是谁杀了女神

芝里丈治和千家贵司未登场，原作里有不少前事件的人物出来串场搞笑的部份也被删去。
原作动机为师生恋，动画版则是变为汐见初音单方面的仰慕，中津川贤人另有未婚妻。

魔神遗迹杀人事件

删去漫画开头中，速水玲香在不动高中拍戏以及金田一损坏明智警视的奔驰的情节。
金田一二三登场，而且畏惧宗像五月。
佐木并没有登场。
动画版是后日谈形式，最后还出现重建过的磨阵村。
大和猛尸体被发现时，凶鸟之座里没有死乌鸦。
港屋宽一原作中被意外掉下的铜铃斩断头部和双手，动画则是被压死。
鸟边野章个性变为无口阴沉。
管家九十九伊予未登场，并且一开始就没有铜铎馆的存在。
到金田一房里打算实现第三条戒律时，宗像五月并未裸身。
删去宗像五月和鸟边野章重逢的契机。
删去金田一、美雪在医院和村西弥生的对话，结尾直接跳转入村西弥生过世。

墓场岛杀人事件

佐木无登场，删去共犯知道桧山喝咖啡喜欢加三颗方糖的设定。
除米村之外的米村队三人在漫画是被小型手制炸弹炸死，动画改为由高射炮射死。
爆破尸体的描写大幅度的压抑。
删去森下丽美在汽油筒里泡澡被金田一偷窥的一幕。
桧山达之在案件结尾改为服毒自杀。
与凶手会面时是明智警视出场。

明智警视之华丽推理1

漫画名称为证词猜谜。
删去江熊忠夫在列车上和八木清的对话。
追加美雪与二三不知金田一被逮捕而在烟花大会上等待他的情节。
金田一自己也从雨伞上没有指纹而判断凶手是车长。

鬼火岛杀人事件

富永纯也未登场，金田一二三短暂登场。
事件中医院名称从原作的‘不动综合医院’变更为‘大手门综合医院’。
事件中补习班名称从原作的‘不动比保科拉特斯学校（FHS）’变更为‘大手门讲座预备学校’。
没有提到大野公平和花村麻美的过去。
新谷百合原本也想杀害森村等三人，杀害加藤贤太郎未遂后就此罢手。
原作自始至终仍未发现森村的遗体，动画版则在试胆大会隔日发现其弃尸野外。

剑持警部的秘密

将短篇事件“1/2的杀人者”及短篇小说“共犯X”合为一篇故事。
茅杏子未登场。
以剑持警部怪异的行动为剧情主轴。
短篇小说里的教师被赋与名字–滨冈健一，并被设定为剑持烹饪社的友人。
追加剑持因小时后从树上掉下来而有惧高症的设定。
短篇小说里，金田一并没有与嫌疑犯学生们实际见面，动画版则有亲眼见到。
短篇小说的发生地点原作为某名门私立高中，动画版则是在电脑补习班
短篇小说里犯人遭死者威胁的内容不同，原作为发生肉体关系，动画版改为盗用公款。
剑持和枝的背影出现，但并没有正式露出脸孔。

异人馆旅馆杀人事件

金田一二三登场并帮助金田一破案
佐木龙太遭袭击后被救回一命，因此佐木龙二没有在动画版出场。
佐木不是不请自来，而是一开始就受到剑持的邀请来到异人馆旅馆。
没有猫头包裹的出现。
俵田孝太郎未登场。
边见魔子改名市川魔子，与市川玉三郎为姐弟关系。
明智警视于解答篇登场，金田一委托其调查十年前的事件。
北见莲子当初杀害毒贩，凶器用烟灰缸重击。原作是用菜刀刺杀。
原作中红胡子圣诞老人是死于车祸，动画版则是不明原因死于红色房间内。
剑持是收到凶手的预告信而来到旅馆外，才目睹红色房间的人影。因此删除原作中咖啡馆老板的证词情节。
没有提到红胡子圣诞老人的神秘毒品管道，删除金田一本来搭回程飞机时忽然想急忙返回旅馆找寻密室的毒品。
原作中结尾剧团团员因涉嫌吸毒被扣押，剧团实质上等于解散。动画版则无此情节。
市川魔子的脸上没有伤疤，追加市川玉三郎除了演戏台词外就只能靠木偶腹语说话的设定。
魔子在原作中对花莲抱持异样情感的情节删去，对她的称呼也从“花莲姐姐”变为“大姐”。
到拘留所探视凶手时，依然是以不破鸣美的脸孔出现，没有整回原本北见莲子的容颜。

电脑山庄杀人事件

小说最后有提到所有关系人的真实姓名，动画版自始至终只出现网络化名。

西洋情人节杀人事件

以漫画原作“圣诞夜杀人事件”为底的全新事件。
金田一丙助与金田一二三未登场
新角色青山司出现，他是剑持的学弟。
人物以漫画的脸孔搭配上新的名字，除京极优介与漫画相同外。

司马启一改名为京极浩二郎
浦边卓男改名为京极拓弥
秋吉稍改名为二宫水穗
岩代美江改名为笹本美华
时坂有希子改名为岛崎薰
京极拓弥并非以浦边卓男的脸孔出现而是另一副长相
动机改为凶手替姐姐如月静歌复仇，凶手代号由神圣复仇者改为死亡天使。
京极优介与长岛警部的个性都与原作相差甚多。
死者由一人增为两人，京极拓弥被冻死于冷冻库中，京极优介死法与原作相同但顺序变为第二人。
追加美雪被凶手迷昏倒在雪地的情节。
原作里凶手寄来的威胁物品是玩具手掌，动画是长的与如月静歌很像的陶瓷娃娃。
威胁信的内容变更，原作里是“在圣诞夜绝命 神圣的复仇者”，动画是“今晚情人节之夜，会带你到黄泉国度 死亡天使”。
原作里原本由金田一丙助经营的渡假山庄叫作兔子山庄，动画由青山司经营的渡假小屋则改名为Snow Candle。
得知金田一偷摸放亮片到凶手的鞋里的人，原作里是二三，动画版改为美雪。
原作里金田一用偷来的电灯泡排出的文字是“Merry Chrimas”，动画版则是“Thank you”。
原作里偷看金田一与美雪相拥的人是二三，动画版改为长岛警部。

金田一二三诱拐杀事件

二三以猜谜游戏留下的提示讯息，原作里只是金田一单纯口述，动画版则是写在白板上，并且加上将白板移开后夕阳光辉透入室内的情节。