镜迷宫杀人事件

漫画里本案是二三与剑持大叔首次见面，动画则已经见过多次。
二三自己有买相机。
漫画里是金田一翻垃圾箱找到凶手变装用的衣物，动画是二三在厕所垃圾箱里发现。

明智警视的华丽推理2

漫画原名为杀人扑克。
绿川总介在叙说过去遇上不幸事件时，没提到妻子流产。
追加明智察觉大家玩牌时的小习惯这一情节，例如三矢铁男习惯搔鼻子而猫田光成习惯舔嘴唇

银幕之杀人鬼

黑河美穗背上蝎型伤痕的由来在动画版交代。
追加黑河与本多影行的交流以及游佐知惠美对黑河的崇拜。
最初美雪拍戏时洗手的肥皂被放入美工刀片一事，黑河察觉是游佐所为并痛斥一顿。
奇怪算式不同，原作中是原本十二减九等于三却变成十二减九等于五，动画版是十二减七等于五变成十二减七等于六。
佐木没登场，关于他的两个戏份被速水铃香和美雪吸收。一开始认出藏泽光的人是玲香，而拍摄众人跳跃薰衣草芳香剂的人是美雪。
解说剪接胶带的人由原作中的正野刑警变为黑河美穗。

明智少年的华丽挑战

原作原名为明智少年之最初事件。
被害者追加姓名为内田宽。
追加两名新嫌疑犯，分别是堀口启子与海老原道子。她们两人在漫画版就有出场，但是当时没有名字也没有参与明智的推理。
动画版中和岛尊在海外行医时为救溺水孩童身亡，药师寺薰与赤泽次朗结婚并转交和岛遗物给明智。为了思念和岛尊，赤泽夫妇把孩子的名字取为尊。
明智等人聚会的场所由图书室改为一棵大树下，那里被称为会议室。
没有提到明智的父亲是警察一事。当众人起哄说明智可以到警视厅上班时，明智的回答是：不必现在就决定未来，因为未来还像那片天空一样遥远。原作里原本是说因为父亲是刑警，明智知道这种工作很辛苦，所以没兴趣。
除了被金田一为了作弊而擦掉和岛留下讯息的桌子之外，另外又多出一张桌子是赤泽与小薰写下提示明智到会议室见面的留言。

上海鱼人传说杀人事件

小说中杨王于金田一到上海之前自杀，动画版则是在金田一抵达上海后自杀。
追加美雪尝试和杨王自我介绍但被杨王打断的剧情。
杨小龙并没有提起他不喜欢日本人。
摄影记者幸田裕司未登场。
删除金田一护照被羊吃掉一部分的情节。

鹈饲村杀人事件

漫画原名为金田一二三的冒险。
鸟首村改名为鹈饲村。
猪熊老师由小学教师改为绘画补习班老师，追加名字为猪熊英夫。
原作无登场的剑持警部出场。

天草财宝传说杀人事件

村上草太未登场
阻扰金田一的顽固刑警石井警部追加名字为石井雅之。
死者胸口的十字记号改为以口红画上。
五木意图痛殴凶手时，原作手上拿着被敲碎的酒瓶，动画则是空手。

真夏之恶梦杀人事件

原作原名为金田一少年的恶梦。
所有登场人物皆追加完整姓名：富山樱、香川小梅、长崎百合、须藤亚我志。
金田一二三登场

雷祭杀人事件

长岛警部负责侦办案件。
朝木叶月杀害朝木冬生的动机不同：小说里是叶月目睹冬生强暴了时雨，动画则是见到时雨烧制的陶器后嫉妒其才华的冬生企图杀死时雨。
删去朝木秋绘在朝木时雨死后制作并赠送碗的情节
追加朝木叶月在公园和金田一与美雪说话的情节
追加金田一与美雪在公园悼念朝木时雨的情节

杀意的餐厅

原作原名为杀人餐厅
女店长被救回一命。
美雪于破案后登场。
金田一没有明说凶器是冷冻牛肉，由剑持自行想像。