争议之赛德克少年队：

赛德克族传统文化将首次出草猎首视为男子的成年礼，因此照理而言于最初的袭击与之后与日军的战斗中不该有未成年少年参加战斗之情形，少数在世的赛德克族奢老亦以此否定少年参战之可能。然而在赛德克族生还者阿威赫拔哈的口述历史中，却有主张曾有少年参加行动的证言。
少年队之形成应属于意外之产物，主要成员除一名自马赫坡社起事即加入队伍的少年巴万·那威（电影赛德克·巴莱中有一同名角色，但出身及细节与史实并不相符）外，大多为小学校遭攻击时在场之原住民学童；由于受到起义大人之鼓动与刺激，少年才开始以竹枪为武器加入攻击，且可能是校舍内杀害日本人教师（日籍教师的歧视与体罚可能是主要动机）、妇女与学童行动的主要份子。不过在后续与日军的正式战斗期间，赛德克少年们的主要任务为搬运补给品与担任信差，并未作为正规战斗员投入战斗。
赛德克少年队之成员除一部分战死外，最后大多向日军投降，但日方对少年可能参加攻击日本人一事相当严厉，凡是承认曾杀死日本人或于公学校加入攻击行动之少年均遭到处决。巴万·那威虽一度逃脱嫌疑但仍于1936年被查出参与而被杀，最后仅有阿威·赫拔哈因能冷静回答事发时郡守及老师所在位置等问题而逃过一劫。

争议之莫那·鲁道次子主导说：
虽然在一般印象中莫那·鲁道被视为起义理所当然的领袖，但实际上在起义与交战中莫那·鲁道的相关事迹却相当模糊，战斗后期由长子达多·莫那指挥族众而失踪之举更令人不解；而在巴兰社族人的口述历史中，就有事件当时族内流传有“去过日本观光，明了日本国力强大的莫那·鲁道不主张对抗，真正的主导者是其子达多·莫那与巴索·莫那，莫那·鲁道在苦劝不成下反被挟持身不由己”的观点与说法存在。
支持此说的关键证据是于日本官方文件与赛德克族的口述历史中均提及的关于巴索·莫那的艳闻：据说巴索·莫那原本娶荷戈社有力人士之女为妻，但却嫌其愚丑，并迷恋上一名离婚后从埔里搬回部落内的十九岁女子，但却遭到家族的反对与该女的冷淡对待。巴索·莫那因此曾扬言要以出草、大闹一场的方式博取家人与女方的同意。若对照起事当天巴索·莫那率先发难斩杀驻在所杉浦巡察、于一文字高地之战积极行动等行为，确实形成微妙的间接关连。然而此说仍缺乏决定性的证据加以支持。

学术观点：
台湾史学者张炎宪观察，台湾人于日本殖民时期的反抗运动，是以1915年的西来庵事件为分界。前期自1895年至1915年，是武装抗日运动时期；1915年以后，台湾汉人便不再武装抗日。自1915年至1945年，是政治抗日运动时期，如林献堂赴日请愿设立台湾自治议会。
据总督府统计，殖民时期，台湾当地的武装抗日行动共有14起；与朝鲜半岛所发生的五百多起的情形相比，差距颇大，甚至朝鲜人安重根更将曾任朝鲜统监的伊藤博文暗杀于中国东北的哈尔滨车站。长期研究台、韩两地殖民史的中央研究院研究员、国立台湾大学历史学系教授周婉窈认为，当时的朝鲜是个国家“大韩帝国”，所以朝鲜人有国破家亡的切肤之痛，因而各地群起反抗。
但也有学者论及，官方只言及反抗日本统治求生。但事实上并不完全只是如此，也是一种希望能与祖灵结合的求死事件。当莫那·鲁道动手将妻子杀死时，是希望将妻子送回到了祖灵之家。当众人自杀之时，心中并没有对敌人的恨意而是平静迎向祖灵。与其说是自杀，倒不如说比较类似殉道。

纪念活动：
中华民国政府在战后将台湾总督府于雾社（今南投县仁爱乡）所设立的日本人殉难纪念碑拆除，改立原住民抗日纪念碑。1973年将莫那鲁道遗骸归葬于纪念碑后方，当地设有雾社事件纪念公园及莫那鲁道之墓。

莫那鲁道之墓

雾社事件纪念公园

后人追思：
中华民国政府将日本人殉难记念碑拆毁，改立原住民纪念碑。现在的雾社（属南投县仁爱乡）当地设有雾社事件纪念公园。台湾公共电视台曾于2004年制作电视系列剧“风中绯樱”，即叙述这段故事；另长期关怀原住民的作家钟肇政亦著有长篇小说《马黑坡风云》描写此事件。
中华民国中央银行在2001年7月发行以莫那·鲁道为肖像的新台币硬币以示纪念，正面图案为莫那鲁道半侧面肖像，面额为20元，但流通不普遍，因为不便于使用。

文化影响：
多年来，台湾有许多以雾社事件为题材的文学与影视作品，以纪念这场战役的人们，缅怀历史。
书籍：
小说：
《马黑坡风云》，钟肇政，1973年。
《余生》，舞鹤，2000年。
漫画：《雾社事件》，邱若龙，1990年。
报道文学：
《雾社事件》，邓相扬，1998年。
《雾重云深：雾社事件后，一个泰雅家庭的故事》，邓相扬，1998年。
《风中绯樱：雾社事件真相及花冈初子的故事》，邓相扬，2000年。

电视剧：
《碧血英风－莫那鲁道》，陈震雷导演/主演，1993年台视放映。
《风中绯樱：雾社事件》，万仁导演，2003年。

音乐：
专辑：《赛德克巴莱》，闪灵乐团，2005年。

电影：
《赛德克·巴莱》，魏德圣导演，2011年。

纪录片：
《余生—赛德克·巴莱》，汤湘竹导演，2012年。

雾社事件纪念雕像

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PS：因为雾社事件发生于日治台湾（并非中华民国），所以我认为本内容发到台湾吧比发到中华民国吧合适，我也就把先前在中华民国吧发的部分删掉了。