平假名發展自萬葉假名的平假名音節文字的平假名 ma

主條目：平假名平假名（ひらがな或平仮名）最早明確的發展是在9世紀時被貴族婦女所使用，她們同時學習漢語和漢字。平假名從萬葉假名的草書型式轉變，兩者相近的地方在於都是對漢字做簡化與圓體化。
日本小孩在漢字之前都先從平假名開始學習讀寫（例如：「ひらがな」是Hiragana的平假名寫法而「平仮名」是Hiragana的漢字寫法）。平假名大量使用在接頭詞（例如：護身符的「お守り」）和形容詞與動詞的活用語尾（送假名），以及沒有漢字或對或漢字難讀的日文單字。當使用不熟悉或是尚未學過的漢字（在教科書上沒有），一種辯正讀音的型式是在上方加註較小的平假名（直式書寫時為為右側），這種平假名稱為振假名（注音假名，ふりがな）。

片假名音節文字的片假名 ma

主條目：片假名片假名（カタカナ或片仮名）始於密教真言宗的佛教修道士，最早是用來作為輔助閱讀漢文宗教典籍的一種速記符號。它們從複雜漢字的部份元素髮展而成，容易被辨識且型式簡單而富有稜角。
現今片假名常用來作為強調用途，如同西方的斜體字一樣。於是在廣告、漫畫和商品包裝上使用了許多的片假名。
它們也被用來學習外來語以及漢字以外其他語言的用字名稱等。近年來一些藝人與地方的名稱大量取自韓國或中國，使用片假名以貼近原始的讀音。在政治與歷史人物的多半保持使用漢字。有一些外來語言的單字不以原本正確的寫法，而根據該字的讀音來轉換，例如「Toys "R" Us」寫成片假名「トイザラス（to-i-za-ra-su）」。
片假名也使用於動物和植物的學名上，在語言教學上也被用來標示漢字的讀音。

羅馬字

主條目：日語羅馬字羅馬字（ローマ字）來自拉丁字母。
拉丁字母主要是透過葡萄牙耶穌會傳教，為了宣揚上帝的文字於1544年從歐洲傳到日本。1590年日本第一台印刷機自葡萄牙帶入。更進一步輸入了20年用葡萄牙語或羅馬字日語寫成的《吉利支丹版》（キリスタンバン；基督教版）書籍。
之後羅馬字因為鎖國政策的緣故幾乎從日本消失，一直到幕末才得以重現光明。美國的醫生與傳教士詹姆斯·柯蒂斯·赫本在1867年寫了第一本日英辭典《和英語林集成》，並且發展出拉丁語翻譯系統，後來稱為赫本式系統。

現今羅馬字常用在市場營銷用途上（像是公司名、廠牌名、產品名等），尤其是為了工作的現代化與國際化，和與外國人相處上。另外也用在首字母縮略字、頭文字等方面，例如NATO（北大西洋公約組織；North Atlantic Treaty Organization的縮寫）。所有在日本的學生學習英文的同時也學羅馬字。
有幾種翻譯方式可以將日語寫成羅馬字：


平文式：適合英語使用者，實際上成為標準的記載法，在日本國內外被廣為利用（在英語版維基百科也是）。
日本式：從平文式而來，根據ISO 3602 規格修改與標準化後的型式。
訓令式：日本式的再修改版，根據ISO 3602標準化。對應假名的狀況良好，對日本人而言容易學習。文部省正式推行的是這個方式，不過在日本國外鮮少被使用。在上述以外還有一些其他小眾的翻譯系統，例如JSL。

日語羅馬字系統之間的差異羅馬字成為電腦日語標準輸入方式的期間，幾乎所有在日本的電腦都是英文鍵盤。為了要在日本電腦上輸入日語，通常將每個音節用羅馬字拆開，輸入後會在螢幕上顯示假名。這種羅馬字化的方式為打字式羅馬字（ワープロ式ローマ字，wāpuro rōmaji。使用英文文字處理器），能夠接受平文式、訓令式、與日本式的羅馬字系統。事實上這些系統的特徵是，以符合它們假名書寫的方式，用兩個元音字符來輸入長元音，而在最前面加一個 x 來輸入小字的假名。
當輸入足夠的音節後，在電腦上會列出可能的假名與漢字結合的清單，可以從上面選擇正確的用語。這些音節在確認後會被選擇的用語所取代。

五十音

主條目：五十音五十音是連續的音節字母。五十音順則是將日語的假名從五十音的「あいうえお」開始，至「わ（ゐ）（ゑ）（を）」結尾的排序方式。不包含在五十音內的「ん」通常被放置在最後。排列單字的時候，從假名記載時的第1個字開始比較起，以一定的假名順序來決定單字的順序，除了少部分不同假名發相同音的特例以外，可以說是基於發音的順序。廣泛用在日語辭典與書籍的索引、排序人名、商品名的用途上。
平假名和片假名都並不是正好50個字，為46個基本的假名（清音）。在1945年以前是各48個，2對相同發音的假名被廢除掉（ゐ、ゑ 和 ヰ、ヱ）
自1945年起不再使用的符號在下列表格中用圓括號顯示。括號 (w) 並不表示過去以英文的 w 發音。

五十音表（清音）[編輯]變音符號自1945年有2個聲調符號有系統地附加在元音字母上，以前只有在作者心存懷疑或情緒不好時才會用到。這些符號按照字母次序分配到適當的未標示聲調文字（清音）上。
[編輯]清濁音／模糊音部分的假名可以加上兩個點（゛、點々、濁點、或濁り）或是一個小圓圈（゜、半濁點、或丸）而讀音會跟着改變，成為進化的音節文字。濁點使發音變成濁音或是「模糊」，圓圈則是半濁音。有清濁音之分的假名分別是k g（例如「ひらがな」）、s z、t d、和h/f變成b，以及半濁音p。（例如ふ = フ = hu/fu，ぶ= ブ = bu，ぷ = プ = pu。）

濁音與半濁音[編輯]顎音化／屈折音（連音符）日語的硬顎音稱做拗音，由尾音是 i 的前導音節（い行，第二行）跟着一個 y 開頭（や段，第八列）的假名（會寫得比較小）。合在一起後成為一個普通的音節，而只發一個 j 音構成完整的音節： pi 加上 yu 成為 pyu （ぴゅ/ピュ）字， s(h)i 接上 yo 變成 sho （しょ/ショ），在德語寫成「scho」。

伊呂波順在五十音順以外偶爾會使用伊呂波順（いろは順，iroha-jun）。其來自於日本平安時代的《伊呂波歌》。這首詩歌最早見於1079年，是一種字母歌的型式，將每個音節各自使用一次：

片假名
（除去濁點）     漢字
與假名     翻譯  

イロハニホヘト  
チリヌルヲ  
ワカヨタレソ  
ツネナラム  
ウヰノオクヤマ  
ケフコエテ  
アサキユメミシ  
ヱヒモセス  
     
色は匂へど  
散りぬるを  
我が世誰ぞ  
常ならむ  
有為の奧山  
今日越えて  
淺き夢見じ  
酔ひもせず  
     
   
花朵艷麗終散落  
   
誰人世間能長久  
   
今日攀越高山嶺  
   
醉生夢死不再有  
  
片假名標示為當時的原始讀音，與現在的日語發音有些出入，不包括當時未加入日語的「ん」。有另一種是在詩的最後加上「ん」，不過這兩種標示法都在1945年廢除了。
這首富有詩韻的日語歌，傳達出和下列一段大乘佛教的漢文同樣的意境。大般涅槃經（涅槃的經藏）：諸行無常 / 是正滅法 / 生滅滅己 / 寂滅為樂（用日語讀音的漢文，常作為日本佛教的聖典被用來誦經。Shogyōmujō / Zeshōmeppō / Shōmetsumetsuï / Jakumetsuïraku）

早期的日語書寫體系