金田一少年敢死之行

場景由香港改為日本本土的神奈川縣，同時事發地點由酒店廢墟變更為深山中，原作教授縱火焚燒酒店的設定亦被取消，
原作第一名被害人是被高遠遙一假扮的神父用毒酒毒死，電視劇中改為在洞窟中被狩谷純用長矛刺殺。
周龍道一角改名為道場龍，南麗晶改名為南麗子。
狩谷純被高遠遙一用毒箭刺傷入院的設定取消，改為金田一手臂被劃傷。
刪除了速水玲香、五木陽介、李波兒刑警(原為孫耀威演出)、楊小龍(原定竹內涼真)、江建一、香蝴蝶，增加了友利圭的角色。
明智警視的部分由劍持警部取代。
松岡修治、四之宮徹和藤井文香收到恐嚇包裹原本是神山康介的右手，改為神山康介的照片。
原作被刺殺的明智警視沒死的訊息告知金田一是用報紙告知，改為被刺殺的劍持警部沒死的訊息是透過真壁誠用電視新聞告知金田一。
原作的表演者的名稱是面具人，電視改為川上剛史。
金田一去看魔術秀的原因是五木陽介告知他訊息而一起去，電視改為推理研究部收到催眠秀招待券。
原作高遠詐死逃走，但之後偽裝劍持警部出境而被逮補，電視版改為偽裝某一刑警後被揭穿直接逃走。
少了兇手幫金田一擦拭臉上番茄醬的手帕成了之後的關鍵證據。
金田一看照片發現狩谷純(道場龍)實際年齡，原作是(香港)領事館前插著英國國旗，日劇是老街後方未有事發的飯店建築。

雪影村殺人事件

原作設定為冬天，電視劇改成夏天。
金田一去雪影村原本是要去參加葉多野春菜的喪禮改成金田一要去雪影村旅行。
刪除了時光膠囊的劇情。
春菜的死亡原本設定是昨天割腕自殺，電視劇改成一年前服藥自殺。
原作兇手偷走上送箭後馬上犯案，電視改為偷走上送箭後一年才犯案。
葉多也春菜的死訊原作是島津匠打電話告知，日劇是到雪影村之後才從其他人口中得知。
佐木跟真壁誠隨金田一一同前往雪影村。
金田一推理時跟兇手約定的地點原作是廣場的樹下，日劇是教室裡。
原作中美雪未登場，電視劇則設定為因為金田一在學校和別人講美雪每天內褲是什麼顏色而和金田一吵架、因而沒與金田一隨行，但結尾仍然出現。

薔薇十字館殺人事件

白樹紅音的角色被刪除，改由真壁誠作為火災倖存者之一，取代白樹紅音的地位，與佐久羅京為失散兄弟。
小金井睦的角色被刪除。
由於原作首名被害人皇翔出場畫面過於血腥，電視劇中被改為以死亡面具的形式出現。
原作只有金田一和高遠親眼目睹被害人禪田和服的右袖被扯掉，劇中則是被所有人看見。
謀殺目標之一冬野八重姬並沒有直接偷竊藍色薔薇之行為，有點路過卻被其他當事人拖下水的意味。
原作結尾兇手月讀吉賽兒企圖用遙控器引爆炸彈炸毀薔薇十字館，劇中則是試圖自殺。

第5代部分（2022年，道枝駿佑版）

學園七不思議殺人事件

青山千裕一角的造型從短髮變成雙馬尾辮。
不動高中舊校舍的前六大不可思議，分別為「打不開的生物教室」、「手掌爬動的印刷室」、「血染之井」、「刻印死亡的大時鐘」、「無底的游泳池」、「魔之十三階梯」。
不動高中舊校舍的前六大不可思議，從的場為了掩蓋真相而編造的，改成學生之間虎扯編造。
不動高中舊校舍的第七件不可思議改成沒人知曉真相，後從的場口中得知為「鮮血的音樂教室」。
刪除掉原作角色鷹島友代。
的場在原作兼任推理研究會顧問，本作中純粹只是物理教師。
推理研究會在原作原為舊校舍的樂器室，本作改為舊校舍的音樂教室。
真壁的小說代筆對象改成龍太。
刪除琉璃子邀請阿一進入社團的劇情。
琉璃子發現牆壁之事的契機改成推倒真壁時鐵製架子將牆壁砸落碎片。
琉璃子生前所留下的「牆壁藏屍」密碼從詩詞碼變成數字碼。
琉璃子生前打電話告知的對象從阿一改成美雪。
因刪除掉鷹島的關係，所以待在警衛室的人改成龍太。
本作刪除掉真壁誠解開兇手誤導真相用的密室手法。
尾之上遇害的主因改成怒撕貼在藏屍牆壁上的真壁海報後無意間看到骨骸而被殺害。
尾之上遇害前前並未得知櫻樹琉璃子留下的密碼，所以無其解開密碼的同時遭到襲擊殺害的劇情。
劇情追加真壁先後因櫻樹琉璃子和尾之上被殺害之事而被當成嫌疑犯的劇情。
美雪被襲擊的原因從想撕掉海報變成想破解琉璃子遺留下的密碼。
原作中在美雪遭到襲擊後，阿一因此頹廢喪志直到後面才提起振作，本作中反而一心想抓出兇手。
原作中阿一是透過找到琉璃子留下的檔案磁片而破解密碼，本作中則是密碼文件遭到刪除後透過佐木龍太的攝影畫面破解密碼。
六名遺體的身份從高畑製藥的試藥對象變成鷹畠建設的建築工人。
當年六名遺體的死因是服用實驗失敗的藥物致死變成因吸入過多的毒氣瓦斯而中毒身亡。
當年遺體的埋藏地點從前六大不可思議所在地點改為舊校舍所在地的地面下。
的場被接露兇手的身份後的反應從原作中為自己狡辯變成坦然地將當年真相說出。
青山的身亡原因從與的場爭執中從樓梯墜樓意外身亡變成因發現屍骨的關係而被的場叫來音樂教室慘遭遇害。
青山千裕被認為失蹤為七年，本作為十年。
的場在原作中被刺殺身亡，本作中改成受傷活下來後被警方逮捕。
本作中龍太因此案而不再當真壁誠的代筆而自願當阿一的小弟。
原作中事件後真壁反被鷹島所控制一切，本作中事件後真壁企求龍太繼續當他的小說代筆。

聖戀島殺人事件

原作凪田空也一角，從男性角色變換成女性角色凪田夏見，職業亦從電視台製作人變換成導遊並且曾經是帝王大學醫院的護士卻因受三名被害者給陷害而被迫離職。
刪除掉原作角色奧之木武藏、鬼島高彥、海星終吾。
阿一等人的釣魚同行者追加龍太。
三名被害者順序變更為寒野美火、潮小次郎、影尾風彥。
潮小次郎被捲入大海時跳下水嘗試救人的人從劍持變更為阿一。
增加夏見被影尾性騷擾，阿一和佐木兩人都不肯上前阻止，最後美雪奮勇掩護凪田的情節。
兇手結尾有告誡金田一說若不想要失去他很重要的東西就不要太沈迷推理。
阿一在事件中對美雪的態度變為較不耐煩，反而是美雪想要利用好這次出遊時機和阿一好好相處、佐木對於被阿一冷落的美雪有關切；與原作阿一幻想和美雪有情感突破形成巨大反差。

白蛇酒藏殺人事件

原作角色有鏡花的女兒蒼葉，但在電視劇版中無此人物。
白神左紺在原作中被刺穿喉嚨而死，電視劇版則是被吊死。
鏡花原作結果是遭蒼葉飼養的有毒白蛇給咬傷中毒身亡的，電視劇則是遭到逮捕。

廁所的花子殺人事件

事件名稱完全變動，原作名稱為『亡靈學校殺人事件』。
事件當事人身份從高中生變更為大學生，其中獅子島的名字從『隆』變更為『龍』。
事件發生地點從廢舊的學校改為醫院。
草太未登場，取而代之的是佐木陪同金田一與美雪前往民宿。
追加佐木拍攝廢棄醫院周圍與辦案手法的情節。
試膽大會期間，原作中美雪因為害怕而未實際進入廢棄學校的廁所，電視劇則改為阿一、美雪、佐木一起進入廢棄醫院。
伊能耕平遇害後衣服上被潑紅墨水的情節，原作中不知道是誰做的（涉及靈異），電視劇改為兇手潑灑。
原作是在發現伊能身亡前，研太談及伊能作品的傳聞令真紀動怒，電視劇則在之後獅子島談及與懷疑真紀殺害伊能因而惹怒對方。
原作結尾是案件數個月後，阿一在準備學園祭期間在圖書館苦於鑽研靈異現象，電視劇結尾則是案件結束後阿一和美雪互相買飲料，而佐木錯過回程巴士。

金田一少年的殺人

故事背景從長野縣改為神奈川縣。
刪除明智的角色，對阿一開槍的指令由劍持代替。
刪除花村姐妹、鴨下明、針生聖典的角色，傭人菊婆婆改為年長男性菊藏，長野縣警部長島滋改為神奈川縣凪浦署警部高林登，落語師桂橫平改為偶像桂木優里奈。
五木初登場從自由職業作家改為音原出版社作家並設定為劍持友人，因與劍持的關係而願意出手幫助阿一。
原作中金田一因為美雪被橘給性騷擾怒不可遏，決定用釣魚竿惡作劇拔下其假髮令其出糗；新版電視劇改為優里奈被喝醉的橘性騷擾，而金田一恰好被桂木推到橘面前，橘遂與金田一扭打時不慎掉入游泳池。
阿一開槍的提示，由原作的BB機所用到的五十音密碼變更為紙條上用橙汁製作的隱形墨水。
原作都築替換的近視以及遠視眼鏡都屬於都築本人，新版的年紀變更為較年輕，遠視眼鏡為被害者橘所有。
原作都築需要捐腎對象為其女兒，新版電視劇改為其未婚妻。
原作美雪參與事件全程，新版電視劇則未參與事件本身。

獵頭武者殺人事件

事件名稱完全變動，原作名稱為『飛驒機關宅邸殺人事件』。自第1代「無首村殺人事件」後再度改編。
原版巽家還有個最小的弟弟，新版電視劇只有出現妹妹，多年前龍之介打算毒害的對象由弟弟改為妹妹。

歌劇院魅影的殺人

事件名稱變動，原作名稱為『劇場館·第三次殺人事件』。
原作歌劇院是在島上，電視劇是在山上。
刪除響美土裡的角色。
繪門泉被殺後，原作發現吊燈線切口的是白神，電視劇是金田一。
原作劍持被攻擊以及三鬼谷巧被殺是在晚上，電視劇是白天。
玲於奈丟三鬼谷巧的手掌的地點，原作是歌劇院到塔的路上，電視劇是在塔內最底層的樓梯旁。
原作踢到三鬼谷巧遺體的是金田一，電視劇是美雪。
原作發現劍持被關在地下迷宮是在龍也被殺之後，電視劇是之前。
原作劍持在地下迷宮被發現後一直清醒，電視劇發現時清醒但後來昏迷一段時間。
原作在地下迷宮金田一是踩到電池滑倒才發現電池，電視劇是直接看到。
原作先發現城龍也屍體的是響美土裡，電視劇是金田一。
刪除冰箱食物被弄一地的喬段。
原作遺體是放在劇場，電視劇歌劇院內有間祈禱室，遺體都移至那。
原作金田一想到鑰匙手法是看到蜘蛛，電視劇是蟑螂。
原作金田一是在劇場推理並親自操作吊燈手法，電視劇是在地下迷宮推理，吊燈手法是金田一下指示，美雪跟佐木操作。
原作玲於奈知道霧森被丟在樹海是參加節目錄影時發現他留下的筆記本，電視劇是聽到繪門泉、三鬼谷巧、城龍也三人的對話。
玲於奈放火後，原作金田一是把玲於奈救到地下迷宮深處懸崖邊的洞口等火熄再上去，電視劇因為是在地下迷宮放火，所以是救到外面的長椅上。
電視劇中劍持是在解謎篇的中段才知道金田一是金田一耕助的孫子，此設定在播出時被網友、粉絲們批評。