魔犬森林杀人事件

千家贵司登场，由于《绞首之学园杀人事件》并没有制作成动画版，加上短篇案件《谁杀死了女神?》中千家的戏份被删除，所以这也代表此案件为千家最后一次登场。
金田一二三登场，并追加了要求金田一领养大只狗狗的情节。
新角色十和田清登场，为废弃研究所的旧研究员。
八尾家的别墅是别的原因而毁损不能住人。
删去利绪所写未来的日记剧情，追加金田一解谜当日是千家生日，他强忍不掉泪以笑容迎接的情节。
追加百田在发现利绪情况有异时想找医师来帮忙。
追加八尾愿意收养大只狗狗的情节。
删去金田一赌命逼千家认罪的情节，在原作剧情里，对于不肯认罪的千家，金田一采取极端作法：跳进野狗群里让狗咬，逼得千家为了不让金田一丧命而吹犬笛，秀出物证。
加入众人寻找狂犬病疫苗的情节，五十岚性格与原作有出入，为了想得到疫苗而有些许疯狂。
原作里金田一是临时加入千家等人的旅行，动画则是一开始就决定参加。
删去金田一夺取车票及将女同学囚禁的情节。
删去金田一让千家、八尾、美雪食用毒菇类的情节。
删去金田一二三搬来金田一家住的情节

明智少年的华丽协奏曲

漫画原名为杀意四重奏。
两位教授追加完整姓名，分别是木户直纯和椎名克久。
漫画里的演奏会木户教授没出场，也没放桐岛蕾欧娜的遗照做凭吊。
北垣航也刑警虽然有出场，名字却只在片尾曲声优名单中被打出。

雪影村杀人事件

原作中美雪没登场，但于动画版中登场。
追加美雪与金田一吵架冷战，但一直在家等著金田一的电话的情节
雪影村的办案刑警早先已由剑持口中听说过金田一的事情。
春菜的遗书被以另外的意义解读，没有提到怀孕一事。
漫画里金田一与鱼住响四郎的重逢是在公车上因零钱不足而认出对方，动画版则是上车前在公车站相遇。
原作里小都等人是在金田一解开真相，岛津企图自杀时出现。动画版则是在金田一推理到一半时出现。
原作里事件中期就提到岛津肩膀受伤一事，动画版则是最后才揭露。
立石对岛津的坦承不同，在原作里是早就知道他与春菜交往的事，动画版则是肩膀受伤一事。
原作没有登场的绫花母亲，动画版有短暂露面。
原作里金田一与岛津父亲今井龙矢是在海边第一次见面，动画版则是在春菜母亲打工的餐馆就见过一次。
原作里没出现岛津与立石在目前高中时期练习棒球的场景，动画版追加。
追加美雪到雪影村寻找金田一的情节。

消失在雪地里的赎金

漫画里关系恶劣的二三与黑冢巧，动画版里黑冢巧有与二三交谈心事，二三也认为巧很帅。

迷路的恶魔

短篇小说里是金田一实际遇上的事件，动画版变为明智警视为圣诞派对准备的推理谜题。
剑持、五木、二三、佐木、美浦绘美里登场，明智也有在加勒比海度假的特写镜头。
未提起凶手的下场
未提起凶手之前杀的9个人
未提到凤辰马的本名，短篇小说里则提到名字是毒蝮三太夫。

明智少年的华丽剑技

原作原名为幽灵剑士杀人事件。
原作是为美雪的堂弟七濑修一加油，动画版是为剑持的外甥。
删去金田一对明智以宇佐美的话语酸溜溜讽刺的情节。
在警察到来前明智就解开谜题，妹贝武史刑警无登场。

亡灵学校杀人事件

原作中本案接续《染血之泳池杀人事件》，动画版两案件之间无关联。
与魔神遗迹事件相同的后日谈型式，美雪对二三说明阿一未解开的谜题。
村上草太未登场，取而代之的是佐木陪同金田一与美雪前往民宿。
原作中出现多位民宿工作人员，动画则只有一人（民宿老板），并追加民宿老板的名字松冈修吉。
追加佐木拍摄废弃学校周围与办案手法的情节。
鸣泽研太谈及伊能耕平作品传闻、国枝真纪因而动怒的情节，原作是在发现伊能死亡前、狮子岛隆因而对鸣泽不悦，动画则在之后、鸣泽让金田一不要和狮子岛说。
追加一位接续佐木谈及花子传说、还台球给美雪的神秘少女的角色，在案件结束后美雪提到该名少女可能是已经在车祸中去世的民宿前任老板女儿，花子的幽灵；原作中花子的传说仅在对话中提及。
鸣泽研太的妹妹在原作里提到名字为洋子，动画版则没出现名字。
事后金田一在图书馆研究灵异现象时，原作是美雪和草太站在一旁表示无语，动画则是佐木和二三在得知神秘少女可能是已经去世的花子的幽灵，吓得逃跑，美雪紧追在后，而图书馆外传出神秘少女“大哥哥来找我玩”的声音。

瞬间消失之谜

村上草太初登场，追加新角色相田桃子。
到章鱼摊揪金田一耳朵的人变更为京谷雅彦。
真壁诚与鹰岛友代被当成第一次出场的新人物而打出姓名。
佐木与美浦绘美里的肖像被归入事件涉及人物肖像中

杀戮的深蓝

三名未婚夫的姓名被更换但角色定位相同

藤岛匠变更成广濑匠
周防武变更成松田武
三井文也变更成远藤由明
小说中真凶为投资那国守彦的资产家之子，动画版为那国守彦教授之子那国直人
删除星野薰子的角色，其戏份由变装埋伏在蓝泽家的恐怖分子之一的新堂雄一替代
小说中五位恐怖分子的代号于动画版全面变更但本名依旧（皆从颜色关联变更为中东神话关联）

雷德（Red）→巴力（バアル）
葛林（Green）→伊勒（イルウ）
耶罗（Yellow）→雅姆（ヤム）
欧瑞吉（Orange）→莫特（モト）
朴波（Purple）→阿纳特（アナト）
小说中五位恐怖分子中雷德与葛林在西萨王引起的内哄中死亡，但在动画版中五位恐怖份子全遭警方逮捕。
小说里蓝泽由里绘死后被挖出心脏的猎奇情节一语带过。
那国巫琴于动画版变更为水城巫琴，角色由那国守彦之孙变更为水城龙之臣之孙

底片里的不在场证明

删去原作里两个女生在谈论笨小孩金田一的情节，直接进入美雪神秘在街上闲晃的剧情。
金田一还来不及求情美隅就被带走，因此让美隅到偕乐园拍照在动画是剑持大叔一个人的主意。