是誰殺了女神

芝里丈治和千家貴司未登場，原作裡有不少前事件的人物出來串場搞笑的部份也被刪去。
原作動機為師生戀，動畫版則是變為汐見初音單方面的仰慕，中津川賢人另有未婚妻。

魔神遺跡殺人事件

刪去漫畫開頭中，速水玲香在不動高中拍戲以及金田一損壞明智警視的賓士的情節。
金田一二三登場，而且畏懼宗像五月。
佐木並沒有登場。
動畫版是後日談形式，最後還出現重建過的磨陣村。
大和猛屍體被發現時，兇鳥之座裡沒有死烏鴉。
港屋寬一原作中被意外掉下的銅鈴斬斷頭部和雙手，動畫則是被壓死。
鳥邊野章個性變為無口陰沉。
管家九十九伊予未登場，並且一開始就沒有銅鐸館的存在。
到金田一房裡打算實現第三條戒律時，宗像五月並未裸身。
刪去宗像五月和鳥邊野章重逢的契機。
刪去金田一、美雪在醫院和村西彌生的對話，結尾直接跳轉入村西彌生過世。

墓場島殺人事件

佐木無登場，刪去共犯知道檜山喝咖啡喜歡加三顆方糖的設定。
除米村之外的米村隊三人在漫畫是被小型手製炸彈炸死，動畫改為由高射砲射死。
爆破屍體的描寫大幅度的壓抑。
刪去森下麗美在汽油筒裡泡澡被金田一偷窺的一幕。
檜山達之在案件結尾改為服毒自殺。
與兇手會面時是明智警視出場。

明智警視之華麗推理1

漫畫名稱為證詞猜謎。
刪去江熊忠夫在列車上和八木清的對話。
追加美雪與二三不知金田一被逮捕而在煙花大會上等待他的情節。
金田一自己也從雨傘上沒有指紋而判斷兇手是車長。

鬼火島殺人事件

富永純也未登場，金田一二三短暫登場。
事件中醫院名稱從原作的『不動綜合醫院』變更為『大手門綜合醫院』。
事件中補習班名稱從原作的『不動比保科拉特斯學校（FHS）』變更為『大手門講座預備學校』。
沒有提到大野公平和花村麻美的過去。
新谷百合原本也想殺害森村等三人，殺害加藤賢太郎未遂後就此罷手。
原作自始至終仍未發現森村的遺體，動畫版則在試膽大會隔日發現其棄屍野外。

劍持警部的秘密

將短篇事件「1/2的殺人者」及短篇小說「共犯X」合為一篇故事。
茅杏子未登場。
以劍持警部怪異的行動為劇情主軸。
短篇小說裡的教師被賦與名字–濱岡健一，並被設定為劍持烹飪社的友人。
追加劍持因小時後從樹上掉下來而有懼高症的設定。
短篇小說裡，金田一並沒有與嫌疑犯學生們實際見面，動畫版則有親眼見到。
短篇小說的發生地點原作為某名門私立高中，動畫版則是在電腦補習班
短篇小說裡犯人遭死者威脅的內容不同，原作為發生肉體關係，動畫版改為盜用公款。
劍持和枝的背影出現，但並沒有正式露出臉孔。

異人館旅館殺人事件

金田一二三登場並幫助金田一破案
佐木龍太遭襲擊後被救回一命，因此佐木龍二沒有在動畫版出場。
佐木不是不請自來，而是一開始就受到劍持的邀請來到異人館旅館。
沒有貓頭包裹的出現。
俵田孝太郎未登場。
邊見魔子改名市川魔子，與市川玉三郎為姐弟關係。
明智警視於解答篇登場，金田一委託其調查十年前的事件。
北見蓮子當初殺害毒販，兇器用菸灰缸重擊。原作是用菜刀刺殺。
原作中紅鬍子聖誕老人是死於車禍，動畫版則是不明原因死於紅色房間內。
劍持是收到兇手的預告信而來到旅館外，才目睹紅色房間的人影。因此刪除原作中咖啡館老闆的證詞情節。
沒有提到紅鬍子聖誕老人的神秘毒品管道，刪除金田一本來搭回程飛機時忽然想急忙返回旅館找尋密室的毒品。
原作中結尾劇團團員因涉嫌吸毒被扣押，劇團實質上等於解散。動畫版則無此情節。
市川魔子的臉上沒有傷疤，追加市川玉三郎除了演戲台詞外就只能靠木偶腹語說話的設定。
魔子在原作中對花蓮抱持異樣情感的情節刪去，對她的稱呼也從「花蓮姐姐」變為「大姐」。
到拘留所探視兇手時，依然是以不破鳴美的臉孔出現，沒有整回原本北見蓮子的容顏。

電腦山莊殺人事件

小說最後有提到所有關係人的真實姓名，動畫版自始至終只出現網路化名。

西洋情人節殺人事件

以漫畫原作「聖誕夜殺人事件」為底的全新事件。
金田一丙助與金田一二三未登場
新角色青山司出現，他是劍持的學弟。
人物以漫畫的臉孔搭配上新的名字，除京極優介與漫畫相同外。

司馬啟一改名為京極浩二郎
浦邊卓男改名為京極拓彌
秋吉稍改名為二宮水穗
岩代美江改名為笹本美華
時坂有希子改名為島崎薰
京極拓彌並非以浦邊卓男的臉孔出現而是另一副長相
動機改為兇手替姐姐如月靜歌復仇，兇手代號由神聖復仇者改為死亡天使。
京極優介與長島警部的個性都與原作相差甚多。
死者由一人增為兩人，京極拓彌被凍死於冷凍庫中，京極優介死法與原作相同但順序變為第二人。
追加美雪被兇手迷昏倒在雪地的情節。
原作裡兇手寄來的威脅物品是玩具手掌，動畫是長的與如月靜歌很像的陶瓷娃娃。
威脅信的內容變更，原作裡是「在聖誕夜絕命 神聖的復仇者」，動畫是「今晚情人節之夜，會帶你到黃泉國度 死亡天使」。
原作裡原本由金田一丙助經營的渡假山莊叫作兔子山莊，動畫由青山司經營的渡假小屋則改名為Snow Candle。
得知金田一偷摸放亮片到兇手的鞋裡的人，原作裡是二三，動畫版改為美雪。
原作裡金田一用偷來的電燈泡排出的文字是「Merry Chrimas」，動畫版則是「Thank you」。
原作裡偷看金田一與美雪相擁的人是二三，動畫版改為長島警部。

金田一二三誘拐殺事件

二三以猜謎遊戲留下的提示訊息，原作裡只是金田一單純口述，動畫版則是寫在白板上，並且加上將白板移開後夕陽光輝透入室內的情節。