網民以「港殤」和「香港鐵達尼號」來形容這次災難。香港特區政府3日晚宣布，從4日起至6日連續三天，特區政府各建築物的特區區旗會下半旗，以悼念在南丫島撞船事故中遇難的人士。4日正午12時，特區行政長官與各主要官員將在特區政府總部東翼前默哀三分鐘。在默哀期間，除緊急及出入境服務外，其他政府服務將暫停，當值的政府人員會在辦公地點參與默哀。

香港特區政府食物及衛生局局長高永文3日說，根據他到醫院了解的情況，南丫島撞船事故中大部分搶救無效個案，系遇溺致死。他說，由於事發突然，兩船相撞後大部分乘客被拋離座位，好多人來不及穿上救生衣而身已入水。若當時船上全部兒童有機會穿上救生衣，相信會減少傷亡情況。

高永文當日在香港一電台節目中說，仍然留醫的傷者，大部分是撞船時遭到碰撞或家私雜物撞擊，從而造成挫傷或骨折，部分傷者需要縫針。他還說，現時留醫傷者有兩人情況危殆，其中一名9歲女童因為遇溺昏迷，曾出現心臟停頓，目前需要心肺機協助呼吸。

另外，事故中遭撞沉的香港電燈公司旗下「南丫IV號」船隻，已被拖到南丫島岸邊。船隻四周圍上白色的隔油帶，以防止油污泄漏。另一艘涉事的港九小輪「海泰號」，仍停留在南丫島榕樹灣碼頭附近。3日，香港警方、海事處及消防處人員分別在現場及上船查看搜證。

特區政府海事處長廖漢波3日上午在電台節目中說，調查人員將檢查「南丫IV號」船體如何損毀及沉沒，船上安全設備是否足夠。也會約見不同人士，了解船員駕駛有否出問題。另外還會分析雷達系統數據，鑒定當時的船速，以及是否有人違規駕駛。

廖漢波還表示，消防員已結束對「南丫IV號」的搜救工作，由於至今未確定事發時船上人員的準確數字，因此在事發海面附近的搜救工作仍會維持一段時間。

港燈稱已掌握事發時在船上參與活動的127人資料

新華網香港10月3日電（記者林建楊）香港電燈有限公司（港燈）發言人3日說，港燈現已掌握事故發生時在船上參與活動共127人的資料。而此前公布的人數為124人。

港燈稱，「港燈早前提供的出席人士數目是按船上工作人員點算得出，至於為何與最終數目有分別，我們會繼續了解。」

發言人說，港燈備有報名參加觀賞國慶煙花匯演活動的名單，記錄參與員工的姓名及攜帶出席親友的人數。但是，最終出席活動的人士因各種原因，與報名時的情況有別。目前，港燈已經掌握在船上參與活動共127名人士的資料，但礙於私隱原因，不宜公布。不過事故中38名死者身份已得到家屬核實。