi] umi 海 '海'  
/ɡ/ → 颚化的[ɡʲ]:  /ɡjoːza/ → [ɡʲoːza] gyōza ぎょうざ '饺子'  
etc.  

弱化作用弱化作用是由强势音转为弱势音。在日语里常见的辅音弱化情形，为由塞音转弱为鼻塞音、擦音或塞擦音，如前述的[t]→[ts]、[d]→[dz]、[p]→[ɸ]→[h]等等均是。
在现代日语里，也有新弱化情形的出现，如浊双唇塞音[b]弱化为浊双唇擦音[β]、浊软颚塞音[ɡ]弱化为浊软颚擦音[ɣ]或浊软颚鼻塞音[ŋ]。


/b/ → [β]: /abaɾeɾu/ → [aβaɾeɾu͍ ] abareru 暴れる '狂暴'
/ɡ/ → [ɣ]: /haɡe/ → [haɣe] hage はげ '秃头'

/ɡ/音位的变异情形比较复杂，因此分析上日语使用者被归类为以下三种群体：


A.此群体交替地使用浊软颚鼻塞音[ŋ]和浊软颚塞音[ɡ] 于非字首的/ɡ/，对此群体而言，[ŋ]和[ɡ]为自由变体。
B.此群体一致性地使用浊软颚鼻塞音[ŋ]于非字首的/ɡ/。
C.此群体一致性地使用浊软颚塞音[ɡ] 于非字首的/ɡ/。日语人士中，大多数为群体A、少部份为群体B、极小部份为群体C。群体A和群体C者，在随意和快速的言谈中，可能会出现[ɣ]此音位变体；但对群体B而言，在他们的音韵系统里并没有[ɣ]此音，并且把/ŋ/和/ɡ/视为不同音位。
/ɡ/可能被弱化成/ŋ/，可能在两个元音之间，或元音和子音之间。然而，在日语使用者之间，还是存在许多差异。有些人，例如Vance(1997)，认为这些差异是缘自社会阶级；还有些人，如Akamatsu (1997)，然为和年龄、地理位置有关。 一般化的情形如下。

在词语的开头


所有现代日语使用者在词的开头大多使用塞音[ɡ]:  /ɡaijuu/ → [ɡaiju͍u͍] gaiyū 外游 '海外旅行'   (但不是 *[ŋaiju͍u͍])

在简单词语的中间（即非合成词）


A. 大多使用者自由地交替使用[ŋ]或[ɡ]:  /kaɡu/ → [kaŋu͍] 或 [kaɡu͍] kagu 家具 '家具'
B. 大多使用者一致地使用 [ŋ]:  /kaɡu/ → [kaŋu͍]   (但不是 *[kaɡu͍])
C. 较少数人一贯地使用 [g]:[1]  /kaɡu/ → [kaɡu͍]   (但不是 *[kaŋu͍])