金田一和柯南一樣，都是總遇上命案的名偵探，柯南在還是工藤新一時，和金田一一樣是高中生偵探。但是同為推理漫畫的《金田一》和《柯南》，有着很多不同。

1、風格
這是兩部作品最根本的不同點。金田一屬於本格推理漫畫，將線索都擺出來，讀者可以挑戰主角，和金田一一起解謎。金田一的優勢就是推理的嚴謹性的精彩度，情節上的複雜使得讀者更需要動腦思考，具有代入感的案件也更能引起讀者的共鳴。柯南並不是純粹的推理作品，它還有戀愛等要素。柯南的優勢在於作品的生動性和優秀的人設，圍繞這些優秀的角色也有了很多討論。這是柯南最成功的地方，雖然很多人吐槽滿月篇以後推理就不行了，但豐富的故事和優秀的人設在一定程度上掩蓋了推理的不足。

另外，兩部作品的「恐怖」也不同。柯南早期也有恐怖元素，《山莊繃帶怪人殺人事件》的繃帶怪人、《圖書館殺人事件》的館長、《藍色古堡探索事件》的老婆婆，哪一個不是大家的童年陰影？但中後期的風格要明顯平和不少，很少再有能嚇到人的情節了。金田一的恐怖，是柯南遠遠比不上的。金田一里的兇手，比柯南里的更加殘忍。動畫已經改得很溫和了，原作的尺度比動畫還要大。兇手殘忍的殺人手法、被害者悲慘的死狀、複數的犧牲者、人人自危的氣氛，有時還有加上當地恐怖的背景傳說，這些營造出的恐怖氛圍，令人毛骨悚然，也讓讀者為身處險境的主角等人捏了一把汗。

2、角色
柯南刻畫了大量個性鮮明立體的角色。有毛利一家、少年偵探團、鈴木財團、工藤一家、阿笠博士和灰原、服部與和葉、赤井和安室、警視廳和府警縣警方面的一眾警察、黑衣組織成員、FBI和CIA等等，涉及各種類型人物，角色關係也十分複雜。整體上柯南的角色塑造比金田一更勝一籌，很多角色一提到名字就能想起他/她是什麼人物。但隨着劇情推進，從貝爾摩德篇到紅黑篇，再到波本篇和朗姆篇，重要角色越來越多，角色崩壞、削老角色的情況也開始出現，在最新的朗姆篇尤其嚴重。
柯南2006年十周年紀念海報，這一年也是水無怜奈首次在動畫中出場（但不在海報上）

金田一這邊，除了金田一一本人、青梅竹馬七瀨美雪、劍持勇警部、明智健悟警視、犯罪天才高遠遙一，還有37歲系列新出場的擔任金田一下屬的葉山海這幾個主角外，配角主要有佐木龍太（佐木龍二）、五木陽介、金田一二三、速水玲香、村上草太、怪盜紳士。金田一中配角的塑造就不夠豐滿，形象略顯單一。很多配角的故事太少，往往因為案件需要而出場。試問，你在看過金田一後，除劍持警部和明智警視以外還能說出幾個警察的名字？是否還記得真壁誠、鷹島友代、美浦繪美理是什麼角色？（三人都是推理社社員）
金田一的舊友太刀川都（僅在《雪影村殺人事件》出場）

3、篇幅
金田一的案件大部分是長篇，這些長篇案件大多要連載10-11話，最長的《金田一少年敢死之行》甚至連載了16話。最短的《歌劇院殺人事件》和《黑靈旅館殺人事件》也有6話。金田一很注重故事的完整性，很多案件會在最後把後續劇情也講完整。長篇篇幅使作者有足夠的時間駕馭案件的發展，但也造就了一些問題，篇幅太長，意味着案件第一話和最後一話的更新時間跨度很大，讀者需要等待很長時間才能看完一個完整的長篇案件，容易等不及。

《敢死行》的連載時間跨度超過4個月

柯南的案件以短篇為主。大部分案件是2-3話的短篇，除了長達10話的《福爾摩斯默示錄》外，最長的也只有7話（以漫畫篇幅算）。柯南以短篇為主的連載，使得粉絲們看完一個案件不需要等待太久。但2017年開始大規模休刊後，漫畫產量大幅下降，休刊也導致故事出現了割裂感，粉絲們也因此開始不滿起來。