跳水池的恶灵

虹枝光世在被潮美波留设计跳水后并没有死去，在案件结束后恢复意识。
追加虹枝光世想像和潮美波留在奥运赢得双人跳水金牌的情节。

剑持警部的杀人

剑持和枝正式登场。
原作中多间木和鱼崎有在家庭餐厅和毒岛与玛莉奈谈话，动画里则没有。
原作中湖森凉介的女儿在接受多间木家医院的医疗后却因医疗失败然后回天乏术，动画里则并未交待。

游戏馆杀人事件

村上草太，冈崎浩司郎，小茜，树里未登场
原作中金田一和美雪是和朋友们去游乐园玩而迷路所以搭上最后一班车，动画版则是咖啡厅店长把两张游乐园入场券交给金田一让他把握机会向美雪告白，后因下雨而且两人都没钱，所以在走到半路时拦下最后一班车。
原作中游戏第一关第一题的题目是问镰仓幕府建立的年代，动画版则改为关原之战是哪一年。
游戏第一关第三题的问法原作和动画版不一样，但答案一样。
原作中霜村志保向金田一求救的方式是在手掌上写字，动画版则是偷偷说。
真津本润的名字改为杉本润。
删去美雪从橱柜拿出筷子的情节。
原作是每个人轮流去厕所，动画版则是只有生马。
原作中是金田一用白板向众人说明财产继承的程序，动画版则改为明智。
删去菊川早苗把帮她整型的医生杀害的情节。
追加霜村志保告诉菊川早苗她怀着的孩子叫生马的情节。
追加杉本润和菊川早苗在酒吧的对话以及早就得知菊川早苗的病况的情节。
原作中菊川早苗在进入警察医院后病逝，动画版则没有交代早苗于何时何处病逝。
删去真津本润到医院探望早苗并要求她把菊川梢嫁给他的情节。

金田一的敢死之行

无印系列最后一个案件，R系列第二季第一个案件。
事件发生于许多新版案件之后。
原作中是五木阳介提起催眠魔术表演的资讯，动画版则是剑持提起的。
李白龙刑警登场。
速水玲香，杨小龙，五木阳介，猪川将佐，俵田孝太郎，长岛滋，李波儿公安未登场。
李波儿公安的角色被李白龙刑警取代。
江健一是饭店大堂经理，原作是报社记者。
删去金田一进行筹款活动并受到很多前案子中登场的警察支持的情节。
删去金田一吃下十个汉堡的情节。
删去速水玲香为金田一准备中华料理的情节。
原作第一名被害人神山是被高远假扮的神父用有毒的酒给毒杀，动画版则是没有提起被害人如何被杀害，只知道高远遥一把被害人的手砍下来寄给其他被害人。
删去凶手帮金田一擦掉嘴巴上番茄酱的手帕变成破案关键的情节。
由于此案件是在连载后14年才被做成动漫，因此动画版中出现现代化的科技例如智慧型手机。
删去金田一推理向龙道射毒箭的犯人是谁的情节。
删去高远遥一乔装成剑持在机场被捕的情节。
删去金田一与美雪接吻的情节。

血溜之间杀人事件

为符合电视尺度，星桂马的尸体呈现方式从只有头部改成整个身体。
删除海峰学和星桂马都把黑白棋称做为翻转棋的设定。

蔷薇十字馆杀人事件

村上草太形象改变。
原作中收到十字馆邀请函的人在金田一抵达后陆续抵达，动画版则是在金田一抵达之前就已经抵达。
删去月读吉赛儿有出版诗集的设定。
皇翔尸体出现的方法被改成翻桌子。
删去禅田美琉久与皇翔为情侣的设定，美琉久在看见皇翔的尸体后只是冷冷的说了一句"认识的人"。
动画版在月读吉赛儿企图刺杀冬野八重姬时即马上被金田一揭发阴谋。
删去高远遥一和月读吉赛儿在公园的一系列对话
高远遥一防止月读吉赛儿引爆炸弹的方法更改为用刀刺向引爆按钮。

凌晨4点40分的枪声

森嘉夫的名字改为奥嘉夫。
追加丸谷琉奈向村山智彦抱怨雪峰美砂的情节。
追加雪峰美砂告诉剑持自己对当上刑警后的期许的情节。
追加金田一和剑持在山上哀悼雪峰美砂的情节。

雪鬼传说杀人事件

原作为R系列第一个案件。
原作中吉长老师和数学老师的对话改到动画版的香港九龙财宝杀人事件。
相马真纪和金田一、美雪的对话地点从学校走廊改成咖啡厅。
原作中雪鬼的真面目是在破解完鲭木遗体消失的手法后揭穿，动画版则改为企图杀害椿原红湖时就被金田一揭穿。

女医师的诡异企图

美雪于结尾登场
决定丈夫本尊与替身证据不同，原作为“装心律调节器（替身）”与“使用手机（本尊）”的矛盾，动画版则是“打高尔夫球（替身）”和“腰痛（本尊）”的矛盾。

狐火漂流杀人事件

原作中美雪仅在故事开头登场，未参与事件本身；动画版美雪则参与事件全过程。
原作中美雪和幼童军并无关系，动画改为美雪原本也是幼童军的一份子，但因为出行当日发烧而未成行。
六年前遇难时金田一赶走蛇的方法从喷火枪改为树枝。
追加桃濑心平和雾谷凛因为注意到美雪而忽视金田一、金田一对此不满的情节。
追加陆因为不想交出鞋带而被茉莉香责备的情节。
当金田一提出让大家协助自己查案时，原作里大家都很爽快答应，动画则在美雪提出金田一有能力之前犹豫。
告诉众人金田一是名侦探的孙子的从灯里改为美雪。
追加美雪和美咲、灯里在睡觉前对话的情节。
追加梨村亮抱怨金田一探案只是在享受而已、美雪对此反驳的情节。
动画版中金田一的手机中出现了《银幕杀人鬼》中登场的黑河美穗的名字。
川原警官未登场。
删去川原警官暗中提供金田一资讯的情节。
驻站警官登场，但无添加姓名。
告诉陆说茉莉香对恶作剧很后悔的情节从凛的父亲改为茉莉香的母亲。
追加众人向疑似是茉莉香、光太郎、和凛的狐火道别的情节。
删去众人搭警车去车站的情节。
川原警官逮捕陆的情节，改为陆一人去自首。
删去金田一告诉众人陆忘记东西的情节。
原作结尾是桃濑心平发现金田一流泪而表达关切，动画改为金田一和美雪在列车上对话以及享用便当。