《經濟觀察報》報道，4月27日，肖飛承認與某護士長、某規培住院醫師存在私生活的問題，但對於網上指控他與其他人發生關係，「我是一概否認的，這沒有任何實據，給其他女士造成了很多困擾，我非常抱歉」。輿論對肖飛更嚴重的指控與醫療質量、醫療安全有關，對此，他稱「完全不能接受」。

肖飛提供的《關於2024年7月5日手術室糾紛事件的澄清》文件中提到，2023年初到2024年7月，他與前述護士合作期間就多次在手術間發生過爭執、不愉快。2024年7月5日，他帶前述規培住院醫師進行手術準備時，與前述護士爆發激烈爭吵。

肖飛表示，在雙方爭吵期間，他感到頭暈、不斷手震，實在無法開始手術，在確保麻醉後的病人安全，且有麻醉醫生、台上護士在場看護的情況下，他便到手術室門口與領導協商能否更換巡迴護士。

在等待領導回覆的過程中，為避免進一步衝突，也為調整身心狀態，肖飛返回病房測血壓、吃降壓藥、喝水，平覆心情後，和一位朱姓醫生返回手術間完成手術。手術歷時112分鐘，出血10ml，術後患者順利康復，術後第6天正常出院。

肖飛表示，他已將文件中寫及的情況多次向醫院紀委反映，「紀委答應我去做相關的調查，但是這個結論我不太同意。紀委在這麼短的時間內下了這麼重的處罰決定，我對此有異議。我確實有做得不對的地方，但我並不認為我對醫療（安全）造成了很嚴重的影響」。

中日友好醫院是國家衞健委直屬醫院，承擔中央保健醫療任務、國家緊急醫學救援任務。肖飛為中日友好醫院胸外科副主任醫師、醫療組長，擅長肺部磨玻璃結節、肺小結節以及早期肺癌的單孔胸腔鏡微創手術治療，肺癌、食管癌的綜合治療，氣胸、縱隔腫瘤等的外科治療，已累計獨立完成單孔胸腔鏡手術及複雜疑難胸腔鏡微創手術近1000例。

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