金田一和柯南一样，都是总遇上命案的名侦探，柯南在还是工藤新一时，和金田一一样是高中生侦探。但是同为推理漫画的《金田一》和《柯南》，有着很多不同。

1、风格
这是两部作品最根本的不同点。金田一属于本格推理漫画，将线索都摆出来，读者可以挑战主角，和金田一一起解谜。金田一的优势就是推理的严谨性的精彩度，情节上的复杂使得读者更需要动脑思考，具有代入感的案件也更能引起读者的共鸣。柯南并不是纯粹的推理作品，它还有恋爱等要素。柯南的优势在于作品的生动性和优秀的人设，围绕这些优秀的角色也有了很多讨论。这是柯南最成功的地方，虽然很多人吐槽满月篇以后推理就不行了，但丰富的故事和优秀的人设在一定程度上掩盖了推理的不足。

另外，两部作品的“恐怖”也不同。柯南早期也有恐怖元素，《山庄绷带怪人杀人事件》的绷带怪人、《图书馆杀人事件》的馆长、《蓝色古堡探索事件》的老婆婆，哪一个不是大家的童年阴影？但中后期的风格要明显平和不少，很少再有能吓到人的情节了。金田一的恐怖，是柯南远远比不上的。金田一里的凶手，比柯南里的更加残忍。动画已经改得很温和了，原作的尺度比动画还要大。凶手残忍的杀人手法、被害者悲惨的死状、复数的牺牲者、人人自危的气氛，有时还有加上当地恐怖的背景传说，这些营造出的恐怖氛围，令人毛骨悚然，也让读者为身处险境的主角等人捏了一把汗。

2、角色
柯南刻画了大量个性鲜明立体的角色。有毛利一家、少年侦探团、铃木财团、工藤一家、阿笠博士和灰原、服部与和叶、赤井和安室、警视厅和府警县警方面的一众警察、黑衣组织成员、FBI和CIA等等，涉及各种类型人物，角色关系也十分复杂。整体上柯南的角色塑造比金田一更胜一筹，很多角色一提到名字就能想起他/她是什么人物。但随着剧情推进，从贝尔摩德篇到红黑篇，再到波本篇和朗姆篇，重要角色越来越多，角色崩坏、削老角色的情况也开始出现，在最新的朗姆篇尤其严重。
柯南2006年十周年纪念海报，这一年也是水无怜奈首次在动画中出场（但不在海报上）

金田一这边，除了金田一一本人、青梅竹马七濑美雪、剑持勇警部、明智健悟警视、犯罪天才高远遥一，还有37岁系列新出场的担任金田一下属的叶山海这几个主角外，配角主要有佐木龙太（佐木龙二）、五木阳介、金田一二三、速水玲香、村上草太、怪盗绅士。金田一中配角的塑造就不够丰满，形象略显单一。很多配角的故事太少，往往因为案件需要而出场。试问，你在看过金田一后，除剑持警部和明智警视以外还能说出几个警察的名字？是否还记得真壁诚、鹰岛友代、美浦绘美理是什么角色？（三人都是推理社社员）
金田一的旧友太刀川都（仅在《雪影村杀人事件》出场）

3、篇幅
金田一的案件大部分是长篇，这些长篇案件大多要连载10-11话，最长的《金田一少年敢死之行》甚至连载了16话。最短的《歌剧院杀人事件》和《黑灵旅馆杀人事件》也有6话。金田一很注重故事的完整性，很多案件会在最后把后续剧情也讲完整。长篇篇幅使作者有足够的时间驾驭案件的发展，但也造就了一些问题，篇幅太长，意味着案件第一话和最后一话的更新时间跨度很大，读者需要等待很长时间才能看完一个完整的长篇案件，容易等不及。

《敢死行》的连载时间跨度超过4个月

柯南的案件以短篇为主。大部分案件是2-3话的短篇，除了长达10话的《福尔摩斯默示录》外，最长的也只有7话（以漫画篇幅算）。柯南以短篇为主的连载，使得粉丝们看完一个案件不需要等待太久。但2017年开始大规模休刊后，漫画产量大幅下降，休刊也导致故事出现了割裂感，粉丝们也因此开始不满起来。