死神病院殺人事件

與明智警視之華麗燦爛休假結合，並在同一特別篇播出。
金田一入院的時機，原作是在發現扇谷三郎被殺、警方到達現場之前，動畫則是在之後。
兇手從聖正景太郎變更為聖正映子。
聖正映子並非美雪的學姐。
沒有美雪曾是籃球社社員的設定。
護士長高澤和子死因從被毒殺改為高空墜落。
刪除齊藤一夫（偶像明星愛河翔子偽裝）的角色。
追加水島一夫及其母親水島多紀的角色，水島一夫曾因聖正綜合醫院醫療事故而死，水島多紀因而對聖正綜合醫院怨恨。
追加聖正映子和其他醫生搶救突發疾病的水島多紀的情節。
聖正智明沒有被殺，而是被揭發走私人體器官一事後被捕。
雪室憂一並未因為妨礙公務被捕。
原作結尾是金田一追著愛河翔子要簽名，動畫改為金田一再次挑戰吃100盤餃子，雖然成功但是再次因此住院。

金田一少年的殺人

金田一課上做夢的情節，從自己被判死刑改為自己被警方逮捕。
金田一原本就知道橘五柳是誰。
佐木連太郎未登場。
因為動畫版佐木龍太未死亡，佐木龍二戲份改為龍太，也沒有涉及龍太魂魄的情節。
野中友美詢問橘暗號謎底時，向橘施展女色的行為尺度相比漫畫收斂。
橘性騷擾美雪時沒有丟錢，並且金田一是直接上前阻止，和橘發生推搡、無意間讓橘的假髮掉下，不同於原作通過釣竿惡作劇讓橘的假髮脫落。
長島滋在電車上追捕金田一而打破窗戶的時候，原作有開槍，動畫改為一躍而下、雙腳擊破玻璃。
金田一留給明智的關於射擊空包彈的訊息，多了一段「這樣做必然可以抓出兇手」的內容。
解答篇中金田一解說完「看不見的路」之後才批評長島警部的辦案、談到兇手因為五木的關係而掌握金田一行蹤，以及揭露兇手真實身份。
事件後金田一和美雪並沒有到醫院探望都築瑞穗。
動畫版沒有說明橘的遺作由哪間出版社出版。
原作中金田一直接半開玩笑懷疑五木是否是戀童癖，動畫則是五木談到要收養都築瑞穗時，金田一和美雪對五木壞笑。

幽靈客船殺人事件

原作是金田一、美雪和劍持夫婦分別來到客船、後來相遇，動畫改為劍持為答謝金田一、美雪長期協助破案而邀請出遊。
劍持和枝、飯島優、美里朱美與中村一郎未登場。
新角色時原優登場，她的丈夫命喪於東方號船難。另一個新角色吉田明則是與大澤貴志成為搭訕二人組。
對於警察問話，加納達也並不若原作那樣抗拒。
小說版裡航程是前往小笠原群島，動畫目的地改為沖繩。
追加客船於無人島暫做停留，記者赤井義和被殺的情節。
原作為逼出真兇而假扮挾持水崎的人是中村，動畫改為機關長大槻。
沒有提起海上日誌，追加香取洋子從船員那兒套出得知龍丸號與遠東號相撞的真相。

冰點下15度的殺意

俵田孝太郎未登場。
沒有美雪喝醉後的醜態，全員的聚會也改為喝普通飲料。

魔術列車殺人事件

刪除開頭金田一收到警視廳表彰，但卻在明智惡作劇下當眾播放AV而被撤回獎勵的情節。
刪除開頭金田一和劍持外出找女警尋歡作樂，被美雪、和枝發現，因而金田一、劍持被兩人打的情節。
動畫版在發生兩件命案後先行解開屍體移動與屍體消失之謎，夕海在這之後被殺。
解答篇時高遠拿下自己眼鏡後，將眼鏡變做薔薇。
左近寺個人魔術秀從夏季改為冬季，並且金田一一行人在魔術秀前並無與左近寺對話、櫻庭也未登場。
刪除結尾金田一和美雪看高遠遙一假扮的魔術師在街邊表演魔術、金田一用魔術偷走美雪胸罩的情節。

雪夜叉傳說殺人事件

原作中是明智初登場，動畫中明智已經登場、見到金田一多次。
為演出「大驚嚇」而偽裝被毒殺，原作中金田一演出成功、被導演比留田雅志等人稱讚，動畫則被加納理惠識破、因此被比留田和棟方健責怪。
美雪於動畫版有來到背冰村，與玲香的爭風吃醋戰提前開打，但兩人也有短暫交談心事。
明智與劍持來到冰室宅邸是因為迷路。
刪去玲香為在加納理惠面前不示弱而抽菸的情節。
刪去明石道夫等人偷窺玲香稱體重、加納理惠換衣服（後被加納察覺而攝像頭被破壞）的情節。
響史郎在原作中不屑於明石等人對加納的惡整、對民俗傳說也有了解，動畫則改為樂於和明石等人一起惡整加納、更多是在調錄像上協助。
加納理惠被殺時間是凌晨兩點前後，原作是五點前後。
明智的形象比原作提升不少。明智發現明石道夫屍體後沒跟劍持打賭、也沒把玲香視為兇手。
原作中玲香對於金田一產生好感是因為金田一幫自己洗脫冤屈，動畫則無此因素、基本只是欽佩金田一的推理能力。
刪去測試小型空中纜車的情節，更也沒有背冰村無法全天供電的說詞。
刪去玲香提及大門自誇是跳遠選手的說詞。
追加大門發現棟方睡覺時穿女式睡衣時大吃一驚的情節。
金田一發現水沼也是左撇子的剪刀，其包裝上面的標識，原作中是「含消費稅」，動畫版改為「消費稅5%」。
金田一指出真正兇手的時機，原作在談到10年前飛機失事倖存者名單之前，動畫則在之後。
金田一要跨過河道展示作案手法時，明智在原作對金田一很焦急地喊話、要他別做傻事，動畫則相信金田一不會做自己沒把握的事、攔住要上前阻止金田一過河的玲香。
原作劍持充分信任金田一、相信自己開車能夠安全過冰橋，動畫則在實作成功前害怕冰橋垮掉、自己掉進河裡。
動畫版中兇手被設定為背冰村出身，並且是美雪詢問殺人動機。
追加兇手朝當年墜機地點長起來的樹砸雪球，以及美雪與兇手共情而做雪球給兇手來砸的情節。
事件結束後金田一沒有到拘留所與兇手會面，而改為在兇手上直升機前勸喻兇手。
原作結尾時金田一收到美雪和玲香贈送的巧克力，動畫則只收到玲香的，美雪心想不能小看玲香。

塔羅山莊殺人事件

美雪和玲香已經在雪夜叉事件見過面，因此在動畫中美雪也受邀前往塔羅山莊。
刪去速水雄一郎扯掉伊丹五郎和北條安妮相機膠卷（因拍到玲香擁抱金田一）作為兩人入住條件的情節。
諏訪正子更名為井上正子。
動畫版中玲香有故意叫錯美雪名字為「泉」和「美鈴」。
美雪和玲香、金田一（乃至和小城拓也、辻健二）的情感相關互動相比原作有較大改動。
結城英作未登場，會塔羅牌占卜的人改為北條安妮，幫忙看火的人改為辻健二。
刪去北條談到塔羅牌中有一張表示下毒、因而不想吃飯的情節。
刪去金田一檢視所有人後，卻發現只有自己沒有不在場證明的情節。
刪去諏訪正子進入玲香房間，安慰被赤間光彥脅迫的玲香的情節。
大幅壓抑赤間光彥對於玲香的商品化、性幻想相關情節。
刪去小城拓也質問金田一如何將自己破案經歷寫入未來找工作履歷，以及談及自己不能打領帶而求職碰壁的情節。
刪去事件結束後玲香談到自己重振繼續當明星的想法，記者爭相在遊樂場尋找玲香，以及金田一遇見北條的情節。

黑死蝶殺人事件

刪除開頭金田一和美雪、玲香在沙灘遊玩，以及後來金田一腳踏兩條船自食苦果的情節。
五木閱讀雜誌發現深山日影，原作是在家中（都築瑞穗有登場），動畫是在一間餐廳（瑞穗未登場）。
金田一的舅舅，金田一丙助與表妹，金田一二三初登場。
刪除斑目館羽想割腕被綠女士阻止的情節。
斑目紫紋沒有被切斷手臂。
小野寺將之拿刀自殺是先跑進倉庫找刀子，原作是拿起客廳中壁掛的展示用刀。
事後金田一等人沒有參加深山與揚羽的婚禮，是從寄來的相片得知。
金田一二三搬來金田一家住的情節，從原作的《魔犬森林殺人事件》移到本案。

速水玲香誘拐殺人事件

原作案發時間為9月份，動畫則是5月份。
事件開始時小淵澤有給玲香送上薔薇花束。
金田一二三登場，也是第一次、迄今唯一一次實際與高遠遙一見面。
二三在動畫裡幫了不少忙︰替金田一傳話給劍持（漫畫是一個不知名的小男孩）、發現玲香的鞋子上沒有刮痕。
沒有提到鏑木葉子癌症末期一事。

佛蘭西銀幣殺人事件

金田一二三登場。
追加金田一，美雪與二三一起玩"三人行"的情節。
追加美雪向二三介紹高森益美的情節。
追加二三因為金田一和美雪瞞著她自己去法蘭西館參加益美的時裝秀而生氣並詛咒金田一的情節。
原作裡金田一和美雪有喝到葡萄酒，動畫裡則被酒保弓削透察覺是未成年人因而只喝到橙汁。
長島警部、葛萊梅伯爵未登場。
弓削透發現羅曼尼康帝瓶子裡裝的是廉價葡萄酒的契機，從為金田一和美雪斟酒，改為接到其他客人投訴。
刪去蘇姬星河企圖殺死奈緒子而被金田一阻止勸導的情節。
刪去金田一推測君澤由理惠30年前有過類似如今高森益美和鳥丸奈緒子9年前經歷的事的情節。
刪去弓削透到監獄探望鳥丸奈緒子且記錯她的生日的情節。
劍持告訴益美說廣志其實是被奈緒子殺害，原作是告知金田一。
事件結尾描寫不同，在原作是經明智警視同意而讓益美參加小學同學會、動畫版則是劍持私下讓益美在小學同學面前再一次以模特兒身份站上舞台。