鏡迷宮殺人事件

漫畫裡本案是二三與劍持大叔首次見面，動畫則已經見過多次。
二三自己有買相機。
漫畫裡是金田一翻垃圾箱找到兇手變裝用的衣物，動畫是二三在廁所垃圾箱裡發現。

明智警視的華麗推理2

漫畫原名為殺人撲克。
綠川總介在敘說過去遇上不幸事件時，沒提到妻子流產。
追加明智察覺大家玩牌時的小習慣這一情節，例如三矢鐵男習慣搔鼻子而貓田光成習慣舔嘴唇

銀幕之殺人鬼

黑河美穗背上蠍型傷痕的由來在動畫版交代。
追加黑河與本多影行的交流以及遊佐知惠美對黑河的崇拜。
最初美雪拍戲時洗手的肥皂被放入美工刀片一事，黑河察覺是遊佐所為並痛斥一頓。
奇怪算式不同，原作中是原本十二減九等於三卻變成十二減九等於五，動畫版是十二減七等於五變成十二減七等於六。
佐木沒登場，關於他的兩個戲份被速水鈴香和美雪吸收。一開始認出藏澤光的人是玲香，而拍攝眾人跳躍薰衣草芳香劑的人是美雪。
解說剪接膠帶的人由原作中的正野刑警變為黑河美穗。

明智少年的華麗挑戰

原作原名為明智少年之最初事件。
被害者追加姓名為內田寬。
追加兩名新嫌疑犯，分別是堀口啟子與海老原道子。她們兩人在漫畫版就有出場，但是當時沒有名字也沒有參與明智的推理。
動畫版中和島尊在海外行醫時為救溺水孩童身亡，藥師寺薰與赤澤次朗結婚並轉交和島遺物給明智。為了思念和島尊，赤澤夫婦把孩子的名字取為尊。
明智等人聚會的場所由圖書室改為一棵大樹下，那裡被稱為會議室。
沒有提到明智的父親是警察一事。當眾人起鬨說明智可以到警視廳上班時，明智的回答是：不必現在就決定未來，因為未來還像那片天空一樣遙遠。原作裡原本是說因為父親是刑警，明智知道這種工作很辛苦，所以沒興趣。
除了被金田一為了作弊而擦掉和島留下訊息的桌子之外，另外又多出一張桌子是赤澤與小薰寫下提示明智到會議室見面的留言。

上海魚人傳說殺人事件

小說中楊王於金田一到上海之前自殺，動畫版則是在金田一抵達上海後自殺。
追加美雪嘗試和楊王自我介紹但被楊王打斷的劇情。
楊小龍並沒有提起他不喜歡日本人。
攝影記者幸田裕司未登場。
刪除金田一護照被羊吃掉一部分的情節。

鵜飼村殺人事件

漫畫原名為金田一二三的冒險。
鳥首村改名為鵜飼村。
豬熊老師由小學教師改為繪畫補習班老師，追加名字為豬熊英夫。
原作無登場的劍持警部出場。

天草財寶傳說殺人事件

村上草太未登場
阻擾金田一的頑固刑警石井警部追加名字為石井雅之。
死者胸口的十字記號改為以口紅畫上。
五木意圖痛毆兇手時，原作手上拿着被敲碎的酒瓶，動畫則是空手。

真夏之惡夢殺人事件

原作原名為金田一少年的惡夢。
所有登場人物皆追加完整姓名：富山櫻、香川小梅、長崎百合、須藤亞我志。
金田一二三登場

雷祭殺人事件

長島警部負責偵辦案件。
朝木葉月殺害朝木冬生的動機不同：小說裡是葉月目睹冬生強暴了時雨，動畫則是見到時雨燒製的陶器後嫉妒其才華的冬生企圖殺死時雨。
刪去朝木秋繪在朝木時雨死後製作並贈送碗的情節
追加朝木葉月在公園和金田一與美雪說話的情節
追加金田一與美雪在公園悼念朝木時雨的情節

殺意的餐廳

原作原名為殺人餐廳
女店長被救回一命。
美雪於破案後登場。
金田一沒有明說兇器是冷凍牛肉，由劍持自行想像。