1.朝鮮國旗被禁

仁川亞運會組委會在仁川及周邊多個城市街道懸掛朝鮮國旗，引發保守派人士不滿。韓國政府已就朝鮮國旗在仁川亞運會期間使用範圍作出規定，只允許朝鮮代表團在賽場、運動員村等部分場地使用朝鮮國旗，民眾在仁川亞運會期間不得持有朝鮮國旗或把它們帶到比賽場地。一旦類似行為被認定違反《國家保安法》，相關人員將被移交至司法部門處理。

2.偶像組合JYJ遭不公正對待
賽事形象大使、韓國偶像組合JYJ在開幕及閉幕典禮上的表演據稱被撤，移至開幕典禮暖場表演 。其他藝人，如Psy、Big Bang、CNBLUE和EXO的表演不變。訊息曝光後，其粉絲要求組委會公平對待。最終，組合將演唱賽會主題曲

3.興奮劑檢測
比賽期間共有1600名運動員的1920件樣本被測試，6名運動員因興奮劑檢測結果呈陽性被停賽。
9月14日距比賽開幕還有五日，塔吉克足球運動員克赫許·別克納扎羅夫（Khurshed Beknazarov）因甲基丙烯醯胺檢測結果呈陽性，被暫停所有足球活動30天。9月25日，柬埔寨軟式網球運動員易·蘇芬汗（Yi Sophny）西布曲明檢測呈陽性。9月30日，馬來西亞武術金牌得主謝赫（Cheau Xuen）西布曲明檢測亦為陽性，其金牌被剝奪。馬來西亞官員不服取消比賽的判決，向體育仲裁法庭申訴卻被駁回。同一天，伊拉克舉重運動員穆罕默德·埃弗里（Mohammed al Aifuri）本膽烷醇酮和雄甾酮檢測呈陽性，是他六年來第二個不合格的藥檢。2008年他曾因服用去氫甲睾酮而被禁賽的他，這一次，將面臨國際舉重聯合會的禁令。10月1日，敘利亞空手道選手努爾·亞丁-庫爾迪（Nour-Aldin al-Kurdi）克倫特羅（俗稱瘦肉精）檢測呈陽性。10月3日，中國鏈球運動員張文秀第二枚金牌因玉米赤霉醇檢測呈陽性而被剝奪。

4.聖火被熄滅
聖火因技術原因被短暫熄滅。