魔犬森林殺人事件

千家貴司登場，由於《絞首之學園殺人事件》並沒有製作成動畫版，加上短篇案件《誰殺死了女神?》中千家的戲份被刪除，所以這也代表此案件為千家最後一次登場。
金田一二三登場，並追加了要求金田一領養大隻狗狗的情節。
新角色十和田清登場，為廢棄研究所的舊研究員。
八尾家的別墅是別的原因而毀損不能住人。
刪去利緒所寫未來的日記劇情，追加金田一解謎當日是千家生日，他強忍不掉淚以笑容迎接的情節。
追加百田在發現利緒情況有異時想找醫師來幫忙。
追加八尾願意收養大隻狗狗的情節。
刪去金田一賭命逼千家認罪的情節，在原作劇情裡，對於不肯認罪的千家，金田一採取極端作法：跳進野狗群裡讓狗咬，逼得千家為了不讓金田一喪命而吹犬笛，秀出物證。
加入眾人尋找狂犬病疫苗的情節，五十嵐性格與原作有出入，為了想得到疫苗而有些許瘋狂。
原作裡金田一是臨時加入千家等人的旅行，動畫則是一開始就決定參加。
刪去金田一奪取車票及將女同學囚禁的情節。
刪去金田一讓千家、八尾、美雪食用毒菇類的情節。
刪去金田一二三搬來金田一家住的情節

明智少年的華麗協奏曲

漫畫原名為殺意四重奏。
兩位教授追加完整姓名，分別是木戶直純和椎名克久。
漫畫裡的演奏會木戶教授沒出場，也沒放桐島蕾歐娜的遺照做憑弔。
北垣航也刑警雖然有出場，名字卻只在片尾曲聲優名單中被打出。

雪影村殺人事件

原作中美雪沒登場，但於動畫版中登場。
追加美雪與金田一吵架冷戰，但一直在家等著金田一的電話的情節
雪影村的辦案刑警早先已由劍持口中聽說過金田一的事情。
春菜的遺書被以另外的意義解讀，沒有提到懷孕一事。
漫畫裡金田一與魚住響四郎的重逢是在巴士上因零錢不足而認出對方，動畫版則是上車前在巴士站相遇。
原作裡小都等人是在金田一解開真相，島津企圖自殺時出現。動畫版則是在金田一推理到一半時出現。
原作裡事件中期就提到島津肩膀受傷一事，動畫版則是最後才揭露。
立石對島津的坦承不同，在原作裡是早就知道他與春菜交往的事，動畫版則是肩膀受傷一事。
原作沒有登場的綾花母親，動畫版有短暫露面。
原作裡金田一與島津父親今井龍矢是在海邊第一次見面，動畫版則是在春菜母親打工的餐館就見過一次。
原作裡沒出現島津與立石在目前高中時期練習棒球的場景，動畫版追加。
追加美雪到雪影村尋找金田一的情節。

消失在雪地裡的贖金

漫畫裡關係惡劣的二三與黑塚巧，動畫版裡黑塚巧有與二三交談心事，二三也認為巧很帥。

迷路的惡魔

短篇小說裡是金田一實際遇上的事件，動畫版變為明智警視為聖誕派對準備的推理謎題。
劍持、五木、二三、佐木、美浦繪美里登場，明智也有在加勒比海度假的特寫鏡頭。
未提起兇手的下場
未提起兇手之前殺的9個人
未提到鳳辰馬的本名，短篇小說裡則提到名字是毒蝮三太夫。

明智少年的華麗劍技

原作原名為幽靈劍士殺人事件。
原作是為美雪的堂弟七瀨修一加油，動畫版是為劍持的外甥。
刪去金田一對明智以宇佐美的話語酸溜溜諷刺的情節。
在警察到來前明智就解開謎題，妹貝武史刑警無登場。

亡靈學校殺人事件

原作中本案接續《染血之泳池殺人事件》，動畫版兩案件之間無關聯。
與魔神遺跡事件相同的後日談型式，美雪對二三說明阿一未解開的謎題。
村上草太未登場，取而代之的是佐木陪同金田一與美雪前往民宿。
原作中出現多位民宿工作人員，動畫則只有一人（民宿老闆），並追加民宿老闆的名字松岡修吉。
追加佐木拍攝廢棄學校周圍與辦案手法的情節。
鳴澤研太談及伊能耕平作品傳聞、國枝真紀因而動怒的情節，原作是在發現伊能死亡前、獅子島隆因而對鳴澤不悅，動畫則在之後、鳴澤讓金田一不要和獅子島說。
追加一位接續佐木談及花子傳說、還桌球給美雪的神秘少女的角色，在案件結束後美雪提到該名少女可能是已經在車禍中去世的民宿前任老闆女兒，花子的幽靈；原作中花子的傳說僅在對話中提及。
鳴澤研太的妹妹在原作裡提到名字為洋子，動畫版則沒出現名字。
事後金田一在圖書館研究靈異現象時，原作是美雪和草太站在一旁表示無語，動畫則是佐木和二三在得知神秘少女可能是已經去世的花子的幽靈，嚇得逃跑，美雪緊追在後，而圖書館外傳出神秘少女「大哥哥來找我玩」的聲音。

瞬間消失之謎

村上草太初登場，追加新角色相田桃子。
到章魚攤揪金田一耳朵的人變更為京谷雅彥。
真壁誠與鷹島友代被當成第一次出場的新人物而打出姓名。
佐木與美浦繪美里的肖像被歸入事件涉及人物肖像中

殺戮的深藍

三名未婚夫的姓名被更換但角色定位相同

藤島匠變更成廣瀨匠
周防武變更成松田武
三井文也變更成遠藤由明
小說中真兇為投資那國守彥的資產家之子，動畫版為那國守彥教授之子那國直人
刪除星野薰子的角色，其戲份由變裝埋伏在藍澤家的恐怖分子之一的新堂雄一替代
小說中五位恐怖分子的代號於動畫版全面變更但本名依舊（皆從顏色關聯變更為中東神話關聯）

雷德（Red）→巴力（バアル）
葛林（Green）→伊勒（イルウ）
耶羅（Yellow）→雅姆（ヤム）
歐瑞吉（Orange）→莫特（モト）
朴波（Purple）→阿納特（アナト）
小說中五位恐怖分子中雷德與葛林在西薩王引起的內鬨中死亡，但在動畫版中五位恐怖份子全遭警方逮捕。
小說裡藍澤由里繪死後被挖出心臟的獵奇情節一語帶過。
那國巫琴於動畫版變更為水城巫琴，角色由那國守彥之孫變更為水城龍之臣之孫

底片裡的不在場證明

刪去原作裡兩個女生在談論笨小孩金田一的情節，直接進入美雪神秘在街上閒晃的劇情。
金田一還來不及求情美隅就被帶走，因此讓美隅到偕樂園拍照在動畫是劍持大叔一個人的主意。