南投縣:
921大地震,南投縣受創最鉅,10多個鄉鎮市重創,縣內的各項設施、經濟產業、觀光旅遊、民眾生命財產等都受到重大損失。
集集鎮:正好位處震央,台鐵集集線鐵軌嚴重扭曲,而集集車站木造站房嚴重傾斜;位於集集鎮市區內的當地居民信仰中心武昌宮樑歪柱倒整座倒塌。
草屯鎮:草屯鎮公所辦公大樓嚴重受損;全鎮受災以太平路東較為嚴重計山腳、富寮、南埔、坪頂、土城、雙冬、平林、中原、北勢、御史等10里;九九峰山頭因地震影響而變得光禿一片;草屯商工校舍倒塌毀損。
南投市:中興新村有5廳處的政府大樓全倒;臺汽客運中興新村站房下陷傾斜;南投酒廠因地震而發生爆炸起火,火勢一直燒到天亮才逐漸熄滅,約有四分之一的廠區付諸一炬。
國姓鄉:九份二山大崩坍,將近40名村民活埋在難以估計的土石底下,而當地的水鹿場瞬間變成一片黃土,300多隻的水鹿也一併遭到活埋;崩落土石並阻塞澀仔坑溪與韭菜湖,形成數個堰塞湖,地形地貌大幅改變;台14線中潭公路多處路基下陷,柑林隧道前後有巨石及樹木掉落路面。
埔里鎮:約有400多棟房屋倒塌,死亡人數超過180人;埔里鎮公所亦倒塌;埔里酒廠因地震而發生爆炸[24];國立暨南大學多棟大樓外牆龜裂;台14線埔霧公路中斷,台21線埔里經日月潭至魚池段路基嚴重下陷,交通亦中斷。
中寮鄉:位於雙冬斷層上,死亡人數178人,雖然並非南投縣最多,然而以當年中寮鄉在籍人口數對比其死傷人數,傷亡比例可說是全台首位,以受災比率而言,中寮鄉房屋全倒、半倒戶數佔全鄉達82.6%,是震災的一級災區;鄉內的台電超高壓及一次輸電鐵塔共計18座全倒或半倒,而具輸電樞紐地位的中寮超高壓開閉所共有34具超高壓輸電線變壓器及47具避雷針掉落損毀。
魚池鄉:日月潭地區災情慘重,日月潭風景區的地標光華島(現稱拉魯島)受損,且島嶼面積亦有縮小;日月潭教師會館亦被震塌;多處觀光飯店旅館如天廬大飯店、中信大飯店、九龍大飯店等倒塌全毀,其他亦全倒或半倒;不少民宅亦被震毀。根據中央氣象局日月潭氣象站的紀錄,此區水平最大地動加速度達到9.89 m/s²,也就是震央附近水平加速度超過1g(9.8 m/s²),遠較日本阪神大地震0.8g為大。
水里鄉:大地震對水里鄉帶來破壞,房屋全倒602戶,半倒1265戶,全倒、半倒戶佔水里鄉受災比率達27.6%;新山國小校舍全毀;集集線車埕車站嚴重受損。
名間鄉:車籠埔斷層經過名間鄉,彰南路上、名間鄉唯一的集合住宅社區「上毅世家大樓」921地震時並沒有立即倒塌,但卻在9月26日早上8點多芮氏規模6.8的餘震發生後,前棟倒塌躺在台3線上,並壓垮了對面的名間鄉農會;地震也造成台電高壓電塔傾斜,多處地面起伏變形,並使得集集線鐵道彎曲。
竹山鎮:有多棟大樓倒塌,最嚴重為集山路整條路房屋悉數全毀;中國石油公司竹山加油站完全塌垮[24];竹山秀傳醫院外牆龜裂、慈山醫院大樓也受損。玉山新城的住戶,因為地震造成山坡滑動,約三十戶人家的住宅因而全倒,死亡人數約十數人,其餘未倒的皆為半倒房屋。據統計全鎮有118人不幸罹難、重傷49人,房屋全倒2711戶、半倒2973戶,堪為竹山鎮歷次重大天災事件之最。
鹿谷鄉:鳳凰谷鳥園受損,鹿谷國小、內湖國小全毀,全鄉一片殘破。