起诉书指出，2022年7月8日中午，被告山上在奈良市近铁大和西大寺站前，使用自制枪支射杀正在为参议院选举进行助选演说的安倍晋三，致其死亡。
被告在首次开庭时承认了杀人罪。他表示，母亲向世界和平统一家庭联合会（原统一教会）累计捐献了约1亿日元，导致家庭破裂，因此对该教团心怀怨恨，并将他认为与教团关系密切的安倍晋三作为袭击目标。
被告在庭审中解释称，他认为安倍前首相与世界和平统一家庭联合会（原统一教会）存在关联，因此将其选为目标。他表示，母亲信奉原统一教会是自己犯案的原因，并讲述了因巨额捐款导致家庭崩溃的经过，而东京地方法院于2025年3月认定，非法劝诱及高额捐款构成民法上的侵权行为，属于符合解散命令条件的违法行为，因此命令世界和平统一家庭联合会解散。
据报道，2006年5月，原统一教会系组织“天宙和平联合会”（UPF）在日本全国各地举办兼具集体婚礼性质的大会时，安倍以官房长官身份发送了“贺电”，并在福冈、广岛等会场被介绍为“致贺电的国会议员”。据称，山上嫌疑人是在得知安倍向UPF集会发送过视频致辞后，产生了杀意。
本案最大的争议点在于量刑，即应在多大程度上将被告因巨额捐款导致家庭破裂的不幸成长经历纳入考量。
检方在结案陈词中指出，被告之所以将目标对准安倍，是因为在经济陷入困境后，感到无法直接袭击教团而产生焦躁情绪，认为“其动机具有强烈的自我中心性”。检方还表示，尽管出身不幸但并未走上犯罪道路的人为数众多，“其成长经历对犯罪意思形成的影响极为有限，不足以大幅减轻刑罚”。同时强调，这是“战后历史上前所未有的犯罪行为，造成了极其严重的后果和巨大的社会影响”。
辩护方在最终辩论中主张，“被告是宗教相关虐待的受害者”，并将其不幸的成长经历定位为“事件的核心部分”，认为其悲惨经历与犯罪行为存在强烈关联，反驳称这是“在量刑判断中应当最为重视、与动机深度相关的重要情状事实”。关于量刑，辩护方请求“将刑期限制在有期徒刑20年以内”。
