1979年兩國關係丕變……
然而,1979年,伊斯蘭革命席捲伊朗,革命推翻了親西方的巴列維政權,建立由霍梅尼領導的伊朗伊斯蘭共和國。此後,伊朗與以色列的關係也發生根本性轉變。
霍梅尼政權不僅將以色列視為政治對手,更將其視為一個非法國家。霍梅尼開始將以色列描繪成一個猶太復國主義政權和西方帝國主義的工具。伊朗轉向優先支持受壓迫的穆斯林,尤其是巴勒斯坦人,並斷絕與以色列的所有外交關係:驅逐以色列人員、拒絕接受以色列護照,並將以色列駐德黑蘭大使館移交給巴勒斯坦解放組織。反以情緒逐漸成為伊朗伊斯蘭共和國話語的核心。
1980至90年代,伊朗開始成為反以武裝組織的主要支持者,包括黎巴嫩真主黨(Hezbollah)、也門胡塞武裝(Houthis)和加沙的哈馬斯(Hamas),為這些組織提供訓練、資金和武器供應。